Ini ialah perintah kalign yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
kalign - melakukan penjajaran berbilang jujukan biologi.
SINOPSIS
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Pilihan]
kalign [-i infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Pilihan]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Pilihan]
DESCRIPTION
Kalign ialah alat baris arahan untuk melakukan penjajaran berbilang jujukan biologi. Ia
menggunakan algoritma pemadanan rentetan Muth?Manber, untuk meningkatkan kedua-dua ketepatan dan kelajuan
daripada penjajaran. Ia menggunakan pendekatan penjajaran global, progresif, diperkaya dengan menggunakan satu
algoritma pemadanan rentetan anggaran untuk mengira jarak jujukan dan dengan menggabungkan
perlawanan tempatan ke dalam penjajaran global.
PILIHAN
-s -gpo -gapopen -jurang_terbuka x
Penalti terbuka jurang.
-e -gpe -gap_ext -gapextension x
Penalti lanjutan jurang.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Penalti jurang terminal.
-m -bonus -bonus_matriks x
Pemalar ditambah pada matriks penggantian.
-c -susun <input, pokok, jurang.>
Susunan urutan muncul dalam penjajaran output.
-g -ciri
Memilih mod ciri dan menentukan ciri yang akan digunakan: cth semua, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-skor_ciri_sama
Skor untuk menjajarkan ciri yang sama.
-skor_ciri_perbezaan
Penalti kerana menjajarkan ciri yang berbeza.
-d -jarak <wu, pasangan>
Kaedah jarak
-b -pokok -pokok panduan <nj, upgma>
Kaedah pokok panduan.
-z -zcutoff
Parameter yang digunakan dalam pengiraan jarak berasaskan wu-manber.
-i -in -input
Nama fail input.
-o -keluar -pengeluaran
Nama fail output.
-a -gap_inc
Meningkatkan penalti jurang bergantung kepada bilangan jurang yang sedia ada.
-f -format <fasta, msf, aln, clu, macsim>
Format keluaran.
-q -senyap
Cetak apa-apa ke STDERR. Baca apa-apa daripada STDIN.
RUJUKAN
· Timo Lassmann dan Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - gandaan yang tepat dan pantas
algoritma penjajaran jujukan. BMC Bioinformatik 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings dan Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
penjajaran berbilang berprestasi tinggi bagi jujukan protein dan nukleotida yang membenarkan
ciri luaran. Penyelidikan Asid Nukleik 3:858?865.
PENGARANG
Thyme Lassmann <[e-mel dilindungi]>
Pengarang hulu Kalign.
Charles Plessy <[e-mel dilindungi]>
Menulis halaman manual.
HAKCIPTA
Hak Cipta © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign ialah perisian percuma. Anda boleh mengedarkannya semula dan/atau mengubah suainya di bawah syarat-syarat
GNU General Public License seperti yang diterbitkan oleh Free Software Foundation.
Halaman manual ini ditulis oleh Charles Plessy[e-mel dilindungi]> untuk Debian(TM)
sistem (tetapi boleh digunakan oleh orang lain). Kebenaran diberikan untuk menyalin, mengedar dan/atau
ubah suai dokumen ini di bawah syarat yang sama seperti kalign itu sendiri.
Pada sistem Debian, teks lengkap GNU General Public License versi 2 boleh
dijumpai dalam /usr/share/common-licenses/GPL-2.
Gunakan kalign dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
