Ini ialah arahan infoaligne yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
infoalign - Paparkan maklumat asas tentang penjajaran jujukan berbilang
SINOPSIS
infoalign -urutan seqset [-matriks matriks] [-refseq rentetan] -pluraliti terapung
-identiti terapung -fail luar fail luar [-html boolean] -sendiri boolean -tajuk boolean
-USA boolean -yam boolean -seqlength boolean -panjang sejajar boolean -jurang boolean
-gapcount boolean -idcount boolean -bilangan sim boolean -kiraan perbezaan boolean
-ubah boolean -berat boolean -penerangan boolean
infoalign -membantu
DESCRIPTION
infoalign ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada "Penjajaran: Berbilang, Pengambilan semula Data: Data jujukan"
kumpulan arahan.
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqset
Penjajaran jujukan untuk dipaparkan.
-matriks matriks
Ini ialah fail matriks pemarkahan yang digunakan semasa membandingkan jujukan. Secara lalai ia adalah
fail 'EBLOSUM62' (untuk protein) atau fail 'EDNAFULL' (untuk jujukan nukleik). Ini
fail ditemui dalam direktori 'data' pemasangan EMBOSS.
-refseq rentetan
Jika anda memberikan nombor dalam penjajaran atau nama urutan, ia akan dibawa ke
menjadi urutan rujukan. Urutan rujukan ialah urutan yang menentang semua
urutan lain dibandingkan. Jika ini ditetapkan kepada 0 maka jujukan konsensus akan menjadi
digunakan sebagai urutan rujukan. Secara lalai, urutan konsensus digunakan sebagai
urutan rujukan.
Maju seksyen
-pluraliti terapung
Tetapkan pemotongan untuk % perlawanan pemarkahan positif di bawah yang tidak ada konsensus.
Kemajmukan lalai diambil sebagai 50% daripada jumlah berat semua jujukan dalam
penjajaran. Nilai lalai: 50.0
-identiti terapung
Menyediakan kemudahan untuk menetapkan bilangan identiti yang diperlukan pada kedudukan untuk
itu untuk memberi kata sepakat. Oleh itu, jika ini ditetapkan kepada 100% hanya lajur identiti
menyumbang kepada konsensus. Nilai lalai: 0.0
Output seksyen
-fail luar fail luar
Jika anda memasukkan nama fail di sini maka program ini akan menulis butiran urutan
ke dalam fail itu.
-html boolean
Nilai lalai: N
-sendiri boolean
Ini adalah cara memendekkan baris arahan jika anda hanya mahu beberapa perkara sahaja
dipaparkan. Daripada menyatakan: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' untuk mendapatkan hanya output panjang jujukan,
anda boleh menentukan '-only -seqlength' Nilai lalai: N
-tajuk boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-USA boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-yam boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-seqlength boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-panjang sejajar boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-jurang boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-gapcount boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-idcount boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-bilangan sim boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-kiraan perbezaan boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-ubah boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-berat boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
-penerangan boolean
Nilai lalai: @(!$(sahaja))
Gunakan infoaligne dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
