ginsi - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mafft - Program penjajaran berbilang untuk urutan asid amino atau nukleotida

SINOPSIS

mafft [pilihan] input [> output]

jadi input [> output]

ginsi input [> output]

einsi input [> output]

fftnsi input [> output]

fftns input [> output]

nwns input [> output]

nwnsi input [> output]

mafft-profile group1 group2 [> output]

input, group1 and group2 mestilah dalam format FASTA.

DESCRIPTION

MAFFT ialah program penjajaran jujukan berbilang untuk sistem pengendalian seperti unix. Ia menawarkan
pelbagai kaedah penjajaran berbilang.

Berorientasikan ketepatan kaedah:
· L-INS-i (mungkin paling tepat; disyorkan untuk <200 urutan; penghalusan berulang
kaedah yang menggabungkan maklumat penjajaran berpasangan tempatan):

mafft --pasangan tempatan --maxiterate 1000 input [> output]

jadi input [> output]

· G-INS-i (sesuai untuk jujukan yang sama panjang; disyorkan untuk <200 jujukan;
kaedah penghalusan berulang yang menggabungkan maklumat penjajaran berpasangan global):

mafft --pair global --maxiterate 1000 input [> output]

ginsi input [> output]

· E-INS-i (sesuai untuk jujukan yang mengandungi kawasan tidak sejajar yang besar; disyorkan untuk
<200 urutan):

mafft --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 input [> output]

einsi input [> output]

Untuk E-INS-i, --ep 0 pilihan disyorkan untuk membenarkan jurang yang besar.

Berorientasikan kelajuan kaedah:
· FFT-NS-i (kaedah pemurnian berulang; dua kitaran sahaja):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 input [> output]

fftnsi input [> output]

· FFT-NS-i (kaedah penghalusan berulang; maks. 1000 lelaran):

mafft --retree 2 --maxiterate 1000 input [> output]

· FFT-NS-2 (kaedah pantas; progresif):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 input [> output]

fftns input [> output]

· FFT-NS-1 (sangat pantas; disyorkan untuk >2000 urutan; kaedah progresif dengan kasar
pokok panduan):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 input [> output]

· NW-NS-i (kaedah pemurnian berulang tanpa anggaran FFT; dua kitaran sahaja):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft input [> output]

nwnsi input [> output]

· NW-NS-2 (cepat; kaedah progresif tanpa anggaran FFT):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft input [> output]

nwns input [> output]

· NW-NS-PartTree-1 (disyorkan untuk ~10,000 hingga ~50,000 jujukan; kaedah progresif
dengan algoritma PartTree):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree input [> output]

Kumpulan ke kumpulan penjajaran

mafft-profile group1 group2 [> output]

atau:

mafft --maxiterate 1000 --benih group1 --benih group2 /dev/null [> output]

PILIHAN

Algoritma
--auto
Memilih strategi yang sesuai secara automatik daripada L-INS-i, FFT-NS-i dan FFT-NS-2,
mengikut saiz data. Lalai: mati (sentiasa FFT-NS-2)

--6merpair
Jarak dikira berdasarkan bilangan 6mers yang dikongsi. Lalai: hidup

--pair global
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma Needleman-Wunsch. Lagi
tepat tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. Sesuai untuk satu set penjajaran global
urutan. Berkenaan sehingga ~200 jujukan. Gabungan dengan --maxiterate 1000
adalah disyorkan (G-INS-i). Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--pasangan tempatan
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma Smith-Waterman. Lebih tepat
tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. Sesuai untuk satu set jujukan yang boleh diselaraskan secara setempat.
Berkenaan sehingga ~200 jujukan. Gabungan dengan --maxiterate 1000 ialah
disyorkan (L-INS-i). Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--genafpair
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma tempatan dengan umum
kos jurang affine (Altschul 1998). Lebih tepat tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. sesuai
apabila jurang dalaman yang besar dijangka. Berkenaan sehingga ~200 jujukan. A
kombinasi dengan --maxiterate 1000 disyorkan (E-INS-i). Lalai: mati (6mer
jarak digunakan)

--fastapair
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan FASTA (Pearson dan Lipman 1988). FASTA ialah
diperlukan. Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--berat nombor
Faktor pemberat untuk istilah ketekalan yang dikira daripada penjajaran berpasangan. sah
apabila salah satu daripada --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair atau --blastpair ialah
dipilih. Lalai: 2.7

--retree nombor
Pokok panduan dibina nombor kali dalam peringkat progresif. Sah dengan jarak 6mer.
Lalai: 2

--maxiterate nombor
nombor kitaran penghalusan berulang dilakukan. Lalai: 0

--fft
Gunakan anggaran FFT dalam penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: hidup

--nofft
Jangan gunakan anggaran FFT dalam penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: mati

--noscore
Skor penjajaran tidak disemak dalam peringkat penghalusan berulang. Lalai: mati (skor
disemak)

--memsave
Gunakan algoritma Myers-Miller (1988). Lalai: dihidupkan secara automatik apabila
panjang penjajaran melebihi 10,000 (aa/nt).

--parttree
Gunakan kaedah pembinaan pokok yang pantas (PartTree, Katoh dan Toh 2007) dengan jarak 6mer.
Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan adalah input. Lalai: mati

--dpparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan DP. Sedikit lebih tepat dan
lebih perlahan daripada --parttree. Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan adalah
input. Lalai: mati

--fastaparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan FASTA. Lebih tepat sedikit
dan lebih perlahan daripada --parttree. Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan
adalah input. FASTA diperlukan. Lalai: mati

--bersaiz bahagian nombor
Bilangan partition dalam algoritma PartTree. Lalai: 50

--saiz kumpulan nombor
Jangan buat penjajaran lebih besar daripada nombor urutan. Sah hanya dengan --*parttree
pilihan. Lalai: bilangan jujukan input

Parameter
--op nombor
Penalti pembukaan jurang pada penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: 1.53

--ep nombor
Nilai offset, yang berfungsi seperti penalti sambungan jurang, untuk penjajaran kumpulan ke kumpulan.
Lalai: 0.123

--lop nombor
Penalti pembukaan jurang pada penjajaran berpasangan tempatan. Sah apabila --localpair atau
--genafpair pilihan dipilih. Lalai: -2.00

--lep nombor
Nilai mengimbangi pada penjajaran berpasangan tempatan. Sah apabila --localpair atau --genafpair
pilihan dipilih. Lalai: 0.1

--lexp nombor
Penalti sambungan jurang pada penjajaran berpasangan setempat. Sah apabila --localpair atau
--genafpair pilihan dipilih. Lalai: -0.1

--LOP nombor
Penalti pembukaan jurang untuk melangkau penjajaran. Sah apabila pilihan --genafpair adalah
dipilih. Lalai: -6.00

--LEXP nombor
Penalti sambungan jurang untuk melangkau penjajaran. Sah apabila pilihan --genafpair adalah
dipilih. Lalai: 0.00

--bl nombor
BLOSUM nombor matriks (Henikoff dan Henikoff 1992) digunakan. nombor=30, 45, 62 atau 80.
Lalai: 62

--jtt nombor
JTT PAM nombor (Jones et al. 1992) matriks digunakan. nombor>0. Lalai: BLOSUM62

--tm nombor
PAM transmembran nombor (Jones et al. 1994) matriks digunakan. nombor>0. Lalai:
BLOSUM62

--aamatrix fail matriks
Gunakan matriks pemarkahan AA yang ditentukan pengguna. Format daripada fail matriks adalah sama dengan
LETUPAN. Diabaikan apabila jujukan nukleotida dimasukkan. Lalai: BLOSUM62

--fmodel
Menggabungkan maklumat komposisi AA/nuc ke dalam matriks pemarkahan. Lalai: mati

Output
--clustalout
Format keluaran: format kluster. Lalai: mati (format cepat)

--urutan input
Susunan keluaran: sama seperti input. Lalai: hidup

--susun semula
Susunan keluaran: sejajar. Lalai: mati (urutan input)

--treeout
Pokok panduan adalah output kepada input.fail pokok. Lalai: mati

--senyap
Jangan laporkan kemajuan. Lalai: mati

Input
--nuc
Andaikan jujukan ialah nukleotida. Lalai: auto

--amino
Andaikan urutannya ialah asid amino. Lalai: auto

--benih penjajaran1 [--benih penjajaran2 --benih penjajaran3 ...]
Penjajaran benih diberikan dalam penjajaran_n (format fasta) diselaraskan dengan urutan dalam
input. Penjajaran dalam setiap benih dipelihara.

Gunakan ginsi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net