gmx-energy - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-energy - Menulis tenaga ke fail xvg dan memaparkan purata

SINOPSIS

tenaga gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-biola [<.xvg>]] [-berpasangan [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-[tiada yuran]
[-fetemp ] [-sifar ] [-[no]jumlah] [-[no]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[no]mutot] [-langkau ]
[-[no]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no]driftcorr] [-[tiada] turun naik] [-[no]orinst] [-[no]ovec]
[-acflen ] [-[no]normalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulakan ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx tenaga mengekstrak komponen tenaga atau data sekatan jarak daripada fail tenaga. The
pengguna digesa untuk memilih secara interaktif istilah tenaga yang diingini.

Purata, RMSD dan drift dikira dengan ketepatan penuh daripada simulasi (lihat
manual bercetak). Drift dikira dengan melakukan padanan data kuasa dua terkecil ke a
garis lurus. Jumlah drift yang dilaporkan ialah perbezaan padanan pada yang pertama dan terakhir
titik. Anggaran ralat purata diberikan berdasarkan purata blok melebihi 5 blok
menggunakan purata ketepatan penuh. Anggaran ralat boleh dilakukan pada berbilang blok
panjang dengan pilihan -nbmin and -nbmax. Nota bahawa dalam kebanyakan kes fail tenaga
mengandungi purata ke atas semua langkah MD, atau lebih banyak mata daripada bilangan bingkai dalam
fail tenaga. Ini menjadikan gmx tenaga output statistik lebih tepat daripada .xvg
pengeluaran. Apabila purata tepat tidak terdapat dalam fail tenaga, statistik disebut
di atas hanyalah atas nilai tenaga tunggal setiap bingkai.

Istilah turun naik memberikan RMSD sekitar padanan kuasa dua terkecil.

Sesetengah sifat bergantung kepada turun naik boleh dikira dengan syarat tenaga yang betul
dipilih, dan bahawa pilihan baris arahan -fluct_props diberikan. Yang berikut
sifat akan dikira:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│Harta │ Syarat tenaga diperlukan │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Kapasiti haba C_p (NPT sims): │ Entalpi, Suhu │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Kapasiti haba C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Pekali pengembangan terma. (NPT): │ Entalpi, Vol, Suhu │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Kebolehmampatan isoterma: │ Vol, Suhu │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Modulus pukal adiabatik: │ Vol, Suhu │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Anda sentiasa perlu menetapkan bilangan molekul -nmol. Pengiraan C_p/C_v dilakukan tidak
sertakan sebarang pembetulan untuk kesan kuantum. Menggunakan gmx daripada program jika anda memerlukannya (dan
awak buat).

Apabila -biola pilihan ditetapkan, purata masa pelanggaran diplot dan berjalan
purata masa dan jumlah pelanggaran serta-merta dikira semula. Selain itu berjalan
jarak purata masa dan serta-merta antara pasangan terpilih boleh diplot dengan
-berpasangan pilihan.

Pilihan -ora, -ort, -oda, -odr and -odt digunakan untuk menganalisis data sekatan orientasi.
Dua pilihan pertama memplot orientasi, tiga terakhir adalah sisihan
orientasi daripada nilai eksperimen. Pilihan yang berakhir pada 'a' plot
purata dari semasa ke semasa sebagai fungsi kekangan. Pilihan yang berakhir pada 't' menggesa
pengguna untuk nombor label sekatan dan plot data sebagai fungsi masa. Pilihan -odr
memplot sisihan RMS sebagai fungsi kekangan. Apabila larian menggunakan masa atau ensembel
sekatan orientasi purata, pilihan -orinst boleh digunakan untuk menganalisis serta-merta,
bukan orientasi purata ensembel dan sisihan bukannya masa dan ensembel
purata.

Lebih Baik -oten memplot nilai eigen bagi tensor susunan molekul untuk setiap orientasi
eksperimen sekatan. Dengan pilihan -ovec juga vektor eigen diplot.

Lebih Baik -odh mengekstrak dan memplot data tenaga bebas (perbezaan Hamilton dan/atau
Derivatif Hamiltonian dhdl) daripada ener.edr fail.

Dengan -Bayaran anggaran dikira untuk perbezaan tenaga bebas dengan gas ideal
nyatakan:

Delta A = A(N,V,T) - A_gas ideal(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

di mana k ialah pemalar Boltzmann, T ditetapkan oleh -fetemp dan purata adalah melebihi ensemble
(atau masa dalam trajektori). Ambil perhatian bahawa ini pada dasarnya hanya betul apabila membuat purata
ke atas keseluruhan ensembel (Boltzmann) dan menggunakan tenaga potensi. Ini juga membolehkan
anggaran entropi menggunakan:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Apabila fail tenaga kedua ditentukan (-f2), perbezaan tenaga bebas dikira:

dF = -kT ln( _A),

di mana E_A dan E_B ialah tenaga daripada fail tenaga pertama dan kedua, dan purata
adalah atas ensembel A. Purata larian perbezaan tenaga bebas dicetak kepada a
fail yang ditentukan oleh -ravg. Nota bahawa tenaga mesti kedua-duanya dikira daripada yang sama
lintasan.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Fail tenaga

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Pilihan)
Fail tenaga

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Pilihan)
Fail input run xdr mudah alih

Pilihan untuk menentukan fail output:

-o [<.xvg>] (tenaga.xvg)
fail xvgr/xmgr

-biola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-berpasangan [<.xvg>] (pasangan.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

Pilihan lain:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori

-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada

-[tiada yuran (tidak)
Buat anggaran tenaga percuma

-fetemp (300)
Suhu rujukan untuk pengiraan tenaga percuma

-sifar (0)
Kurangkan tenaga titik sifar

-[no]jumlah (tidak)
Jumlahkan istilah tenaga yang dipilih dan bukannya memaparkan semuanya

-[no]dp (tidak)
Cetak tenaga dalam ketepatan tinggi

-nbmin (5)
Bilangan blok minimum untuk anggaran ralat

-nbmax (5)
Bilangan maksimum blok untuk anggaran ralat

-[no]mutot (tidak)
Kira jumlah momen dipol daripada komponen

-langkau (0)
Langkau bilangan bingkai antara titik data

-[no]aver (tidak)
Cetak juga purata tepat dan rmsd yang disimpan dalam bingkai tenaga (hanya apabila 1 penggal
diminta)

-nmol (1)
Bilangan molekul dalam sampel anda: tenaga dibahagikan dengan nombor ini

-[no]fluct_props (tidak)
Kira sifat berdasarkan turun naik tenaga, seperti kapasiti haba

-[no]driftcorr (tidak)
Berguna hanya untuk pengiraan sifat turun naik. Hanyut dalam
yang boleh diperhatikan akan ditolak sebelum mengira sifat turun naik.

-[tiada] turun naik (tidak)
Kira autokorelasi turun naik tenaga dan bukannya tenaga itu sendiri

-[no]orinst (tidak)
Menganalisis data orientasi serta-merta

-[no]ovec (tidak)
Juga plot vektor eigen dengan -oten

-acflen (-1)
Panjang ACF, lalai ialah separuh daripada bilangan bingkai

-[no]normalkan (ya)
Normalkan ACF

-P (0)
Susunan polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tiada): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Tiada)
Fungsi muat: tiada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-mulakan (0)
Masa untuk memulakan muat eksponen bagi fungsi korelasi

-endfit (-1)
Masa di mana untuk menamatkan muat eksponen bagi fungsi korelasi, -1 adalah sehingga
akhir

Gunakan gmx-energy dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net