Ini ialah arahan gt-hop yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gt-hop - Pembetulan ralat homopolimer berasaskan jujukan serumpun.
SINOPSIS
gt hop - -c -peta -membaca [pilihan...]
DESCRIPTION
-c [rentetan]
jujukan serumpun (dikodkan menggunakan pengekodan gt encseq)
-peta [rentetan]
pemetaan bacaan kepada urutan serumpun ia mestilah dalam format SAM/BAM dan diisih mengikut
koordinat (boleh disediakan cth menggunakan: samtools sort)
-sam [ya|tidak]
fail pemetaan ialah SAM lalai: BAM
-agresif [ya|tidak]
betulkan sebaik mungkin
-sederhana [ya|tidak]
menjadi pengantara antara sensitiviti dan ketepatan
-konservatif [ya|tidak]
betulkan sahaja kesilapan yang berkemungkinan besar
-pakar [ya|tidak]
memilih kriteria pembetulan secara manual
-membaca
fail baca yang tidak dibetulkan dalam format FastQ; bacaan yang diperbetulkan adalah output dalam
direktori kerja semasa dalam fail yang dinamakan sebagai fail input, setiap satu didahulukan
dengan awalan (lihat pilihan -outprefix) -reads membolehkan seseorang mengeluarkan bacaan dalam yang sama
tertib seperti dalam input dan wajib jika SAM mengandungi lebih daripada satu primer
penjajaran untuk setiap bacaan (cth output bwasw) lihat juga pilihan -o sebagai alternatif
-awalan [rentetan]
awalan untuk nama fail keluaran (bacaan diperbetulkan) apabila -baca ditentukan, awalan ialah
ditambahkan pada setiap nama fail input (lalai: hop_)
-o [rentetan]
fail output untuk bacaan yang diperbetulkan (lihat juga -reads/-outprefix) jika -o digunakan, bacaan adalah
output dalam satu fail dalam susunan ia ditemui dalam fail SAM (yang biasanya
berbeza daripada susunan asal) ini hanya akan berfungsi jika bacaan diselaraskan dengan a
perisian yang hanya merangkumi 1 penjajaran untuk setiap bacaan (cth bwa) (lalai: tidak ditentukan)
-hmin [nilai]
panjang homopolimer minimum dalam urutan serumpun (lalai: 3)
-baca-hmin [nilai]
panjang homopolimer minimum dalam bacaan (lalai: 2)
-qmax [nilai]
kualiti purata maksimum homopolimer dalam bacaan (lalai: 120)
-altmaks [nilai]
sokongan maksimum homopol ganti. panjang; cth 0.8 bermaksud: jangan betulkan sebarang bacaan jika
homop. panjang dalam lebih daripada 80%% bacaan mempunyai nilai yang sama, berbeza daripada
serumpun jika altmax ditetapkan kepada 1.0 bacaan sentiasa diperbetulkan (lalai: 0.800000)
-cogmin [nilai]
sokongan min homopol jujukan serumpun. panjang; cth 0.1 bermaksud: jangan betulkan mana-mana
baca jika homop serumpun. panjang tidak terdapat dalam sekurang-kurangnya 10%% daripada bacaan jika cogmin
ditetapkan kepada 0.0 bacaan sentiasa diperbetulkan
-mapqmin [nilai]
kualiti pemetaan minimum (lalai: 21)
-covmin [nilai]
perlindungan minimum; cth 5 bermaksud: jangan betulkan sebarang bacaan jika liputan (bilangan bacaan
dipetakan pada keseluruhan homopolimer) adalah kurang daripada 5 jika covmin ditetapkan kepada 1 bacaan sentiasa
diperbetulkan (lalai: 1)
-benarkan-muliple [ya|tidak]
benarkan berbilang pembetulan dalam bacaan (lalai: tidak)
-clenmax [nilai]
lalai panjang pembetulan maksimum: tidak terhad
-ann [rentetan]
anotasi jujukan serumpun ia mesti diisih mengikut koordinat pada serumpun
urutan (ini boleh dilakukan contohnya menggunakan: gt gff3 -sort) jika -ann digunakan, pembetulan
akan dihadkan kepada permulaan homopolimer atau berakhir di dalam jenis ciri yang ditunjukkan oleh
-ft optionformat: diisih GFF3 (lalai: tidak ditentukan)
-kos [rentetan]
jenis ciri untuk digunakan apabila pilihan -ann ditentukan (lalai: CDS)
-v [ya|tidak]
bertele-tele (lalai: tidak)
-membantu
paparan bantuan untuk pilihan asas dan keluar
-membantu+
paparan bantuan untuk semua pilihan dan keluar
-turun
memaparkan maklumat versi dan keluar
Mod pembetulan:
Salah satu pilihan -agresif, -sederhana, -konservatif or -pakar mesti dipilih.
. -agresif, -sederhana and -konservatif mod adalah pratetap bagi kriteria yang digunakannya
diputuskan jika percanggahan diperhatikan dalam panjang homopolimer antara jujukan serumpun dan a
yang dibaca hendaklah dibetulkan atau tidak. Penerangan tentang kriteria tunggal disediakan dengan menggunakan
yang -membantu+' pilihan. Pratetap adalah bersamaan dengan tetapan berikut:
-agresif -sederhana -konservatif
-hmin 3 3 3
-baca-hmin 1 1 2
-altmaks 1.00 0.99 0.80
-refmin 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-covmin 1 1 1
-clenmax unlimited unlimited unlimited
-benarkan-berbilang ya ya tidak
Mod agresif cuba memaksimumkan sensitiviti, mod konservatif untuk meminimumkan
positif palsu. Set pembetulan yang lebih konservatif boleh dicapai menggunakan
yang -ann pilihan (lihat -membantu+).
. -pakar mod membolehkan seseorang menetapkan setiap parameter secara manual; nilai lalai ialah
sama seperti dalam -konservatif mod.
(Akhir sekali, untuk tujuan penilaian sahaja, -keadaan-kebenaran mod boleh digunakan: mod ini
menganggap bahawa genom terjujukan telah ditentukan sebagai jujukan serumpun dan keluaran an
senarai pembetulan yang ideal.)
PELAPORAN BUANG
Laporkan pepijat kepada[e-mel dilindungi]>.
Gunakan gt-hop dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
