Ini ialah arahan gmt-music-proximityp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
gmt music proximity - Lakukan analisis proximity pada senarai mutasi.
VERSION
Dokumen ini menerangkan gmt music proximity versi 0.04 (2016-01-01 pada 23:10:19)
SINOPSIS
gmt music proximity --maf-file=? --output-file=? --output-dir=? [--max-proximity=?]
[--langkau-bukan-pengekodan] [--langkau-senyap]
... kedekatan muzik \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--maksimum-kehampiran 15
DIKEHENDAKI HUJAH
fail maf teks
Senarai mutasi menggunakan spesifikasi TCGA MAF v2.3
fail keluaran teks
SEMUA
output-dir teks
Direktori tempat fail output akan ditulis
PILIHAN HUJAH
kehampiran maksimum teks
Jarak AA maksimum yang dibenarkan antara 2 mutasi
Nilai lalai '7' jika tidak dinyatakan
langkau-bukan pengekodan Boolean
Langkau mutasi bukan pengekodan daripada fail MAF yang disediakan
Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan
noskip-non-coding Boolean
Jadikan langkau-bukan pengekodan 'salah'
ponteng-senyap Boolean
Langkau mutasi senyap daripada fail MAF yang disediakan
Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan
noskip-senyap Boolean
Jadikan langkau-senyap 'salah'
DESCRIPTION
Modul ini mula-mula mengira kedudukan asid amino setiap mutasi dalam fail MAF
dalam transkrip masing-masing. Kemudian, untuk setiap mutasi, dua nilai dikira: 1)
bilangan mutasi lain pada transkrip yang sama dalam had kedekatan yang ditetapkan oleh
parameter input kehampiran maksimum, dan 2) jarak ke mutasi lain yang paling hampir dalam hal ini
set berdekatan. Hanya mutasi yang mempunyai mutasi lain dalam jarak dekat dilaporkan
dalam fail keluaran.
Sebagai tambahan kepada pengepala MAF versi standard 2.3, perlu ada 3 lajur yang dilampirkan.
Pengepala lajur ini dalam MAF mesti mempunyai nama-nama ini dalam pengepala untuk alat tersebut
untuk mencari mereka:
transcript_name - nama transkrip, seperti NM_000028 amino_acid_change - amino
perubahan asid, seperti p.R290H
c_position - kedudukan nukleotida berubah, seperti c.869
Output dijana dengan pengepala lajur berikut: Mutations_Within_Proximity,
Mutasi_Terdekat, Gen, Transkrip, Asid_Amino_Terjejas, Chr, Mula, Berhenti, Ref_Alel,
Var_Allele, Sampel
PENGARANG
Nathan D. Dees, Ph.D.
Dan Koboldt, MS
Cyriac Kandoth, Ph.D.
Gunakan gmt-music-proximityp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
