Ini ialah arahan gt-ltrharvest yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
gt-ltrharvest - Ramalkan retrotransposon LTR.
SINOPSIS
gt ltrharvest [pilihan ...] -indeks
DESCRIPTION
-indeks [rentetan]
nyatakan nama indeks tatasusunan akhiran yang dipertingkatkan (wajib) (lalai: tidak ditentukan)
-rentang [permulaan akhir]
tentukan julat dalam jujukan input di mana pasangan LTR dicari (lalai:
[0..0])
-benih [nilai]
nyatakan panjang benih minimum untuk ulangan tepat (lalai: 30)
-minlenltr [nilai]
tentukan panjang minimum untuk setiap LTR (lalai: 100)
-maxlenltr [nilai]
tentukan panjang maksimum untuk setiap LTR (lalai: 1000)
-mindistltr [nilai]
nyatakan jarak minimum kedudukan permulaan LTR (lalai: 1000)
-maxdistltr [nilai]
tentukan jarak maksimum kedudukan permulaan LTR (lalai: 15000)
-sama [nilai]
nyatakan ambang persamaan dalam julat [1..100%] (lalai: 85.000000)
-mintsd [nilai]
tentukan panjang minimum untuk setiap TSD (lalai: 4)
-maxtsd [nilai]
tentukan panjang maksimum untuk setiap TSD (lalai: 20)
-motif [rentetan]
nyatakan 2 nukleotida motif permulaan + 2 nukleotida endmotif: ** (lalai: tidak ditentukan)
-motif [nilai]
nyatakan bilangan maksimum ketidakpadanan dalam motif [0,3] (lalai: 4)
-vic [nilai]
nyatakan bilangan nukleotida (ke kiri dan ke kanan) yang akan dicari
untuk TSD dan/atau motif sekitar 5' dan 3' sempadan retrotransposon LTR yang diramalkan
(lalai: 60)
-bertindih [...]
nyatakan tidak|terbaik|semua (lalai: terbaik)
-xdrop [nilai]
nyatakan xdropbelowscore untuk penjajaran sambungan (lalai: 5)
- tikar [nilai]
tentukan skor padanan untuk penjajaran sambungan (lalai: 2)
-mis [nilai]
tentukan skor tidak padan untuk penjajaran sambungan (lalai: -2)
-dalam [nilai]
nyatakan skor sisipan untuk penjajaran sambungan (lalai: -3)
-del [nilai]
tentukan skor pemadaman untuk penjajaran sambungan (lalai: -3)
-v [ya|tidak]
mod verbose (lalai: tidak)
-tabout [ya|tidak]
Menunjukkan lama output jadual dan bukannya GFF3 pada stdout (lalai: ya)
-seqids [ya|tidak]
gunakan perihalan jujukan dan bukannya nombor jujukan dalam output GFF3 (lalai: tidak)
-md5 [ya|tidak]
tambah cincang MD5 pada seqids dalam output GFF3 (lalai: tidak)
-output panjang [ya|tidak]
motif tambahan/output TSD (lalai: tidak)
-keluar [rentetan]
nyatakan nama fail keluaran FASTA (lalai: tidak ditentukan)
-luar [rentetan]
tentukan nama fail keluaran FASTA untuk kawasan dalam (lalai: tidak ditentukan)
-gff3 [rentetan]
nyatakan nama fail keluaran GFF3 (lalai: tidak ditentukan)
-mengimbangi [nilai]
offset ditambahkan pada koordinat GFF3 (lalai: 0)
-imbas [ya|tidak]
imbas indeks secara berurutan dan bukannya memetakannya ke dalam memori sepenuhnya (lalai: ya)
-membantu
paparan bantuan untuk pilihan asas dan keluar
-membantu+
paparan bantuan untuk semua pilihan dan keluar
-turun
memaparkan maklumat versi dan keluar
TAMBAHAN SYARIKAT
Untuk maklumat terperinci, sila rujuk manual ltrharvest.
PELAPORAN BUANG
Laporkan pepijat kepada[e-mel dilindungi]>.
Gunakan gt-ltrharvest dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
