Ini ialah arahan gmx-sham yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-sham - Kira tenaga bebas atau histogram lain daripada histogram
SINOPSIS
gmx sham [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-sejarah [<.xvg>]] [- tong sampah [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[tidak]w] [-xvg ]
[-[tiada masa] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[tidak]d] [-[tidak] sham] [-tsham ]
[-pmin ] [-malap ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nlevels ]
DESCRIPTION
gmx syam membuat plot tenaga bebas, entalpi dan entropi berbilang dimensi. gmx syam dibaca
satu atau lebih .xvg fail dan menganalisis set data. Tujuan asas bagi gmx syam adalah untuk merancang
Landskap tenaga bebas Gibbs (pilihan -ls) oleh Bolzmann menyongsangkan pelbagai dimensi
histogram (pilihan -lp), tetapi ia juga boleh membuat entalpi (pilihan -lsh) dan entropi (pilihan
-lss) plot. Histogram boleh dibuat untuk sebarang kuantiti yang dibekalkan oleh pengguna. Satu barisan masuk
fail input mungkin bermula dengan masa (lihat pilihan -masa) dan sebarang bilangan y-nilai mungkin
ikut. Berbilang set juga boleh dibaca apabila ia dipisahkan oleh & (pilihan -n), di dalam ini
kes hanya satu y-nilai dibaca dari setiap baris. Semua baris bermula dengan # dan @ adalah
dilangkau.
Lebih Baik -ge boleh digunakan untuk membekalkan fail dengan tenaga bebas apabila ensemble bukan a
Kumpulan Boltzmann, tetapi perlu berat sebelah oleh tenaga bebas ini. Satu nilai tenaga percuma ialah
diperlukan untuk setiap titik data (berbilang dimensi) dalam -f input.
Lebih Baik -ene boleh digunakan untuk membekalkan fail dengan tenaga. Tenaga ini digunakan sebagai a
fungsi pemberat dalam kaedah analisis histogram tunggal oleh Kumar et al. Bila
suhu dibekalkan (sebagai lajur kedua dalam fail), pemberat eksperimen
skim digunakan. Selain itu, lembah digunakan untuk membuat plot entalpi dan entropi.
Dengan pilihan -malap, dimensi boleh diberikan untuk jarak. Apabila jarak adalah 2- atau
3-dimensi, lilitan atau permukaan yang diambil sampel oleh dua zarah bertambah dengan
jarak yang semakin meningkat. Bergantung pada perkara yang ingin ditunjukkan, seseorang boleh memilih untuk membetulkannya
histogram dan tenaga bebas untuk kesan isipadu ini. Kebarangkalian dinormalkan oleh r
dan r^2 untuk dimensi 2 dan 3, masing-masing. Nilai -1 digunakan untuk menunjukkan an
sudut dalam darjah antara dua vektor: normalisasi sin(sudut) akan digunakan. Nota
bahawa untuk sudut antara vektor hasil dalam atau kosinus ialah kuantiti semula jadi kepada
gunakan, kerana ia akan menghasilkan tong dengan jumlah yang sama.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xvg>] (graf.xvg)
fail xvgr/xmgr
-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
Pilihan untuk menentukan fail output:
-dist [<.xvg>] (ener.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-sejarah [<.xvg>] (edist.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
- tong sampah [<.ndx>] (bindex.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (Pilihan)
Fail matriks serasi X PixMap
-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Pilihan)
Fail bank data protein
-g [<.log>] (shamlog.log) (Pilihan)
Fail log
Pilihan lain:
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[tiada masa (ya)
Jangkakan masa dalam input
-b (-1)
Kali pertama membaca dari set
-e (-1)
Kali terakhir membaca dari set
-ttol (0)
Toleransi pada masa dalam unit yang sesuai (biasanya ps)
-n (1)
Baca bilangan set ini yang dipisahkan oleh baris yang mengandungi hanya ampersand
-[tidak]d (tidak)
Gunakan derivatif
-[tidak] sham (ya)
Matikan pemberat tenaga walaupun tenaga diberikan
-tsham (298.15)
Suhu untuk analisis histogram tunggal
-pmin (0)
Kebarangkalian minimum. Apa-apa yang lebih rendah daripada ini akan ditetapkan kepada sifar
-malap (1 1 1)
Dimensi untuk jarak, digunakan untuk pembetulan volum (nilai maks 3, dimensi > 3
akan mendapat nilai yang sama seperti yang terakhir)
-ngrid (32 32 32)
Bilangan tong untuk landskap tenaga (maks 3 nilai, dimensi > 3 akan mendapat
nilai yang sama seperti yang terakhir)
-xmin (0 0 0)
Minimum untuk paksi dalam landskap tenaga (lihat di atas untuk > 3 dimensi)
-xmax (1 1 1)
Maksimum untuk paksi dalam landskap tenaga (lihat di atas untuk > 3 dimensi)
-pmax (0)
Kebarangkalian maksimum dalam output, lalai dikira
-gmax (0)
Tenaga bebas maksimum dalam output, lalai dikira
-emin (0)
Entalpi minimum dalam output, lalai dikira
-emax (0)
Entalpi maksimum dalam output, lalai dikira
-nlevels (25)
Bilangan tahap untuk landskap tenaga
Gunakan gmx-sham dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
