Ini ialah arahan gmx-msd yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-msd - Mengira min anjakan segi empat sama
SINOPSIS
gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-awak ] [-[tidak]w] [-xvg ]
[Jenis ] [-sisi ] [-[tiada sepuluh] [-nkumpulan ]
[-[tidak]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-mulakan semula ]
[-mulakan ] [-endfit ]
DESCRIPTION
gmx msd mengira min sesaran kuasa dua (MSD) atom daripada set permulaan
jawatan. Ini menyediakan cara mudah untuk mengira pemalar resapan menggunakan Einstein
perhubungan. Masa antara titik rujukan untuk pengiraan MSD ditetapkan dengan
-mulakan semula. Pemalar resapan dikira dengan kuasa dua terkecil yang sesuai dengan garis lurus
(D*t + c) melalui MSD(t) daripada -mulakan kepada -endfit (perhatikan bahawa t ialah masa dari
kedudukan rujukan, bukan masa simulasi). Anggaran ralat diberikan, iaitu
perbezaan pekali resapan yang diperoleh daripada padanan ke atas dua bahagian padanan
selang waktu.
Terdapat tiga pilihan yang saling eksklusif untuk menentukan jenis kuasa dua min yang berbeza
anjakan: Jenis, -sisi and -sungguh. Pilihan -sungguh menulis tensor MSD penuh untuk setiap satu
kumpulan, susunan dalam output ialah: jejak xx yy zz yx zx zy.
If -mol ditetapkan, gmx msd memplot MSD untuk molekul individu (termasuk membuat molekul
keseluruhan merentasi sempadan berkala): bagi setiap molekul individu pemalar resapan ialah
dikira untuk pusat jisimnya. Kumpulan indeks yang dipilih akan dibahagikan kepada molekul.
Cara lalai untuk mengira MSD adalah dengan menggunakan purata berwajaran jisim. Ini boleh diubah
mati dengan -nomw.
Dengan pilihan -rmcomm, pusat gerakan jisim kumpulan tertentu boleh dialih keluar. Untuk
trajektori yang dihasilkan dengan GROMACS ini biasanya tidak perlu, kerana gmx mdrun biasanya
sudah mengeluarkan pusat gerakan jisim. Apabila anda menggunakan pilihan ini pastikan bahawa
keseluruhan sistem disimpan dalam fail trajektori.
Pekali resapan ditentukan oleh regresi linear MSD, di mana, tidak seperti untuk
keluaran biasa D, masa ditimbang mengikut bilangan rujukan
mata, iaitu masa yang singkat mempunyai berat yang lebih tinggi. Juga apabila -beginfit``=-1,fitting bermula at
10% and apabila ``-endfit``=-1, pemasangan pergi kepada 90%. Menggunakan ini pilihan 1 Juga mendapat an
tepat kesilapan anggaran berdasarkan on yang statistik antara individu Molekul. Nota Bahawa
ini penyiaran pekali and kesilapan anggaran adalah hanyalah tepat apabila yang MSD is sepenuhnya
linear antara ``-mulakan and -endfit.
Lebih Baik -pdb menulis a .pdb fail dengan koordinat bingkai pada masa -tpdb Di antara
Medan faktor B punca kuasa dua bagi pekali resapan molekul. Pilihan ini
membayangkan pilihan -mol.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (msd.xvg)
fail xvgr/xmgr
-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Pilihan)
Fail bank data protein
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-awak (ps)
Unit untuk nilai masa: fs, ps, ns, us, ms, s
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
Jenis (tidak)
Kira pekali resapan dalam satu arah: tidak, x, y, z
-sisi (tidak)
Kira resapan sisi dalam satah berserenjang dengan: tidak, x, y, z
-[tiada sepuluh (tidak)
Kira tensor penuh
-nkumpulan (1)
Bilangan kumpulan untuk mengira MSD
-[tidak]mw (ya)
MSD berwajaran jisim
-[no]rmcomm (tidak)
Keluarkan pusat gerakan jisim
-tpdb (0)
Bingkai untuk digunakan untuk pilihan -pdb (ps)
-mulakan semula (10)
Masa antara titik permulaan semula dalam trajektori (ps)
-mulakan (-1)
Masa mula untuk memasang MSD (ps), -1 ialah 10%
-endfit (-1)
Masa tamat untuk memasang MSD (ps), -1 ialah 90%
Gunakan gmx-msd dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
