gtf2gff3p - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gtf2gff3 - Menukar fail berformat GTF kepada fail GFF3 yang sah

VERSION

Dokumen ini menerangkan versi 0.1

SINOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIPTION

Skrip ini akan menukar fail berformat GTF kepada fail berformat GFF3 yang sah. Ia akan memetakan
nilai dalam lajur 3 (lajur \"jenis\") kepada SO yang sah, tetapi kerana banyak istilah bukan standard
mungkin muncul dalam lajur tersebut dalam fail GTF, anda boleh mengedit fail konfigurasi untuk menyediakan fail anda sendiri
Ciri GTF kepada pemetaan SO. Skrip itu juga akan membina model gen daripada exon, CDS dan
ciri lain yang diberikan dalam fail GTF. Ia kini diuji pada Ensemble dan Twinscan
GTF, dan ia harus berfungsi pada mana-mana fail lain yang mengikut spesifikasi yang sama. Ia berlaku
tidak berfungsi pada GTF daripada pelayar jadual UCSC kerana fail tersebut menggunakan ID yang sama untuk gen
dan transkrip, jadi adalah mustahil untuk mengumpulkan berbilang transkrip kepada gen. Lihat
README yang disertakan dengan skrip untuk maklumat lanjut.

PILIHAN:

--cfg
Berikan nama fail untuk fail konfigurasi. Lihat fail konfigurasi yang disediakan bersama ini
skrip untuk butiran format. Gunakan fail konfigurasi ini untuk mengubah suai tingkah laku
skrip. Jika tiada fail konfigurasi diberikan, ia mencari ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg dalam susunan itu.

- membantu
Sediakan mesej bantuan gaya halaman manual terperinci dan kemudian keluar.

DIAGNOSTIK

"ERROR: Atribut tiada atau bukan standard: parse_attributes"
Baris dalam fail GTF tidak mempunyai sebarang atribut atau lajur atributnya ialah
tidak dapat dihuraikan.

"RALAT: Ciri gen bukan transkrip tidak disokong. Sila hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan:
bina_gen"
Amaran ini menunjukkan bahawa baris telah dilangkau kerana ia mengandungi bukan transkrip
ciri gen, dan kod itu tidak dilengkapi pada masa ini untuk mengendalikan ciri jenis ini.
Ini mungkin tidak terlalu sukar untuk ditambah, jadi hubungi saya jika anda mendapat ralat ini dan akan
ingin mempunyai ciri ini disokong.

"ERROR: Mesti mempunyai sekurang-kurangnya exon atau CDS untuk membina transkrip: build_trnsc"
Sesetengah ciri mempunyai transcript_id namun tiada exon atau CDS yang dikaitkan dengannya
transcript_id itu supaya skrip gagal membina transkrip.

"ERROR: konflik seq_id: validate_and_finish_trnsc"
Menemui dua ciri dalam transkrip yang sama yang tidak berkongsi seq_id yang sama.

"ERROR: konflik sumber: validate_and_finish_trnsc"
Menemui dua ciri dalam transkrip yang sama yang tidak berkongsi sumber yang sama.

"ERROR: konflik jenis: validate_and_finish_trnsc"
Menemui dua ciri dalam transkrip yang sama yang dijangka berkongsi perkara yang sama
menaip tetapi mereka tidak melakukannya.

"ERROR: konflik untaian: validate_and_finish_trnsc"
Menemui dua ciri dalam transkrip yang sama yang tidak berkongsi helai yang sama.

"ERROR: konflik seq_id: validate_and_build_gene"
Menemui dua ciri dalam gen yang sama yang tidak berkongsi seq_id yang sama.

"ERROR: konflik sumber: validate_and_build_gene"
Menemui dua ciri dalam gen yang sama yang tidak berkongsi sumber yang sama.

"ERROR: konflik untaian: validate_and_build_gene"
Menemui dua ciri dalam gen yang sama yang tidak berkongsi helai yang sama.

"ERROR: konflik gen_id: validate_and_build_gene"
Menemui dua ciri dalam gen yang sama yang tidak berkongsi gen_id yang sama.

"FATAL: Tidak dapat membuka fail GTF: nama_fail untuk dibaca."
Tidak dapat membuka fail GTF untuk dibaca.

"FATAL: Perlukan exon atau CDS untuk membina transkrip: process_start"
Ciri start_codon telah diberi anotasi tetapi tiada exon atau CDS yang dikaitkan
dengan transcript_id itu supaya skrip gagal.

"FATAL: Kod belum diuji dalam process_start. Hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan."
Skrip ditulis untuk membuat kesimpulan kodon permulaan berdasarkan kehadiran 5' UTR, tetapi kami
tidak mempunyai contoh GTF jenis ini semasa kami menulis kod, jadi kami mematikan proses
daripada menjalankan kod yang belum diuji. Hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan.

"FATAL: Set ciri tidak sah: process_start"
Kami cuba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk menyimpulkan kodon permulaan atau menyimpulkan aa bukan-
pengekodan gen, namun kami telah gagal. Gabungan ciri gen anda tidak berjaya
rasa kepada kita. Anda tidak sepatutnya mendapat ralat ini dan jika anda melakukannya, kami benar-benar ingin melihatnya
fail GTF yang menjananya. Sila hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan.

"FATAL: Perlukan exon atau CDS untuk membina transkrip: process_stop"
Ciri stop_codon telah diberi anotasi tetapi tiada ekson atau CDS yang dikaitkan dengannya
transcript_id itu supaya skrip gagal.

"FATAL: Kod belum diuji dalam process_stop. Hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan."
Skrip ditulis untuk membuat kesimpulan kodon henti berdasarkan kehadiran UTR 3', tetapi kami
tidak mempunyai contoh GTF jenis ini semasa kami menulis kod, jadi kami mematikan proses
daripada menjalankan kod yang belum diuji. Hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan.

"FATAL: Set ciri tidak sah: process_stop"
Kami cuba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk menyimpulkan kodon henti atau menyimpulkan aa bukan-
pengekodan gen, namun kami telah gagal. Gabungan ciri gen anda tidak berjaya
rasa kepada kita. Anda tidak sepatutnya mendapat ralat ini dan jika anda melakukannya, kami benar-benar ingin melihatnya
fail GTF yang menjananya. Sila hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan.

"FATAL: Set ciri tidak sah: process_exon_CDS_UTR"
Kami cuba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk membuat kesimpulan ekson, CDS dan UTR, namun kami telah melakukannya
gagal. Gabungan ciri gen anda tidak masuk akal kepada kami. Kamu memang
sepatutnya mendapat ralat ini, dan jika anda melakukannya, kami benar-benar ingin melihat fail GTF itu
menjananya. Sila hubungi pengarang untuk mendapatkan sokongan.

"FATAL: Rujukan tatasusunan diperlukan: sort_features."
Pengguna seharusnya tidak boleh mencetuskan ralat ini. Ia hampir pasti menunjukkan a
pepijat perisian. Sila hubungi penulis.

"FATAL: Tidak dapat menentukan helai dalam: sort_feature_types."
Ini mungkin menunjukkan bahawa fail GTF anda tidak menunjukkan helai untuk ciri yang
memerlukannya. Ia juga mungkin menunjukkan pepijat perisian. Sila hubungi penulis.

"FATAL: Rujukan cincang diperlukan: sort_feature_types."
Pengguna seharusnya tidak boleh mencetuskan ralat ini. Ia hampir pasti menunjukkan a
pepijat perisian. Sila hubungi penulis.

"FATAL: Nilai tidak sah dihantar ke helai: helai."
Ini mungkin menunjukkan bahawa fail GTF anda tidak menunjukkan helai untuk ciri yang
memerlukannya. Pertimbangkan untuk menggunakan parameter DEFAULT_STRAND dalam fail konfigurasi. Ia mungkin
juga menunjukkan pepijat perisian. Sila hubungi penulis.

CONFIGURATION DAN PERSEKITARAN

Fail konfigurasi disediakan bersama skrip ini. Skrip akan mencarinya
fail konfigurasi dalam ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg atau /etc/gtf2gff3.cfg dalam susunan itu.
Jika fail konfigurasi tidak ditemui di salah satu lokasi tersebut dan satu tidak disediakan
melalui bendera --cfg ia akan cuba memilih beberapa lalai yang waras, tetapi anda harus memberikannya
fail konfigurasi. Lihat fail konfigurasi yang dibekalkan itu sendiri serta README
yang disertakan dengan pakej ini untuk format dan butiran tentang fail konfigurasi.

KEBERGANTUNGAN

Skrip ini memerlukan pakej perl berikut yang tersedia daripada CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Long; gunakan Config::Std;

TIDAK SESUAI

Tiada laporan.

Gunakan gtf2gff3p dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net