Ini ialah arahan ipcress yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
ipcress - Sistem simulasi percubaan PCR dalam siliko
SINOPSIS
ipcres [ pilihan ] <primer fail> <urutan laluan>
DESCRIPTION
ipcres adalah In-siliko PCR Experimen Speniruan System.
Ini adalah alat untuk simulasi eksperimen PCR. Anda membekalkan fail yang mengandungi primer
dan satu set jujukan, dan ia meramalkan produk PCR.
Ipcress adalah serupa dengan program e-PCR daripada NCBI, tetapi jauh lebih pantas, dan tidak
mengalami masalah mengenal pasti padanan apabila terdapat simbol kekaburan berhampiran buku asas
berakhir.
Jika anda membekalkan banyak pasangan primer bersama-sama, ipcress akan mensimulasikan eksperimen PCR dalam
selari, membolehkan simulasi luas genom bagi sejumlah besar eksperimen. Ia menggunakan banyak
perpustakaan daripada melepaskan diri alat perbandingan urutan.
INPUT FORMAT
Input untuk ipcress ialah fail terhad ruang putih ringkas yang menerangkan satu percubaan setiap
barisan. Setiap baris mengandungi 5 medan berikut:
id Pengecam untuk percubaan ini
primer_A Urutan untuk buku asas pertama
primer_B Urutan untuk buku asas kedua
min_product_len Panjang produk minimum untuk dilaporkan
max_product_len Panjang produk maksimum untuk dilaporkan
Berikut ialah baris contoh dalam format ini:
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
OUTPUT FORMAT
Format output menerangkan satu produk PCR setiap baris,
dan diawali dengan "ipcress:", diikuti dengan 11 medan berikut:
id_jujukan Pengecam jujukan
id_percubaan Id percubaan PCR
produk_panjang Panjang produk PCR
primer_5 Primer 5' (sama ada A atau B)
pos_5 Kedudukan primer 5'
tidak sepadan_5 Bilangan ketidakpadanan pada buku asas 5'
primer_3 |
pos_3 | Medan yang sama untuk buku asas 3'
tidak sepadan_3 |
Penerangan Penerangan mengenai produk PCR
Medan perihalan ialah salah satu daripada 4 rentetan berikut:
ke hadapan Produk biasa, primer A diikuti oleh B
revcomp Produk biasa, primer B diikuti oleh A
bujang_A Produk buruk yang dihasilkan oleh primer_A sahaja
bujang_B Produk buruk yang dihasilkan oleh primer_B sahaja
Terdapat juga output yang boleh dibaca manusia dipaparkan, tidak direka untuk menghurai (lihat:
--cantik di bawah).
UMUM PILIHAN
Kebanyakan hujah mempunyai bentuk pendek dan panjang. Bentuk yang panjang
lebih berkemungkinan stabil dari semasa ke semasa, dan oleh itu harus digunakan dalam skrip yang
hubungi ipcres.
-h | --shorthelp
Tunjukkan bantuan. Ini akan memaparkan ringkasan ringkas tentang pilihan yang tersedia, lalai
dan nilai yang ditetapkan pada masa ini.
- membantu
Ini menunjukkan semua pilihan bantuan termasuk lalai, nilai yang ditetapkan pada masa ini,
dan pembolehubah persekitaran yang boleh digunakan untuk menetapkan setiap parameter. Akan ada
menjadi petunjuk pilihan mana yang wajib. Pilihan mandatori tidak mempunyai
lalai, dan mesti mempunyai nilai yang dibekalkan untuk ipcress dijalankan. Jika pilihan wajib
digunakan mengikut tertib, bendera mereka mungkin dilangkau daripada baris arahan (lihat contoh
di bawah). Tidak seperti halaman manual ini, maklumat daripada pilihan ini akan sentiasa ada
sehingga kini dengan versi terkini program.
-v | --versi
Paparkan nombor versi. Juga memaparkan maklumat lain seperti tarikh binaan
dan versi glib digunakan.
FAIL INPUT PILIHAN
-i | --input
Data percubaan PCR dalam format fail ipcres yang diterangkan di atas.
-s | --urutan
Nyatakan urutan. Berbilang fail mungkin ditentukan di sini, yang mengurangkan FSM
membina overhed, dan menjadikan ipcress berjalan lebih cepat daripada menjalankan proses
secara berasingan.
IPCRESS PARAMETER
-m | --tidak sepadan
Nyatakan bilangan ketidakpadanan yang dibenarkan bagi setiap buku asas. Membenarkan ketidakpadanan berkurangan
kelajuan program sebagai kejiranan primer yang besar mesti dibina, dan
lebih sedikit eksperimen boleh dipasang dalam ingatan sebelum setiap imbasan jujukan
pangkalan data.
-M | --ingatan
Nyatakan jumlah memori yang harus digunakan oleh program. Semakin banyak memori yang dibuat
ipcress yang tersedia, lebih cepat ia akan berjalan, kerana lebih banyak percubaan PCR boleh dijalankan
dalam setiap imbasan pangkalan data jujukan. Ini tidak termasuk memori yang digunakan semasa
imbasan (untuk menyimpan hasil separa dan urutan), jadi jumlah sebenar
ingatan yang digunakan akan lebih tinggi sedikit.
-p | --cantik
Paparkan hasil dalam format yang boleh dibaca manusia, tidak direka untuk menghurai.
-P | --produk
Paparkan produk PCR sebagai urutan format FASTA.
-S | --benih
Nyatakan panjang benih untuk wordneighbourhood untuk FSM. Jika ditetapkan kepada sifar,
primer penuh digunakan. Perkataan yang lebih pendek mengurangkan saiz kejiranan, tetapi
tambahkan masa yang diambil oleh ipcress untuk menapis padanan positif palsu.
PERSEKITARAN
Belum didokumenkan lagi.
CONTOH
ipcres ujian.ipcres urutan.fasta
Ini adalah cara paling mudah yang boleh digunakan ipcress.
ipcres dbsts_human.ipcres --urutan ncbi30/*.fasta --tidak sepadan 1
Bandingkan fail input dengan set fail fasta, membenarkan satu ketidakpadanan dalam setiap satu
buku asas.
VERSION
Dokumentasi ini disertakan dengan versi 2.2.0 pakej exonerate.
Gunakan ipcress dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
