Ini ialah arahan indigo-depict yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
indigo-depict - molekul dan utiliti rendering tindak balas
SINOPSIS
indigo-depict dalam fail.{mol,rxn,cml,smi} fail luar.{png,svg,pdf} [parameter]
indigo-depict dalam fail.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parameter]
indigo-depict infile.smi fail luar.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parameter]
indigo-depict - SMILES fail luar.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parameter]
indigo-depict -membantu
DESCRIPTION
indigo-depict digunakan untuk menggambarkan molekul.
PILIHAN
indigo-depict boleh membaca fail input atau kod SMILES daripada input standard. Ini boleh jadi
diikuti oleh satu atau lebih daripada parameter berikut.
-w
Lebar gambar dalam piksel
-h
Ketinggian gambar dalam piksel
-ikatan
Purata panjang ikatan dalam piksel
-margin
Jidar mendatar dan menegak, dalam piksel. Tiada margin secara lalai
-ketebalan
Tetapkan faktor ketebalan relatif. Lalai ialah 1.0
-lebar garisan
Tetapkan faktor lebar talian bon. Lalai ialah 1.0
-label
Tetapkan mod paparan label atom. Lalai ialah terminal-hetero
-hidro
Tunjukkan hidrogen tersirat. Lalai ialah on
-[de]arom
Paksa [de] aromatisasi
-stereo
Mod paparan kumpulan stereo. Lalai ialah lama
-cdbwsa
Ikatan berganda tengah yang mempunyai ikatan stereo bersebelahan (dilumpuhkan secara lalai)
-pertanyaan Anggap input sebagai molekul pertanyaan atau tindak balas (dilumpuhkan secara lalai)
-pintar
Anggap input sebagai molekul pertanyaan SMARTS atau tindak balas (dilumpuhkan secara lalai)
-idfield
Medan SDF/RDF untuk diletakkan di tempat '%s' dalam nama fail yang disimpan (lalai ialah
molekul/nombor tindak balas)
-pemangkin
Peletakan pemangkin tindak balas wrt anak panah. Lalai ialah atas dan bawah
-komen
Komen teks untuk diletakkan di atas molekul atau tindak balas. Tiada nilai lalai
-commentoffset
Ruang menegak (dalam piksel) antara ulasan dan struktur
-ruangan komen
Gunakan medan SDF/RDF yang ditentukan sebagai ulasan
-nama komen
Gunakan nama molekul/tindak balas sebagai ulasan
-beri komen
Faktor saiz fon ulasan teks berbanding ketebalan ikatan. Lalai ialah 6
-komenpos
Kedudukan ulasan teks (bawah secara lalai)
-commentalign <0..1>
Penjajaran ulasan teks, nilai apungan: 0 = kiri, 0.5 = pusat, 1 = betul
-mewarna
Dayakan/lumpuhkan pewarnaan. Lalai ialah on
-tebal
Dayakan penyerlahan dengan garis tebal dan aksara tebal
-warna
Dayakan penyerlahan dengan warna. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-bgcolor
Tetapkan warna latar belakang. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-warna asas
Tetapkan warna latar depan lalai. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-aamcolor
Tetapkan warna indeks AAM. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-dsgcolor
Tetapkan warna data SGroups. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-warna komen
Tetapkan warna komen. Nilai komponen mestilah dalam julat [0 .. 255]
-nombor atom
Tunjukkan nombor atom (untuk tujuan penyahpepijatan sahaja)
-nombor bon
Tunjukkan nombor bon (untuk tujuan penyahpepijatan sahaja)
-berasaskan satu
Mulakan indeks atom dan ikatan daripada satu. Lalai adalah daripada sifar
-membantu Cetak mesej bantuan ini
CONTOH
indigo-depict infile.mol fail luar.png -mewarna off -arom
indigo-depict pangkalan data.sdf molekul_%s.png -idfield cdbregno -ketebalan 1.1
indigo-depict pangkalan data.smi pangkalan data.sdf
indigo-depict - CC.[O-][*-]([O-])=O pertanyaan.png -pertanyaan
indigo-depict - OCO>>CC(C)N tindak balas.rxn
Gunakan indigo-depict dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
