Ini ialah arahan gmx-densorder yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-densorder - Kira turun naik permukaan
SINOPSIS
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Atau [<.keluar> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spect [<.keluar> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-[no]1h] [-bw ]
[-bwn ] [-pesanan ] [-saxis ]
[-kaedah ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
DESCRIPTION
gmx tertib padat mengurangkan taburan ketumpatan dua fasa sepanjang paksi, dikira melalui MD
trajektori, ke permukaan 2D yang turun naik dalam masa, mengikut kesesuaian dengan profil berfungsi untuk
ketumpatan antara muka. Perwakilan spatial purata masa bagi antara muka boleh
output dengan pilihan -tavg.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Pilihan)
Fail data generik
-Atau [<.keluar> [...]] (hello.out) (Pilihan)
Fail keluaran generik
-og [<.xpm> [...]] (antara muka.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-Spect [<.keluar> [...]] (intfspect.out) (Pilihan)
Fail keluaran generik
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-[no]1h (tidak)
Geometri antara muka Pseudo-1d
-bw (0.2)
Binwidth taburan ketumpatan tangen kepada antara muka
-bwn (0.05)
Binwidth taburan ketumpatan normal kepada antara muka
-pesanan (0)
Susunan penapis Gaussian, pesanan 0 bersamaan dengan penapisan NO
-saxis (Z)
Arah Paksi - X, Y atau Z
-kaedah (belah dua)
Kaedah lokasi antara muka: dua belah, berfungsi
-d1 (0)
Ketumpatan pukal fasa 1 (pada z kecil)
-d2 (1000)
Ketumpatan pukal fasa 2 (pada z besar)
-tblock (100)
Bilangan bingkai dalam satu purata blok masa
-nlevel (100)
Bilangan tahap Ketinggian dalam 2D - XPixMaps
Gunakan gmx-densorder dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
