Ini ialah arahan gmx-density yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-density - Kira ketumpatan sistem
SINOPSIS
ketumpatan gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-i [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-sarang ] [-ng ] [-[tiada]pusat]
[-[no]symm] [-[tiada] saudara]
DESCRIPTION
gmx ketumpatan mengira ketumpatan separa di seluruh kotak, menggunakan fail indeks.
Untuk jumlah ketumpatan simulasi NPT, gunakan gmx tenaga sebaliknya.
Lebih Baik -pusat melakukan binning histogram relatif kepada pusat sewenang-wenangnya
kumpulan, dalam koordinat kotak mutlak. Jika anda mengira profil di sepanjang kotak paksi Z
dimensi bZ, output akan menjadi dari -bZ/2 hingga bZ/2 jika anda berpusat berdasarkan keseluruhan sistem.
Ambil perhatian bahawa tingkah laku ini telah berubah dalam GROMACS 5.0; versi terdahulu hanya melakukan a
binning statik dalam (0,bZ) dan mengalihkan output. Sekarang kita mengira pusat untuk setiap bingkai
dan tong dalam (-bZ/2,bZ/2).
Lebih Baik -symm mensimetri keluaran di sekeliling pusat. Ini akan dihidupkan secara automatik
-pusat juga. Pilihan -saudara melakukan binning secara relatif dan bukannya kotak mutlak
koordinat, dan skala output akhir dengan dimensi kotak purata di sepanjang output
paksi. Ini boleh digunakan dalam kombinasi dengan -pusat.
Ketumpatan adalah dalam kg/m^3, dan ketumpatan nombor atau ketumpatan elektron juga boleh
dikira. Untuk ketumpatan elektron, fail yang menerangkan bilangan elektron bagi setiap satu
jenis atom perlu disediakan menggunakan -i. Ia sepatutnya kelihatan seperti:
2
nama atom = nrelektron
nama atom = nrelektron
Baris pertama mengandungi bilangan baris untuk dibaca daripada fail. Patut ada satu
baris untuk setiap nama atom unik dalam sistem anda. Bilangan elektron bagi setiap atom ialah
diubah suai oleh cas separa atomnya.
PERTIMBANGAN PENTING UNTUK BILAYERS
Salah satu senario penggunaan yang paling biasa ialah mengira ketumpatan pelbagai kumpulan
merentasi dwilapisan lipid, biasanya dengan paksi z ialah arah biasa. Pendek kata
simulasi, sistem kecil dan saiz kotak tetap ini akan berfungsi dengan baik, tetapi untuk lebih banyak lagi
dwilapisan lipid kes am boleh menjadi rumit. Masalah pertama yang manakala kedua-duanya
protein dan lipid mempunyai kebolehmampatan isipadu yang rendah, lipid mempunyai luas yang agak tinggi
kebolehmampatan. Ini bermakna bentuk kotak (ketebalan dan luas/lipid) akan turun naik
secara substansial walaupun untuk sistem yang santai sepenuhnya. Oleh kerana GROMACS meletakkan kotak di antara
asal dan koordinat positif, ini pula bermakna dwilapisan berpusat di dalam kotak
akan bergerak sedikit ke atas/bawah disebabkan turun naik ini, dan mencemarkan profil anda. Yang paling mudah
cara untuk membetulkannya (jika anda mahu gandingan tekanan) adalah dengan menggunakan -pusat pilihan itu
mengira profil ketumpatan berkenaan dengan pusat kotak. Perhatikan bahawa anda boleh
masih berpusat pada bahagian dwilapisan walaupun anda mempunyai sistem tidak simetri yang kompleks dengan a
dwilapisan dan, katakan, protein membran - maka output kami hanya akan mempunyai lebih banyak nilai pada satu
sebelah rujukan asal (tengah).
Malah pengiraan berpusat akan menyebabkan beberapa memburukkan profil keluaran, sebagai
lipid itu sendiri dimampatkan dan mengembang. Dalam kebanyakan kes anda mungkin mahukan ini (sejak
ia sepadan dengan eksperimen makroskopik), tetapi jika anda ingin melihat butiran molekul
anda boleh menggunakan -saudara pilihan untuk cuba mengalih keluar lebih banyak lagi kesan volum
turun naik.
Akhir sekali, dwilapisan besar yang tidak tertakluk kepada tegangan permukaan akan menunjukkan beralun
turun naik, di mana terdapat 'gelombang' yang terbentuk dalam sistem. Ini adalah asas
harta sistem biologi, dan jika anda membandingkan dengan eksperimen, anda mungkin
nak masukkan kesan calitan beralun.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
-i [<.dat>] (elektron.dat) (Pilihan)
Fail data generik
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (ketumpatan.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-d (Z)
Ambil normal pada membran ke arah X, Y atau Z.
-sl (50)
Bahagikan kotak dalam bilangan kepingan ini.
-sarang (jisim)
Ketumpatan: jisim, nombor, cas, elektron
-ng (1)
Bilangan kumpulan yang boleh dikira ketumpatan.
-[tiada]pusat (tidak)
Lakukan binning relatif kepada tengah kotak (berubah). Berguna untuk
dwilapisan.
-[no]symm (tidak)
Simetrikan ketumpatan sepanjang paksi, berkenaan dengan pusat. Berguna untuk
dwilapisan.
-[tiada] saudara (tidak)
Gunakan koordinat relatif untuk menukar kotak dan keluaran skala mengikut dimensi purata.
DIKENALI ISU
· Apabila mengira ketumpatan elektron, nama atom digunakan dan bukannya jenis. Ini tidak baik.
Gunakan gmx-density dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
