gmx-rmsdist - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-rmsdist - Kira jarak pasangan atom dipuratakan dengan kuasa -2, -3 atau -6

SINOPSIS

gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-bermaksud [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-tiada e [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ] [-nlevels ]
[-maks ] [-[tidak]sumh] [-[no]pbc]

DESCRIPTION

gmx rmsdist mengira sisihan kuasa dua punca bagi jarak atom, yang mempunyai
kelebihan yang tiada kesesuaian diperlukan seperti dalam sisihan RMS piawai seperti yang dikira oleh gmx rms.
Struktur rujukan diambil daripada fail struktur. RMSD pada masa t ialah
dikira sebagai RMS bagi perbezaan jarak antara pasangan atom dalam rujukan
struktur dan struktur pada masa t.

gmx rmsdist juga boleh menghasilkan matriks jarak rms, jarak rms berskala dengan
jarak purata dan jarak purata dan matriks dengan jarak purata NMR (1/r^3 dan
1/r^6 purata). Akhir sekali, senarai pasangan atom dengan jarak purata 1/r^3 dan 1/r^6
di bawah jarak maksimum (-maks, yang akan lalai kepada 0.6 dalam kes ini) boleh
dijana, secara lalai dengan purata ke atas hidrogen yang setara (semua triplet hidrogen dinamakan
*[123]). Selain itu senarai atom yang setara boleh dibekalkan (-equiv), setiap baris
mengandungi satu set atom setara yang ditentukan sebagai nombor sisa dan nama dan nama atom;
cth:

HB* 3 SER HB1 3 SER HB2

Nama sisa dan atom mesti sepadan dengan nama dalam fail struktur, termasuk kes.
Menentukan atom bukan urutan tidak ditentukan.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks

-equiv [<.dat>] (equiv.dat) (Pilihan)
Fail data generik

Pilihan untuk menentukan fail output:

-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
fail xvgr/xmgr

-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap

-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap

-bermaksud [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap

-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap

-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap

-tiada e [<.dat>] (noe.dat) (Pilihan)
Fail data generik

Pilihan lain:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori

-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)

-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada

-nlevels (40)
Diskritkan RMS dalam bilangan tahap ini

-maks (-1)
Tahap maksimum dalam matriks

-[tidak]sumh (ya)
Jarak purata ke atas hidrogen yang setara

-[no]pbc (ya)
Gunakan syarat sempadan berkala semasa mengira jarak

Gunakan gmx-rmsdist dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net