gmx_d - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

gmx - suite simulasi dinamik molekul

SINOPSIS

gmx [-[tidak]h] [-[tidak] senyap] [-[tiada] versi] [-[tiada]hak cipta] [-bagus ]
[-[tiada]sandaran]

DESCRIPTION

GROMACS ialah set program berciri penuh untuk melaksanakan simulasi dinamik molekul,
iaitu, untuk mensimulasikan tingkah laku sistem dengan ratusan hingga jutaan zarah menggunakan
Persamaan Newtonian gerakan. Ia digunakan terutamanya untuk penyelidikan tentang protein, lipid, dan
polimer, tetapi boleh digunakan untuk pelbagai jenis penyelidikan kimia dan biologi
soalan.

PILIHAN

Pilihan lain:

-[tidak]h (tidak)
Cetak bantuan dan berhenti

-[tidak] senyap (tidak)
Jangan cetak maklumat permulaan atau sebut harga biasa

-[tiada] versi (tidak)
Cetak maklumat versi lanjutan dan berhenti

-[tiada]hak cipta (ya)
Cetak maklumat hak cipta semasa permulaan

-bagus (19)
Tetapkan nicelevel (lalai bergantung pada arahan)

-[tiada]sandaran (ya)
Tulis sandaran jika fail output wujud

LDIF PERINTAH

Perintah berikut tersedia. Sila rujuk halaman manual individu mereka atau gmx
membantu untuk maklumat lanjut.

Trajektori analisis
gmx-gangle(1)
Kira sudut

gmx-jarak(1)
Kira jarak antara pasangan kedudukan

gmx-freevolume(1)
Kira isipadu bebas

gmx-pairdist(1)
Kira jarak berpasangan antara kumpulan kedudukan

gmx-rdf(1)
Kira fungsi taburan jejari

gmx-sasa(1)
Kira luas permukaan boleh diakses pelarut

gmx-select(1)
Cetak maklumat umum tentang pilihan

Menjana topologi and koordinat
gmx-editconf(1)
Edit kotak dan tulis subkumpulan

gmx-x2top(1)
Hasilkan topologi primitif daripada koordinat

gmx-solvate(1)
Selesaikan sistem

gmx-insert-molekul(1)
Masukkan molekul ke dalam kekosongan sedia ada

gmx-genconf(1)
Darabkan konformasi dalam orientasi 'rawak'

gmx-genion(1)
Hasilkan ion monoatomik pada kedudukan yang menguntungkan secara bertenaga

gmx-genrestr(1)
Hasilkan sekatan kedudukan atau sekatan jarak untuk kumpulan indeks

gmx-pdb2gmx(1)
Tukar fail koordinat kepada topologi dan fail koordinat yang mematuhi FF

Berlari a simulasi
gmx-grompp(1)
Buat fail input run

gmx-mdrun(1)
Lakukan simulasi, lakukan analisis mod biasa atau pengecilan tenaga

gmx-convert-tpr(1)
Buat fail run-input yang diubah suai

Melihat trajektori
gmx-nmtraj(1)
Hasilkan trajektori berayun maya daripada vektor eigen

gmx-view(1)
Lihat trajektori pada terminal X-Windows

Pemprosesan tenaga
gmx-enemat(1)
Ekstrak matriks tenaga daripada fail tenaga

gmx-tenaga(1)
Menulis tenaga kepada fail xvg dan memaparkan purata

gmx-mdrun(1)
(Semula)kira tenaga untuk bingkai trajektori dengan -semula

Menukar fail
gmx-editconf(1)
Menukar dan memanipulasi fail struktur

gmx-eneconv(1)
Tukar fail tenaga

gmx-sigeps(1)
Tukar gabungan c6/12 atau c6/cn kepada dan dari sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Gabungkan fail trajektori

gmx-trjconv(1)
Menukar dan memanipulasi fail trajektori

gmx-xpm2ps(1)
Tukar matriks XPM (XPixelMap) kepada postskrip atau XPM

Alatan
gmx-analisis(1)
Menganalisis set data

gmx-dyndom(1)
Interpolasi dan ekstrapolasi putaran struktur

penapis gmx(1)
Trajektori penapis frekuensi, berguna untuk membuat filem lancar

gmx-bohong(1)
Anggarkan tenaga bebas daripada gabungan linear

gmx-morph(1)
Interpolasi secara linear antara konformasi

gmx-pme_error(1)
Anggarkan ralat menggunakan PME dengan fail input yang diberikan

gmx-sham(1)
Kira tenaga bebas atau histogram lain daripada histogram

gmx-spatial(1)
Kirakan fungsi taburan ruang

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan tenaga putaran daripada trajektori

gmx-tune_pme(1)
Masa mdrun sebagai fungsi kedudukan PME untuk mengoptimumkan tetapan

gmx-wham(1)
Lakukan analisis histogram berwajaran selepas pensampelan payung

gmx-check(1)
Semak dan bandingkan fail

gmx-dump(1)
Jadikan fail binari boleh dibaca oleh manusia

gmx-make_ndx(1)
Buat fail indeks

gmx-mk_angndx(1)
Hasilkan fail indeks untuk 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
Susun molekul mengikut jaraknya ke kumpulan

gmx-xpm2ps(1)
Tukar matriks XPM (XPixelMap) kepada postskrip atau XPM

Jarak antara struktur
gmx-cluster(1)
Struktur kluster

gmx-confrms(1)
Muatkan dua struktur dan kira RMSD

gmx-rms(1)
Kira RMSD dengan struktur rujukan dan matriks RMSD

gmx-rmsf(1)
Kira turun naik atom

Jarak in struktur lebih masa
gmx-mindist(1)
Kira jarak minimum antara dua kumpulan

gmx-mdmat(1)
Kira peta kenalan sisa

gmx-polystat(1)
Kira sifat statik polimer

gmx-rmsdist(1)
Kira jarak pasangan atom dipuratakan dengan kuasa -2, -3 atau -6

Massa pengedaran hartanah lebih masa
gmx-gyrate(1)
Kira jejari kilasan

gmx-msd(1)
Mengira min anjakan segi empat sama

gmx-polystat(1)
Kira sifat statik polimer

gmx-rdf(1)
Kira fungsi taburan jejari

gmx-rotacf(1)
Kirakan fungsi korelasi putaran bagi molekul

gmx-rotmat(1)
Plotkan matriks putaran untuk dipasang pada struktur rujukan

gmx-sans(1)
Kira spektrum serakan neutron sudut kecil

gmx-saxs(1)
Kira spektrum serakan sinar-X sudut kecil

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan tenaga putaran daripada trajektori

gmx-vanhove(1)
Kirakan fungsi anjakan dan korelasi Van Hove

Menganalisa terikat interaksi
sudut gmx(1)
Kira taburan dan korelasi untuk sudut dan dihedral

gmx-mk_angndx(1)
Hasilkan fail indeks untuk 'gmx angle'

Struktur hartanah
gmx-anadock(1)
Struktur kluster daripada larian Autodock

gmx-bundle(1)
Menganalisis berkas paksi, cth, heliks

gmx-size(1)
Kira taburan saiz gugusan atom

gmx-disre(1)
Menganalisis sekatan jarak

gmx-hbond(1)
Kira dan analisis ikatan hidrogen

gmx-order(1)
Kira parameter tertib setiap atom untuk ekor karbon

gmx-pengetua(1)
Kira paksi utama inersia untuk sekumpulan atom

gmx-rdf(1)
Kira fungsi taburan jejari

gmx-saltbr(1)
Kira jambatan garam

gmx-sorient(1)
Menganalisis orientasi pelarut di sekitar bahan terlarut

gmx-spol(1)
Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekeliling bahan terlarut

Kinetik hartanah
gmx-bar(1)
Kira anggaran perbezaan tenaga bebas melalui nisbah penerimaan Bennett

gmx-semasa(1)
Kira pemalar dielektrik dan fungsi autokorelasi semasa

gmx-dos(1)
Menganalisis ketumpatan keadaan dan sifat berdasarkan itu

gmx-dyecoupl(1)
Ekstrak dinamik pewarna daripada trajektori

gmx-pengetua(1)
Kira paksi utama inersia untuk sekumpulan atom

gmx-tcaf(1)
Kira kelikatan cecair

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan tenaga putaran daripada trajektori

gmx-vanhove(1)
Kirakan fungsi anjakan dan korelasi Van Hove

gmx-velacc(1)
Kira fungsi autokorelasi halaju

Elektrostatik hartanah
gmx-semasa(1)
Kira pemalar dielektrik dan fungsi autokorelasi semasa

gmx-dielektrik(1)
Kira pemalar dielektrik bergantung frekuensi

gmx-dipol(1)
Kira jumlah dipol campur turun naik

potensi gmx(1)
Kira potensi elektrostatik merentasi kotak

gmx-spol(1)
Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekeliling bahan terlarut

gmx-genion(1)
Hasilkan ion monoatomik pada kedudukan yang menguntungkan secara bertenaga

Khusus protein analisis
gmx-do_dssp(1)
Tetapkan struktur sekunder dan kirakan luas permukaan boleh diakses pelarut

gmx-chi(1)
Kira semua yang anda ingin ketahui tentang chi dan dihedral lain

gmx-helix(1)
Kira sifat asas heliks alfa

gmx-helixorient(1)
Kira pic setempat/lentur/putaran/orientasi di dalam heliks

gmx-rama(1)
Kira plot Ramachandran

roda gmx(1)
Plot roda heliks

Antaramuka
gmx-bundle(1)
Menganalisis berkas paksi, cth, heliks

ketumpatan gmx(1)
Kira ketumpatan sistem

gmx-densmap(1)
Kira peta ketumpatan planar atau paksi-jejari 2D

gmx-densorder(1)
Kira turun naik permukaan

gmx-h2order(1)
Kirakan orientasi molekul air

gmx-hydorder(1)
Kira parameter tetrahedrality di sekeliling atom tertentu

gmx-order(1)
Kira parameter tertib setiap atom untuk ekor karbon

potensi gmx(1)
Kira potensi elektrostatik merentasi kotak

Kovarians analisis
gmx-anaeig(1)
Menganalisis vektor eigen

gmx-covar(1)
Kira dan pepenjurukan matriks kovarians

gmx-make_edi(1)
Hasilkan fail input untuk pensampelan dinamik penting

normal mod
gmx-anaeig(1)
Menganalisis mod biasa

gmx-nmeig(1)
Diagonalkan Hessian untuk analisis mod biasa

gmx-nmtraj(1)
Hasilkan trajektori berayun maya daripada vektor eigen

gmx-nmens(1)
Hasilkan ensemble struktur daripada mod biasa

gmx-grompp(1)
Buat fail input run

gmx-mdrun(1)
Cari minimum tenaga potensi dan hitung Hessian

HAKCIPTA

2015, pasukan pembangunan GROMACS

Gunakan gmx_d dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net