Ini ialah arahan glam2scan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
glam2scan - mencari motif GLAM2 dalam pangkalan data
SINOPSIS
glam2scan [pilihan] abjad my_motif.glam2 my_seqs.fa
Abjad selain daripada p or n ditafsirkan sebagai nama fail abjad.
DESCRIPTION
glam2scan mencari padanan, dalam pangkalan data jujukan, kepada motif yang ditemui oleh glam2. setiap
perlawanan menerima markah, menunjukkan sejauh mana ia sesuai dengan motif.
PILIHAN (LAILAI TETAPAN)
-h
Tunjukkan semua pilihan dan tetapan lalainya.
-o
Fail keluaran (stdout).
-n
Bilangan penjajaran untuk dilaporkan (25).
-2
Periksa kedua-dua helai - pelengkap ke hadapan dan belakang.
-D
pseudocount pemadaman (0.1).
-E
pseudocount tanpa pemadaman (2.0).
-I
Sisipan pseudocount (0.02).
-J
pseudocount tanpa sisipan (1.0).
-d
Fail campuran Dirichlet.
Gunakan glam2scan dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net