Ini ialah arahan gustaf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gustaf - Gustaf - Pencari Penjajaran mUlti-SpliT Generik: Alat untuk pemetaan split-read
membenarkan beberapa perpecahan.
SINOPSIS
gustaf [PILIHAN]
DESCRIPTION
GUSTAF menggunakan SeqAns STELLAR untuk mencari belahan sebagai padanan tempatan pada helai yang berbeza atau
kromosom. Kriteria dan penalti untuk merantai perlawanan ini boleh ditentukan. Pengeluaran
fail mengandungi titik putus sepanjang rantaian terbaik.
Fail genom digunakan sebagai input pangkalan data, fail baca sebagai input pertanyaan.
Semua pilihan STELLAR disokong. Lihat dokumentasi STELLAR untuk parameter STELLAR
dan pilihan.
(c) 2011-2012 oleh Kathrin Trappe
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
Pilihan GUSTAF:
Pilihan Utama:
-tp, --transPen INT
Penalti translokasi interchromosomal Lalai: 5.
-ip, --invPen INT
Penalti penyongsangan Lalai: 5.
-op, --pesananPen INT
Penalti perubahan susunan intrachromosomal Lalai: 0.
-lain, --tindihThresh DOUBLE
Dibenarkan pertindihan antara perlawanan Lalai: 0.5.
-gth, --gapThresh INT
Panjang jurang yang dibenarkan antara padanan Lalai: 10.
-ith, --initGapThresh INT
Panjang jurang permulaan atau tamat dibenarkan pada permulaan dan akhir bacaan Lalai: 15.
-st, --sokongan INT
Bilangan bacaan sokongan Lalai: 2.
Pilihan Input:
-m, --fail perlawanan FAIL
Fail padanan (bintang) Jenis fail yang sah ialah: gff dan GFF.
Pilihan Output:
-bpo, --breakpointOut FAIL
Nama fail output titik putus. Jenis fail yang sah ialah: gff dan txt. Lalai:
titik putus.gff.
-j, --nama kerja STR
Nama Tugas/Barisan Lalai: .
-buat, --titik
Dayakan output graf dalam format titik
Pilihan Bintang:
Pilihan Utama:
-e, --epsilon NUM
Kadar ralat maksimum (maks 0.25). Dalam julat [0.0000001..0.25]. Lalai: 0.05.
-l, --minLength NUM
Panjang minimum padanan epsilon. Dalam julat [0..inf]. Lalai: 100.
-f, --ke hadapan
Cari hanya dalam untaian hadapan pangkalan data.
-r, --terbalik
Cari hanya dalam pelengkap terbalik pangkalan data.
-a, --abjad STR
Jenis abjad urutan input (dna, rna, dna5, rna5, protein, char). Salah satu DNA,
dna5, rna, rna5, protein dan char.
-v, --verbose
Tetapkan mod verbositi.
Pilihan Penapisan:
-k, --kmer NUM
Panjang q-gram (maks 32). Dalam julat [1..32].
-rp, --repeatPeriod NUM
Tempoh maksimum kerumitan rendah berulang untuk ditapis. Lalai: 1.
-rl, --ulangPanjang NUM
Panjang minimum kerumitan rendah berulang untuk ditapis. Lalai: 1000.
-c, --kelimpahanPotong NUM
nisbah potongan lebihan k-mer. Dalam julat [0..1]. Lalai: 1.
Pilihan Pengesahan:
-x, --xDrop NUM
Penurunan x maksimum untuk sambungan. Lalai: 5.
-vs, --pengesahan STR
Strategi pengesahan: tepat atau bestLocal atau bandedGlobal Salah satu tepat, bestLocal,
dan bandedGlobal. Lalai: tepat.
-dt, --disableThresh NUM
Bilangan maksimum padanan yang disahkan sebelum melumpuhkan pengesahan untuk satu pertanyaan
jujukan (infiniti lalai). Dalam julat [0..inf].
-n, --numMatches NUM
Bilangan maksimum padanan yang disimpan bagi setiap pertanyaan dan pangkalan data. Jika STELLAR menemui lebih banyak lagi
mancis, hanya yang paling lama disimpan. Lalai: 50.
-s, --sortThresh NUM
Bilangan padanan yang mencetuskan penyingkiran pendua. Pilih nilai yang lebih kecil untuk
menjimatkan ruang. Lalai: 500.
VERSION
versi gustaf: 1.0 Kemas kini terakhir Julai 2012
Gunakan gustaf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
