Ini ialah arahan gt-eval yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gt-eval - Bandingkan fail anotasi dan tunjukkan ukuran ketepatan (ramalan lwn rujukan).
SINOPSIS
gt menipu reference_file prediction_file
DESCRIPTION
-nuc [ya|tidak]
menilai tahap nukleotida (penggunaan memori adalah berkadar dengan saiz fail input)
(lalai: ya)
-ltr [ya|tidak]
menilai ramalan retrotransposon LTR dan bukannya ramalan gen (semua
Unsur LTR_retrotransposon dianggap mempunyai untaian yang tidak ditentukan) (lalai:
tidak)
-ltrdelta [nilai]
tetapkan delta dibenarkan untuk sempadan LTR untuk dianggap sama (lalai: 20)
-v [ya|tidak]
bertele-tele (lalai: tidak)
-o [nama fail]
ubah hala output ke fail yang ditentukan (lalai: tidak ditentukan)
-gzip [ya|tidak]
tulis fail output termampat gzip (lalai: tidak)
-bzip2 [ya|tidak]
tulis fail output termampat bzip2 (lalai: tidak)
-paksa [ya|tidak]
paksa menulis ke fail output (lalai: tidak)
-membantu
paparan bantuan dan keluar
-turun
memaparkan maklumat versi dan keluar
Program ini menunjukkan nilai sensitiviti dan kekhususan untuk jenis ciri tertentu (cth,
gen, mRNA, dan ekson). Untuk beberapa jenis ciri bilangan ciri yang hilang dan salah
jenis itu juga ditunjukkan. Oleh itu, "hilang" bermaksud bilangan ciri jenis itu daripada
"rujukan" tanpa bertindih dengan ciri jenis itu daripada "ramalan". Naib
sebaliknya, "salah" menandakan bilangan ciri jenis itu daripada "ramalan" tanpa
bertindih kepada ciri jenis itu daripada "rujukan".
PELAPORAN BUANG
Laporkan pepijat kepada[e-mel dilindungi]>.
Gunakan gt-eval dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
