hmmsearch - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

hmmsearch - cari profil(s) terhadap pangkalan data jujukan

SINOPSIS

hmmsearch [pilihan]

DESCRIPTION

hmmsearch digunakan untuk mencari satu atau lebih profil terhadap pangkalan data jujukan. Untuk setiap
profil dalam , gunakan profil pertanyaan itu untuk mencari pangkalan data sasaran jujukan dalam
, dan senarai kedudukan keluaran bagi jujukan dengan padanan paling ketara kepada
profil. Untuk membina profil daripada berbilang penjajaran, lihat hmmbuild.

Sama ada pertanyaan atau sasaran mungkin '-' (watak sempang), di mana
kes profil pertanyaan atau input pangkalan data sasaran akan dibaca daripada a paip sebaliknya
daripada fail. Hanya satu sumber input boleh datang , bukan kedua-duanya. Pengecualian ialah
bahawa jika mengandungi lebih daripada satu pertanyaan profil, kemudian tidak boleh datang dari
, kerana kami tidak boleh memundurkan pangkalan data sasaran penstriman untuk mencarinya dengan yang lain
profil.

Format output direka bentuk supaya boleh dibaca oleh manusia, tetapi selalunya sangat besar
membacanya tidak praktikal, dan menghuraikannya adalah sakit. The --tblout and --domtblout pilihan
simpan output dalam format jadual ringkas yang ringkas dan lebih mudah untuk dihuraikan. The -o pilihan
membenarkan pengalihan keluaran utama, termasuk membuangnya dalam /dev/null.

PILIHAN

-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.

PILIHAN UNTUK MENGAWAL OUTPUT

-o Arahkan output utama yang boleh dibaca manusia ke fail bukannya stdout lalai.

-A Simpan penjajaran berbilang semua hits penting (yang memuaskan kemasukan
ambang) ke fail .

--tblout
Simpan fail jadual ringkas (terbatas ruang) yang meringkaskan output setiap sasaran,
dengan satu baris data bagi setiap jujukan sasaran homolog ditemui.

--domtblout
Simpan fail jadual ringkas (terhad ruang) yang meringkaskan output setiap domain,
dengan satu talian data bagi setiap domain homolog dikesan dalam urutan pertanyaan untuk setiap domain
model homolog.

--ak Gunakan aksesi dan bukannya nama dalam output utama, jika tersedia untuk profil
dan/atau urutan.

--noali
Abaikan bahagian penjajaran daripada keluaran utama. Ini boleh mengurangkan pengeluaran
kelantangan.

--notextw
Nyahhadkan panjang setiap baris dalam keluaran utama. Lalai ialah had 120
aksara setiap baris, yang membantu dalam memaparkan output dengan bersih pada terminal dan
dalam editor, tetapi boleh memotong baris penerangan profil sasaran.

--teksw
Tetapkan had panjang baris keluaran utama kepada aksara setiap baris. Lalainya ialah
120.

PILIHAN MENGAWAL PELAPORAN TERAS

Melaporkan ambang mengawal hits yang dilaporkan dalam fail output (output utama,
--tblout, dan --domtblout). Hit jujukan dan hits domain disenaraikan mengikut statistik
kepentingan (E-nilai) dan output dijana dalam dua bahagian yang dipanggil per-sasaran dan per-
keluaran domain. Dalam output setiap sasaran, secara lalai, semua jujukan hits dengan nilai E <= 10
dilaporkan. Dalam output setiap domain, untuk setiap sasaran yang telah melepasi setiap sasaran
ambang pelaporan, semua domain yang memenuhi ambang pelaporan setiap domain dilaporkan.
Secara lalai, ini adalah domain dengan nilai-E bersyarat <= 10. Pilihan berikut
membolehkan anda menukar ambang pelaporan nilai E lalai, atau menggunakan skor bit
ambang sebaliknya.

-E Dalam output setiap sasaran, laporkan jujukan sasaran dengan nilai E <= . Yang
lalai ialah 10.0, bermakna secara purata, kira-kira 10 positif palsu akan dilaporkan
setiap pertanyaan, supaya anda boleh melihat bahagian atas bunyi dan memutuskan sendiri sama ada ia
bising sungguh.

-T Daripada mengehadkan keluaran setiap profil pada nilai E, sebaliknya laporkan sasaran
jujukan dengan sedikit markah >= .

--domE
Dalam output per domain, untuk urutan sasaran yang telah memenuhi per-
ambang pelaporan profil, laporkan domain individu dengan nilai E bersyarat
daripada <= . Lalai ialah 10.0. Nilai E bersyarat bermaksud nombor yang dijangkakan
domain positif palsu tambahan dalam ruang carian yang lebih kecil daripada domain tersebut
perbandingan yang telah pun memenuhi ambang pelaporan setiap sasaran (dan dengan itu
mesti mempunyai sekurang-kurangnya satu domain homolog).

--domT
Daripada mengehadkan keluaran setiap domain pada nilai E, sebaliknya laporkan domain dengan a
sedikit markah >= .

PILIHAN UNTUK KESIMPULAN TERAS

Ambang kemasukan adalah lebih ketat daripada ambang pelaporan. Kawalan ambang kemasukan
hits mana yang dianggap cukup dipercayai untuk disertakan dalam penjajaran output atau a
pusingan carian berikutnya, atau ditandakan sebagai penting ("!") berbanding dengan yang boleh dipersoalkan ("?")
dalam output domain.

--incE
Gunakan nilai E <= sebagai ambang kemasukan setiap sasaran. Lalainya ialah
0.01, bermakna secara purata, kira-kira 1 positif palsu dijangka dalam setiap
100 carian dengan urutan pertanyaan yang berbeza.

--incT
Daripada menggunakan E-nilai untuk menetapkan ambang kemasukan, sebaliknya gunakan sedikit
markah >= sebagai ambang kemasukan setiap sasaran. Secara lalai pilihan ini ialah
tidak ditetapkan.

--incdomE
Gunakan nilai E bersyarat <= sebagai ambang kemasukan setiap domain, dalam
sasaran yang telah pun memenuhi keseluruhan ambang kemasukan setiap sasaran.
Lalai adalah 0.01.

--incdomT
Daripada menggunakan nilai-E, gunakan sedikit skor >= sebagai kemasukan setiap domain
ambang.

PILIHAN UNTUK MODEL-KHUSUS SCORE Ambang

Pangkalan data profil yang dipilih susun boleh menentukan ambang skor bit tertentu untuk setiap profil,
menggantikan sebarang ambang berdasarkan kepentingan statistik sahaja.

Untuk menggunakan pilihan ini, profil mesti mengandungi yang sesuai (GA, TC dan/atau NC)
anotasi ambang skor pilihan; ini diambil oleh hmmbuild daripada format Stockholm
fail penjajaran. Setiap pilihan ambang mempunyai dua markah: ambang setiap jujukan
dan ambang setiap domain Ini bertindak seolah-olah -T --incT --domT
--incdomT telah digunakan secara khusus menggunakan setiap ambang dipilih susun model.

--cut_ga
Gunakan skor bit GA (pengumpulan) dalam model untuk menetapkan setiap jujukan (GA1) dan per-
pelaporan domain (GA2) dan ambang kemasukan. Ambang GA secara amnya
dianggap sebagai ambang pilihan yang boleh dipercayai yang menentukan keahlian keluarga; untuk
contoh, dalam Pfam, ambang ini menentukan perkara yang disertakan dalam Pfam Full
penjajaran berdasarkan carian dengan model Pfam Seed.

--cut_nc
Gunakan ambang skor bit NC (noise cutoff) dalam model untuk menetapkan setiap jujukan
(NC1) dan setiap domain (NC2) pelaporan dan ambang kemasukan. Ambang NC ialah
secara amnya dianggap sebagai skor positif palsu yang diketahui mendapat markah tertinggi.

--cut_tc
Gunakan ambang skor bit TC (potongan dipercayai) dalam model untuk menetapkan setiap jujukan
(TC1) dan setiap domain (TC2) pelaporan dan ambang kemasukan. Ambang TC ialah
secara amnya dianggap sebagai skor pemarkahan terendah yang diketahui positif benar itu
adalah di atas semua positif palsu yang diketahui.

PILIHAN MENGAWAL THE PECUTAN TALIAN PAIP

Carian HMMER3 dipercepatkan dalam saluran paip penapis tiga langkah: penapis MSV, penapis
Penapis Viterbi, dan penapis Hadapan. Penapis pertama adalah yang terpantas dan paling banyak
anggaran; yang terakhir ialah algoritma pemarkahan Hadapan penuh. Terdapat juga penapis bias
langkah antara MSV dan Viterbi. Sasaran yang melepasi semua langkah dalam saluran paip pecutan
kemudiannya tertakluk kepada pemprosesan pasca -- pengenalpastian domain dan pemarkahan menggunakan
Algoritma Maju/Mundur.

Menukar ambang penapis hanya mengalih keluar atau memasukkan sasaran daripada pertimbangan; berubah-ubah
ambang penapis tidak mengubah skor bit, nilai-E atau penjajaran, yang kesemuanya adalah
ditentukan semata-mata dalam pasca pemprosesan.

--maks Matikan semua penapis, termasuk penapis berat sebelah, dan jalankan penuh Ke Hadapan/Ke Belakang
pasca pemprosesan pada setiap sasaran. Ini sedikit sebanyak meningkatkan sensitiviti
kos dalam kelajuan.

--F1
Tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis MSV. Lalai ialah 0.02, bermakna
bahawa kira-kira 2% daripada sasaran bukan homolog pemarkahan tertinggi dijangka lulus
penapis.

--F2
Tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis Viterbi. Lalai ialah 0.001.

--F3
Tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis ke hadapan. Lalai ialah 1e-5.

--nobias
Matikan penapis bias. Ini sedikit sebanyak meningkatkan sensitiviti, tetapi boleh datang pada a
kos tinggi dalam kelajuan, terutamanya jika pertanyaan mempunyai komposisi sisa yang berat sebelah (seperti
rantau jujukan berulang, atau jika ia adalah protein membran dengan kawasan besar
hidrofobisiti). Tanpa penapis bias, terlalu banyak jujukan boleh melepasi penapis
dengan pertanyaan berat sebelah, membawa kepada prestasi yang lebih perlahan daripada jangkaan sebagai
algoritma Hadapan/Undur intensif pengiraan memikul beban yang luar biasa
beban.

LAIN PILIHAN

--nonull2
Matikan pembetulan skor null2 untuk gubahan berat sebelah.

-Z Tegaskan bahawa jumlah bilangan sasaran dalam carian anda adalah , untuk tujuan
pengiraan nilai E setiap jujukan, bukannya bilangan sasaran sebenar
dilihat.

--domZ
Tegaskan bahawa jumlah bilangan sasaran dalam carian anda adalah , untuk tujuan
pengiraan nilai E bersyarat setiap domain, bukannya bilangan sasaran
yang melepasi ambang pelaporan.

--benih
Tetapkan benih nombor rawak kepada . Beberapa langkah dalam pasca pemprosesan memerlukan Monte
simulasi Carlo. Lalai adalah menggunakan benih tetap (42), supaya hasilnya
betul-betul boleh dihasilkan semula. Mana-mana integer positif lain akan memberikan yang berbeza (tetapi juga
boleh dihasilkan semula) hasil. Pilihan 0 menggunakan biji benih yang dipilih secara rawak.

--tformat
Tegaskan bahawa fail pangkalan data jujukan sasaran adalah dalam format . Format yang diterima
termasuk puasa, embl, genbank, ddbj, uniprot, Stockholm, pfam, a2m, dan afa. Yang
lalai adalah untuk mengesan format fail secara automatik.

--CPU
Tetapkan bilangan benang pekerja selari kepada . Secara lalai, HMMER menetapkan ini kepada
bilangan teras CPU yang dikesan dalam mesin anda - iaitu, ia cuba memaksimumkan
penggunaan teras pemproses anda yang tersedia. Tetapan lebih tinggi daripada bilangan
teras yang tersedia adalah sedikit jika ada nilai, tetapi anda mungkin mahu menetapkannya kepada sesuatu
kurang. Anda juga boleh mengawal nombor ini dengan menetapkan pembolehubah persekitaran,
HMMER_NCPU.

Pilihan ini hanya tersedia jika HMMER telah disusun dengan sokongan urutan POSIX.
Ini ialah lalai, tetapi ia mungkin telah dimatikan pada masa penyusunan untuk tapak anda
atau mesin atas sebab tertentu.

--gerai
Untuk menyahpepijat versi induk/pekerja MPI: jeda selepas mula, untuk mendayakan
pembangun untuk melampirkan penyahpepijat pada proses induk dan pekerja yang sedang berjalan. Hantar
Isyarat SIGCONT untuk melepaskan jeda. (Di bawah gdb: (Gdb) isyarat TANDATANGAN) (Sahaja
tersedia jika sokongan MPI pilihan didayakan pada masa penyusunan.)

--mpi Jalankan dalam mod induk/pekerja MPI, menggunakan mpirun. (Hanya tersedia jika MPI pilihan
sokongan telah didayakan pada masa penyusunan.)

Gunakan hmmsearch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net