jackhmmer - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

jackhmmer - mencari jujukan secara berulang terhadap pangkalan data protein

SINOPSIS

jackhmmer [pilihan]

DESCRIPTION

jackhmmer secara berulang mencari setiap urutan pertanyaan masuk terhadap sasaran
urutan (s) dalam . Lelaran pertama adalah sama dengan a phmmer cari. Untuk
lelaran seterusnya, penjajaran berbilang pertanyaan bersama-sama dengan semua jujukan sasaran
memuaskan kemasukan ambang dipasang, profil dibina daripada penjajaran ini
(sama dengan menggunakan hmmbuild pada penjajaran), dan carian profil bagi telah siap
(sama dengan an hmmsearch dengan profil).

Pertanyaan itu mungkin '-' (aksara sengkang), dalam hal ini urutan pertanyaan adalah
dibaca daripada a paip bukannya daripada fail. The tidak boleh dibaca daripada a
aliran, kerana jackhmmer perlu melakukan beberapa hantaran ke atas pangkalan data.

Format output direka bentuk supaya boleh dibaca oleh manusia, tetapi selalunya sangat besar
membacanya tidak praktikal, dan menghuraikannya adalah sakit. The --tblout and --domtblout pilihan
simpan output dalam format jadual ringkas yang ringkas dan lebih mudah untuk dihuraikan. The -o pilihan
membenarkan pengalihan keluaran utama, termasuk membuangnya dalam /dev/null.

PILIHAN

-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.

-N Tetapkan bilangan maksimum lelaran kepada . Lalai ialah 5. Jika N=1, hasilnya
adalah bersamaan dengan phmmer carian.

PILIHAN MENGAWAL OUTPUT

Secara lalai, output untuk setiap lelaran muncul pada stdout dalam bentuk yang boleh dibaca oleh manusia,
format yang agak boleh dihuraikan. Pilihan ini membolehkan mengubah hala output atau menyimpan itu
jenis output tambahan kepada fail, termasuk fail pusat pemeriksaan untuk setiap lelaran.

-o Arahkan output yang boleh dibaca manusia ke fail .

-A Selepas lelaran terakhir, simpan penjajaran berbilang beranotasi bagi semua hits
ambang kemasukan yang memuaskan (juga termasuk pertanyaan asal) kepada in
format Stockholm.

--tblout
Selepas lelaran terakhir, simpan ringkasan jadual bagi jujukan teratas hits ke dalam
format boleh dihuraikan dengan mudah, kolumnar, ruang putih.

--domtblout
Selepas lelaran terakhir, simpan ringkasan jadual bagi hits domain teratas ke dalam
format boleh dihuraikan dengan mudah, kolumnar, ruang putih.

--chkhmm
Pada permulaan setiap lelaran, semak pertanyaan HMM, menyimpannya pada fail bernama
- .hmm di mana ialah nombor lelaran (dari 1..N).

--chkali
Pada penghujung setiap lelaran, titik semak penjajaran semua domain memuaskan
ambang kemasukan (cth apa yang akan menjadi pertanyaan HMM untuk lelaran seterusnya),
menyimpannya ke fail bernama <tempat pemeriksaan fail awalan>- .sto dalam format Stockholm,
di mana ialah nombor lelaran (dari 1..N).

--ak Gunakan aksesi dan bukannya nama dalam output utama, jika tersedia untuk profil
dan/atau urutan.

--noali
Abaikan bahagian penjajaran daripada keluaran utama. Ini boleh mengurangkan pengeluaran
kelantangan.

--notextw
Nyahhadkan panjang setiap baris dalam keluaran utama. Lalai ialah had 120
aksara setiap baris, yang membantu dalam memaparkan output dengan bersih pada terminal dan
dalam editor, tetapi boleh memotong baris penerangan profil sasaran.

--teksw
Tetapkan had panjang baris keluaran utama kepada aksara setiap baris. Lalainya ialah
120.

PILIHAN MENGAWAL SINGLE RAHSIA PEMARKAHAN (PERTAMA LElaran)

Secara lalai, lelaran pertama menggunakan model carian yang dibina daripada satu pertanyaan
urutan. Model ini dibina menggunakan matriks penggantian standard 20x20 untuk sisa
kebarangkalian, dan dua parameter tambahan untuk buka jurang bebas kedudukan dan jurang
melanjutkan kebarangkalian. Pilihan ini membenarkan parameter pemarkahan jujukan tunggal lalai
untuk diubah.

--popen
Tetapkan kebarangkalian jurang terbuka untuk model pertanyaan jujukan tunggal kepada . Lalai
adalah 0.02. mestilah >= 0 dan < 0.5.

--pextend
Tetapkan kebarangkalian lanjutan jurang untuk model pertanyaan jujukan tunggal kepada . Yang
lalai adalah 0.4. mestilah >= 0 dan < 1.0.

--mx
Dapatkan kebarangkalian penjajaran sisa daripada matriks penggantian terbina dalam yang dinamakan
. Beberapa matriks piawai terbina dalam, dan tidak perlu dibaca daripadanya
fail. Nama matriks boleh jadi PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 atau BLOSUM90. Hanya satu daripada --mx and --mxfile
pilihan boleh digunakan.

--mxfile
Dapatkan kebarangkalian penjajaran sisa daripada matriks penggantian dalam fail
. Matriks skor lalai ialah BLOSUM62 (matriks ini adalah dalaman HMMER
dan tidak perlu tersedia sebagai fail). Format matriks penggantian
ialah format standard yang diterima oleh BLAST, FASTA, dan urutan lain
perisian analisis.

PILIHAN MENGAWAL PELAPORAN TERAS

Melaporkan ambang mengawal hits yang dilaporkan dalam fail output (output utama,
--tblout, dan --domtblout). Dalam setiap lelaran, jujukan hits dan domain hits disenaraikan
oleh kepentingan statistik (E-value) dan output dijana dalam dua bahagian yang dipanggil per-
sasaran dan output setiap domain. Dalam output setiap sasaran, secara lalai, semua jujukan mencecah dengan
E-nilai <= 10 dilaporkan. Dalam output per domain, untuk setiap sasaran yang telah melepasi per-
ambang pelaporan sasaran, semua domain yang memenuhi ambang pelaporan setiap domain adalah
dilaporkan. Secara lalai, ini adalah domain dengan nilai-E bersyarat <= 10. Yang berikut
pilihan membolehkan anda menukar ambang pelaporan nilai E lalai, atau menggunakan skor bit
ambang sebaliknya.

-E Laporkan jujukan dengan E-nilai <= dalam output setiap urutan. Lalai ialah 10.0.

-T Gunakan ambang skor bit untuk keluaran setiap jujukan dan bukannya ambang nilai E
(sebarang tetapan daripada -E diabaikan). Laporkan jujukan dengan sedikit markah >= . Oleh
lalai pilihan ini tidak ditetapkan.

-Z Isytiharkan jumlah saiz pangkalan data jujukan, untuk tujuan nilai E
pengiraan. Biasanya E-nilai dikira secara relatif kepada saiz pangkalan data
anda sebenarnya mencari (cth bilangan jujukan dalam target_seqdb). Di sesetengah
kes (contohnya, jika anda telah membahagikan pangkalan data jujukan sasaran anda kepada beberapa
fail untuk penyelarasan carian anda), anda mungkin lebih mengetahui saiz sebenar
ruang carian anda ialah.

--domE
Laporkan domain dengan nilai E bersyarat <= dalam output setiap domain, sebagai tambahan
kepada domain penskoran teratas bagi setiap jujukan yang ketara. Lalai ialah 10.0.

--domT
Gunakan ambang skor bit untuk output setiap domain dan bukannya ambang nilai E
(sebarang tetapan daripada --domT diabaikan). Laporkan domain dengan sedikit markah >= in
output setiap domain, sebagai tambahan kepada domain pemarkahan teratas bagi setiap urutan penting
pukul. Secara lalai pilihan ini tidak ditetapkan.

--domZ
Isytiharkan bilangan jujukan bererti urutan, untuk tujuan
pengiraan E-nilai bersyarat untuk kepentingan domain tambahan. Biasalah
nilai-E bersyarat dikira relatif kepada bilangan urutan yang berlalu
ambang pelaporan setiap urutan.

PILIHAN MENGAWAL KESIMPULAN TERAS

Ambang kemasukan mengawal hits yang disertakan dalam penjajaran dan profil berbilang
dibina untuk lelaran carian seterusnya. Secara lalai, urutan mesti mempunyai per-
jujukan E-nilai <= 0.001 (lihat -E pilihan) untuk disertakan, dan sebarang domain tambahan dalam
ia selain yang mendapat markah tertinggi mesti mempunyai nilai E bersyarat <= 0.001 (lihat --domE
pilihan). Perbezaan antara ambang pelaporan dan ambang kemasukan ialah
kawalan ambang kemasukan yang mana hits sebenarnya digunakan dalam lelaran seterusnya (atau
penjajaran berbilang keluaran akhir jika -A pilihan digunakan), manakala ambang pelaporan
mengawal apa yang anda lihat dalam output. Ambang pelaporan biasanya lebih longgar supaya anda boleh
lihat pukulan sempadan di bahagian atas bunyi yang mungkin menarik minat.

--incE
Sertakan jujukan dengan E-nilai <= dalam lelaran atau penjajaran akhir berikutnya
keluaran oleh -A. Lalai ialah 0.001.

--incT
Gunakan ambang skor bit untuk kemasukan setiap jujukan dan bukannya nilai E
ambang (sebarang tetapan --incE diabaikan). Sertakan urutan dengan sedikit skor
>= . Secara lalai pilihan ini tidak ditetapkan.

--incdomE
Sertakan domain dengan nilai E bersyarat <= dalam lelaran atau akhir berikutnya
keluaran penjajaran oleh -A, sebagai tambahan kepada domain pemarkahan teratas setiap signifikan
turutan memukul. Lalai ialah 0.001.

--incdomT
Gunakan ambang skor sedikit untuk kemasukan setiap domain dan bukannya ambang nilai E
(sebarang tetapan daripada --incT diabaikan). Sertakan domain dengan sedikit skor >= . Oleh
lalai pilihan ini tidak ditetapkan.

PILIHAN MENGAWAL PECUTAN HEURistik

Carian HMMER3 dipercepatkan dalam saluran paip penapis tiga langkah: penapis MSV, penapis
Penapis Viterbi, dan penapis Hadapan. Penapis pertama adalah yang terpantas dan paling banyak
anggaran; yang terakhir ialah algoritma pemarkahan Hadapan penuh, paling perlahan tetapi paling tepat.
Terdapat juga langkah penapis berat sebelah antara MSV dan Viterbi. Sasaran yang melepasi semua langkah
dalam saluran paip pecutan kemudiannya tertakluk kepada pasca pemprosesan -- pengenalan domain
dan pemarkahan menggunakan algoritma Hadapan/Kebelakang.

Pada asasnya satu-satunya parameter percuma yang mengawal penapis heuristik HMMER ialah P-
ambang nilai mengawal pecahan jangkaan jujukan bukan homolog yang lulus
penapis. Menetapkan ambang lalai yang lebih tinggi akan melepasi bahagian yang lebih tinggi daripada
urutan tidak homolog, meningkatkan sensitiviti dengan mengorbankan kelajuan; sebaliknya,
menetapkan ambang nilai P yang lebih rendah akan melepasi bahagian yang lebih kecil, mengurangkan sensitiviti
dan meningkatkan kelajuan. Menetapkan ambang nilai P penapis kepada 1.0 bermakna ia akan lulus
semua urutan, dan melumpuhkan penapis dengan berkesan.

Menukar ambang penapis hanya mengalih keluar atau memasukkan sasaran daripada pertimbangan; berubah-ubah
ambang penapis tidak mengubah skor bit, nilai-E atau penjajaran, yang kesemuanya adalah
ditentukan semata-mata dalam pasca pemprosesan.

--maks Kepekaan maksimum. Matikan semua penapis, termasuk penapis bias, dan jalankan penuh
Pasca pemprosesan ke hadapan/mundur pada setiap sasaran. Ini meningkatkan sensitiviti
sedikit, dengan kos yang besar dalam kelajuan.

--F1
Ambang penapis pertama; tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis MSV. The
lalai ialah 0.02, bermakna kira-kira 2% daripada pemarkahan tertinggi tidak homolog
sasaran dijangka melepasi penapis.

--F2
Ambang penapis kedua; tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis Viterbi.
Lalai adalah 0.001.

--F3
Ambang penapis ketiga; tetapkan ambang nilai P untuk langkah penapis ke hadapan. The
lalai ialah 1e-5.

--nobias
Matikan penapis bias. Ini sedikit sebanyak meningkatkan sensitiviti, tetapi boleh datang pada a
kos tinggi dalam kelajuan, terutamanya jika pertanyaan mempunyai komposisi sisa yang berat sebelah (seperti
rantau jujukan berulang, atau jika ia adalah protein membran dengan kawasan besar
hidrofobisiti). Tanpa penapis bias, terlalu banyak jujukan boleh melepasi penapis
dengan pertanyaan berat sebelah, membawa kepada prestasi yang lebih perlahan daripada jangkaan sebagai
algoritma Hadapan/Undur intensif pengiraan memikul beban yang luar biasa
beban.

PILIHAN MENGAWAL PROFIL PEMBINAAN (KEMUDIAN LElaran)

Pilihan ini mengawal cara lajur konsensus ditakrifkan dalam berbilang penjajaran apabila
profil bangunan. Secara lalai, jackhmmer sentiasa memasukkan urutan pertanyaan asal anda dalam
hasil penjajaran pada setiap lelaran, dan kedudukan konsensus ditakrifkan oleh pertanyaan itu
urutan: iaitu, lalai jackhmmer profil sentiasa sama panjang dengan asal anda
pertanyaan, pada setiap lelaran.

--cepat Tentukan lajur konsensus sebagai lajur yang mempunyai pecahan >= symfrac sisa sebagai
bertentangan dengan jurang. (Lihat di bawah untuk --symfrac pilihan.) Walaupun ini adalah lalai
pilihan pembinaan profil di tempat lain (dalam hmmbuild, khususnya), ia mungkin mempunyai
kesan yang tidak diingini dalam jackhmmer, kerana profil boleh masuk secara berulang
ruang jujukan dari pertanyaan asal anda, meninggalkan sedikit atau tiada lajur konsensus
sepadan dengan sisanya.

--tangan Tentukan lajur konsensus dalam profil seterusnya menggunakan anotasi rujukan kepada berbilang
penjajaran. jackhmmer menyebarkan anotasi rujukan daripada profil sebelumnya kepada
penjajaran berbilang, dan seterusnya ke profil seterusnya. Ini adalah lalai.

--symfrac
Tentukan ambang pecahan sisa yang diperlukan untuk menentukan lajur konsensus apabila
menggunakan --cepat pilihan. Lalai ialah 0.5. Pecahan simbol dalam setiap lajur ialah
dikira selepas mengambil kira wajaran jujukan relatif, dan mengabaikan jurang
aksara yang sepadan dengan hujung serpihan jujukan (berbanding dengan dalaman
sisipan / pemadaman). Menetapkan ini kepada 0.0 bermakna setiap lajur penjajaran akan
ditetapkan sebagai konsensus, yang mungkin berguna dalam beberapa kes. Menetapkannya kepada 1.0
bermakna hanya lajur yang mengandungi 0 jurang (sisipan/pemadaman dalaman) akan menjadi
ditetapkan sebagai konsensus.

--fragthresh
Kami hanya mahu mengira jurang terminal sebagai pemadaman jika jujukan sejajar diketahui
untuk menjadi panjang penuh, bukan jika ia adalah serpihan (contohnya, kerana hanya sebahagian daripadanya
telah dijujukan). HMMER menggunakan peraturan mudah untuk membuat kesimpulan serpihan: jika panjang jujukan
L kurang daripada atau sama dengan pecahan kali panjang penjajaran dalam lajur,
maka urutan itu dikendalikan sebagai serpihan. Lalai ialah 0.5. Tetapan
--fragthresh0 akan mentakrifkan tiada urutan (tidak kosong) sebagai serpihan; anda mungkin mahu
lakukan ini jika anda tahu anda mempunyai penjajaran panjang penuh yang dipilih susun dengan teliti
urutan. Tetapan --fragthresh1 akan mentakrifkan semua jujukan sebagai serpihan; anda mungkin
ingin melakukan ini jika anda tahu penjajaran anda sepenuhnya terdiri daripada serpihan, seperti
seperti yang diterjemahkan bacaan pendek dalam data senapang patah metagenomik.

PILIHAN MENGAWAL RELATIF BERAT

Setiap kali profil dibina daripada penjajaran berbilang, HMMER menggunakan jujukan ad hoc
algoritma pemberat untuk menurunkan berat jujukan berkait rapat dan menaik berkait jauh
satu. Ini mempunyai kesan menjadikan model kurang berat sebelah oleh filogenetik yang tidak sekata
perwakilan. Sebagai contoh, dua jujukan yang sama biasanya masing-masing menerima separuh daripada
berat bahawa satu urutan akan (dan inilah sebabnya jackhmmer tidak mengambil berat tentang selalu
termasuk urutan pertanyaan asal anda dalam setiap penjajaran lelaran, walaupun ia menemuinya
sekali lagi dalam pangkalan data yang anda cari). Pilihan ini mengawal algoritma yang digunakan.

--wpb Gunakan skema pemberat jujukan berasaskan kedudukan Henikoff [Henikoff dan Henikoff,
J. Mol. biol. 243:574, 1994]. Ini adalah lalai.

--wgsc Gunakan algoritma pemberat Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
biol. 235:1067, 1994].

--wblosum
Gunakan skema pengelompokan yang sama yang digunakan untuk menimbang data dalam mengira BLOSUM
matriks penggantian [Henikoff dan Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89:10915, 1992].
Urutan dikelompokkan satu pautan pada ambang identiti (lalai 0.62; lihat
--lebar) dan dalam setiap kelompok jujukan c, setiap jujukan mendapat berat relatif
1/c.

--tidak ada
Tiada berat relatif. Semua urutan diberikan berat seragam.

--lebar
Menetapkan ambang identiti yang digunakan oleh pengelompokan pautan tunggal apabila menggunakan --wblosum.
Tidak sah dengan mana-mana skim pemberat lain. Lalai ialah 0.62.

PILIHAN MENGAWAL EFEKTIF RAHSIA NOMBOR

Selepas berat relatif ditentukan, ia dinormalkan kepada jumlah berkesan
nombor urutan, eff_nseq. Nombor ini mungkin bilangan jujukan sebenar dalam
penjajaran, tetapi ia hampir selalu lebih kecil daripada itu. Pemberat entropi lalai
kaedah (--eent) mengurangkan nombor urutan berkesan untuk mengurangkan kandungan maklumat
(entropi relatif, atau purata skor jangkaan pada homolog benar) setiap kedudukan konsensus. The
entropi relatif sasaran dikawal oleh fungsi dua parameter, di mana kedua-duanya
parameter boleh ditetapkan dengan --di sini and --esigma.

--eent Laraskan nombor jujukan berkesan untuk mencapai entropi relatif khusus setiap
kedudukan (lihat --di sini). Ini adalah lalai.

--eclust
Tetapkan nombor jujukan berkesan kepada bilangan gugusan pautan tunggal pada a
ambang identiti khusus (lihat --hari raya). Pilihan ini tidak disyorkan; ia untuk
eksperimen menilai sejauh mana lebih baik --eent adalah.

--enone
Matikan penentuan nombor jujukan yang berkesan dan hanya gunakan nombor sebenar
urutan. Satu sebab anda mungkin mahu melakukan ini adalah untuk cuba memaksimumkan relatif
entropi/kedudukan model anda, yang mungkin berguna untuk model pendek.

--eset
Tetapkan nombor jujukan berkesan untuk semua model secara eksplisit .

--di sini
Tetapkan sasaran entropi/kedudukan relatif minimum kepada . Memerlukan --eent. lalai
bergantung pada abjad urutan; untuk urutan protein, ia adalah 0.59 bit/kedudukan.

--esigma
Menetapkan entropi relatif minimum yang disumbangkan oleh keseluruhan penjajaran model, berakhir
panjang keseluruhannya. Ini mempunyai kesan menjadikan model pendek mempunyai relatif yang lebih tinggi
entropi setiap kedudukan daripada --di sini sahaja akan memberi. Lalai ialah 45.0 bit.

--hari raya
Menetapkan keratan identiti berpasangan pecahan yang digunakan oleh pengelompokan pautan tunggal dengan
yang --eclust pilihan. Lalai ialah 0.62.

PILIHAN MENGAWAL SEBELUMNYA

Dalam pembinaan profil, secara lalai, kiraan wajaran ditukar kepada min posterior
anggaran parameter kebarangkalian menggunakan campuran Dirichlet priors. Campuran lalai Dirichlet
parameter terdahulu untuk model protein dan untuk model asid nukleik (RNA dan DNA) dibina
masuk. Pilihan berikut membenarkan anda untuk mengatasi keutamaan lalai.

--pnone Jangan gunakan sebarang priors. Parameter kebarangkalian hanya akan diperhatikan
frekuensi, selepas pemberat jujukan relatif.

--tempat Gunakan +1 Laplace sebelum menggantikan campuran lalai Dirichlet sebelumnya.

PILIHAN MENGAWAL E-VALUE PENGESAHAN

Menganggarkan parameter lokasi untuk pengagihan skor yang dijangkakan untuk penapis MSV
skor, skor penapis Viterbi dan skor Hadapan memerlukan tiga urutan rawak pendek
simulasi.

--EmL
Menetapkan panjang jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi mu untuk
Nilai-E penapis MSV. Lalai ialah 200.

--EmN
Menetapkan bilangan jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi mu
untuk nilai E penapis MSV. Lalai ialah 200.

--EvL
Menetapkan panjang jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi mu untuk
Nilai-E penapis Viterbi. Lalai ialah 200.

--EvN
Menetapkan bilangan jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi mu
untuk nilai E penapis Viterbi. Lalai ialah 200.

--EfL
Menetapkan panjang jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi tau
untuk nilai-E Hadapan. Lalai ialah 100.

--EfN
Menetapkan bilangan jujukan dalam simulasi yang menganggarkan parameter lokasi
tau untuk Forward E-values. Lalai ialah 200.

--Eft
Menetapkan pecahan jisim ekor agar muat dalam simulasi yang menganggarkan lokasi
parameter tau untuk nilai Forward. Lalai ialah 0.04.

LAIN PILIHAN

--nonull2
Matikan pembetulan skor null2 untuk gubahan berat sebelah.

-Z Tegaskan bahawa jumlah bilangan sasaran dalam carian anda adalah , untuk tujuan
pengiraan nilai E setiap jujukan, bukannya bilangan sasaran sebenar
dilihat.

--domZ
Tegaskan bahawa jumlah bilangan sasaran dalam carian anda adalah , untuk tujuan
pengiraan nilai E bersyarat setiap domain, bukannya bilangan sasaran
yang melepasi ambang pelaporan.

--benih
Benih penjana nombor rawak dengan , integer >= 0. Jika ialah >0, mana-mana
simulasi stokastik akan boleh dihasilkan semula; arahan yang sama akan memberikan yang sama
keputusan. Jika ialah 0, penjana nombor rawak disemai secara sewenang-wenangnya, dan
simulasi stokastik akan berbeza dari larian ke larian arahan yang sama. lalai
biji ialah 42.

--qformat
Istiharkan bahawa input query_seqfile adalah dalam format . Fail urutan yang diterima
format termasuk FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm dan SELEX. lalai
adalah untuk mengesan format fail secara automatik.

--tformat
Istiharkan bahawa input target_seqdb adalah dalam format . Fail urutan yang diterima
format termasuk FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm dan SELEX. lalai
adalah untuk mengesan format fail secara automatik.

--CPU
Tetapkan bilangan benang pekerja selari kepada . Secara lalai, HMMER menetapkan ini kepada
bilangan teras CPU yang dikesan dalam mesin anda - iaitu, ia cuba memaksimumkan
penggunaan teras pemproses anda yang tersedia. Tetapan lebih tinggi daripada bilangan
teras yang tersedia adalah sedikit jika ada nilai, tetapi anda mungkin mahu menetapkannya kepada sesuatu
kurang. Anda juga boleh mengawal nombor ini dengan menetapkan pembolehubah persekitaran,
HMMER_NCPU.

Pilihan ini hanya tersedia jika HMMER telah disusun dengan sokongan urutan POSIX.
Ini ialah lalai, tetapi ia mungkin telah dimatikan pada masa penyusunan untuk tapak anda
atau mesin atas sebab tertentu.

--gerai
Untuk menyahpepijat versi induk/pekerja MPI: jeda selepas mula, untuk mendayakan
pembangun untuk melampirkan penyahpepijat pada proses induk dan pekerja yang sedang berjalan. Hantar
Isyarat SIGCONT untuk melepaskan jeda. (Di bawah gdb: (Gdb) isyarat TANDATANGAN) (Sahaja
tersedia jika sokongan MPI pilihan didayakan pada masa penyusunan.)

--mpi Jalankan dalam mod induk/pekerja MPI, menggunakan mpirun. (Hanya tersedia jika MPI pilihan
sokongan telah didayakan pada masa penyusunan.)

Gunakan jackhmmer dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net