Ini ialah arahan glam2 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
glam2 - Penjajaran Motif Tempatan Bergap
SINOPSIS
glam2 [pilihan] abjad my_seqs.fa
Abjad selain daripada p or n ditafsirkan sebagai nama fail abjad.
DESCRIPTION
GLAM2 ialah pakej perisian untuk mencari motif dalam urutan, biasanya asid amino atau
urutan nukleotida. Motif ialah corak urutan yang berlaku semula: contoh biasa ialah
Kotak TATA dan motif prenilasi CAAX. Inovasi utama GLAM2 ialah ia membolehkan
sisipan dan pemadaman dalam motif.
PILIHAN (LAILAI TETAPAN)
-h
Tunjukkan semua pilihan dan tetapan lalainya.
-o
Fail keluaran (stdout).
-r
Bilangan larian penjajaran (10).
-n
Tamatkan setiap larian selepas banyak lelaran ini tanpa peningkatan (10000).
-2
Periksa kedua-dua helai - pelengkap ke hadapan dan belakang.
-z
Bilangan minimum jujukan dalam penjajaran (2).
-a
Bilangan minimum lajur sejajar (2).
-b
Bilangan maksimum lajur sejajar (50).
-w
Bilangan awal lajur yang dijajarkan (20).
-d
Fail campuran Dirichlet.
-D
pseudocount pemadaman (0.1).
-E
pseudocount tanpa pemadaman (2.0).
-I
Sisipan pseudocount (0.02).
-J
pseudocount tanpa sisipan (1.0).
-q
Berat untuk kelimpahan sisa generik berbanding set-urutan-khusus (1e + 99).
-t
Suhu awal (1.2).
-c
Faktor penyejukan per n lelaran (1.44).
-u
Batas bawah suhu (0.1).
-p
Cetak maklumat kemajuan pada setiap lelaran.
-m
Pergerakan pensampelan lajur setiap langkah pensampelan tapak (1.0).
-x
Algoritma pensampelan tapak: 0=CEPAT 1=PERLAHAN 2=FFT (0).
-s
Benih untuk nombor rawak pseudo (1).
Gunakan glam2 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
