Ini ialah arahan GWAMA yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
GWAMA - Analisis Meta Persatuan Seluruh Genom
SINOPSIS
GWAMA [pilihan]
DESCRIPTION
Perisian GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) melaksanakan meta-analisis bagi
hasil kajian GWA bagi fenotip binari atau kuantitatif. Kesan tetap dan rawak
meta-analisis dilakukan untuk kedua-dua genotip secara langsung dan SNP yang dikira menggunakan anggaran
daripada nisbah kemungkinan alelik dan selang keyakinan 95% untuk sifat binari, dan anggaran bagi
saiz kesan alel dan ralat piawai untuk fenotip kuantitatif. GWAMA boleh digunakan
untuk menganalisis keputusan semua model genetik yang berbeza (pendaraban, aditif,
dominan, resesif). Perisian ini menggabungkan kemudahan memerangkap ralat untuk mengenal pasti
ralat penjajaran untaian dan pembalikan alel, dan menjalankan ujian kepelbagaian
kesan antara kajian.
PILIHAN
-i, --senarai fail=nama fail
Nyatakan fail keputusan kajian. Lalai = gwama.in
-o, --pengeluaran=fileroot
Tentukan akar fail untuk output analisis. Lalai = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --rawak
Gunakan pembetulan kesan rawak. Lalai = dilumpuhkan
-gc, --genomic_control
Gunakan kawalan genomik untuk melaraskan fail keputusan kajian. Lalai = dilumpuhkan
-gco, --genomic_control_output
Gunakan kawalan genomik pada ringkasan meta-analisis (iaitu keputusan meta-analisis adalah
diperbetulkan untuk gc). Lalai = dilumpuhkan
-qt, --kuantitatif
Pilih versi sifat kuantitatif (lajur BETA dan SE). Lalai = sifat binari
-m, --peta=nama fail
Pilih nama fail untuk peta penanda.
-t, --ambang=0-1
Ambang nilai p untuk menunjukkan arah dalam arah kesan ringkasan. Lalai =
1
--tiada_alel
Tiada maklumat alel telah diberikan. Mengharapkan EA yang sama.
--alel_indel
Makmal alel mungkin mengandungi lebih daripada satu huruf. Tiada pemeriksaan helai.
--seks Jalankan analisis perbezaan jantina dan heterogeniti jantina (kaedah yang diterangkan dalam
kertas Magi, Lindgren & Morris 2010). Maklumat jantina mesti disediakan dalam fail senarai fail.
(lajur kedua selepas nama fail sama ada M atau F).
--penanda_nama
Pengepala alternatif kepada nama penanda kol.
--name_strand
Pengepala alternatif kepada lajur helai.
--nama_n
Pengepala alternatif kepada saiz sampel kol.
--nama_ea
Pengepala alternatif untuk mempengaruhi lajur alel.
--nama_nea
Tajuk alternatif kepada lajur alel bukan kesan.
--name_eaf
Pengepala alternatif untuk mempengaruhi lajur kekerapan alel.
--name_beta
Pengepala alternatif kepada lajur beta.
--name_se
Tajuk alternatif kepada std. silap. kol.
--nama_atau
Pengepala alternatif kepada lajur OR.
--nama_atau_95l
Pengepala alternatif kepada lajur OR 95L.
--nama_atau_95u
Pengepala alternatif kepada lajur OR 95U.
-h, - membantu
Cetak bantuan ini.
-v, --versi
Cetak nombor versi GWAMA. Halaman manual ini mestilah tidak mencukupi. Sila gunakan
pilihan bantuan untuk peringatan pantas tentang pilihan gwama atau beralih ke halaman utamanya
dengan dokumentasi dalam talian atau manual yang boleh dimuat turun.
Gunakan GWAMA dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
