Ini ialah arahan hhmake yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hhmake - bina HMM daripada penjajaran input atau tukar antara format HMMER dan HHsearch
format
SINOPSIS
hhmake -i fail [pilihan]
DESCRIPTION
HHmake versi 2.0.16 (Januari 2013) Bina HMM daripada penjajaran input dalam A2M, A3M atau
Format FASTA, atau tukar antara format HMMER (.hmm) dan format HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J. HHblits: Urutan protein lelaran sepantas kilat
mencari mengikut penjajaran HMM-HMM. Nat. Kaedah 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser
-i
penjajaran pertanyaan (A2M, A3M atau FASTA), atau pertanyaan HMM
Output pilihan yang berikut:
-o
Fail HMM untuk ditulis (lalai= )
-a
Fail HMM untuk dilampirkan
-v
mod verbose: 0: tiada keluaran skrin 1: only warings 2: verbose
-seq
maks. bilangan urutan pertanyaan/templat dipaparkan (def=10) Berhati-hati dengan limpahan! Semua
urutan ini disimpan dalam ingatan.
-keburukan buat jujukan konsensus jujukan induk pertanyaan MSA
-yam
gunakan nama ini untuk HMM (lalai: gunakan nama urutan pertama)
Penjajaran jujukan berbilang pertanyaan penapis
-ID [0,100] identiti jujukan berpasangan maksimum (%) (def=90)
-berbeza [0,inf[
tapis MSA dengan memilih set jujukan yang paling pelbagai, mengekalkan sekurang-kurangnya jumlah ini
seqs dalam setiap blok MSA dengan panjang 50 (def=100)
-cov [0,100] liputan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qid [0,100] identiti jujukan minimum dengan pertanyaan (%) (def=0)
-qsc [0,100] skor minimum setiap lajur dengan pertanyaan (def=-20.0)
-neff [1,inf]
sasaran kepelbagaian penjajaran (lalai=mati)
Input penjajaran format:
-M a2m gunakan A2M/A3M (lalai): huruf besar = Padanan; huruf kecil = Masukkan; '-' = Padam; '.' =
jurang sejajar dengan sisipan (boleh ditinggalkan)
-M pertama
gunakan FASTA: lajur dengan baki dalam urutan pertama ialah keadaan padanan
-M [0,100]
gunakan FASTA: lajur dengan jurang kurang daripada X% ialah keadaan padanan
Pseudocount (pc) pilihan yang berikut:
-pcm 0-2 pergantungan kedudukan campuran pc 'tau' (mod pc, lalai=0)
0: tiada kiraan pseudo:
tau = 0
1: malar
tau = a
2: bergantung kepada kepelbagaian: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: bilangan
seqs berkesan dalam MSA tempatan sekitar lajur i) 3: pseudocount kepelbagaian malar
-pca [0,1] keseluruhan campuran pseudocount (def=1.0)
-pcb [1,inf[ Nilai ambang Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)
-pcc [0,3] eksponen kepupusan c untuk -pcm 2 (def=1.0)
-pra_pca [0,1]
PREFILTER campuran pseudocount (def=0.8)
-pra_pcb [1,inf[ PREFILTER ambang untuk Neff (def=1.8)
Konteks khusus pseudo-counts:
-nocontxt
gunakan matriks penggantian dan bukannya pseudocount khusus konteks
-contxt fail konteks untuk mengira pseudocount khusus konteks
(lalai=./data/context_data.lib)
-cslib
fail keadaan lajur untuk prapenapisan pangkalan data pantas (default=./data/cs219.lib)
Contoh: hhmake -i ujian.a3m
Gunakan hhmake dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
