EnglishFrenchSpanyol

Jalankan pelayan | Ubuntu > | Fedora > |


Favicon OnWorks

linsi - Dalam talian di Awan

Jalankan linsi dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS

Ini ialah arahan linsi yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.

JADUAL:

NAMA


mafft - Program penjajaran berbilang untuk urutan asid amino atau nukleotida

SINOPSIS


mafft [pilihan] input [> output]

jadi input [> output]

ginsi input [> output]

einsi input [> output]

fftnsi input [> output]

fftns input [> output]

nwns input [> output]

nwnsi input [> output]

mafft-profile group1 group2 [> output]

input, group1 dan group2 mestilah dalam format FASTA.

DESCRIPTION


MAFFT ialah program penjajaran jujukan berbilang untuk sistem pengendalian seperti unix. Ia menawarkan
pelbagai kaedah penjajaran berbilang.

Berorientasikan ketepatan kaedah:
· L-INS-i (mungkin paling tepat; disyorkan untuk <200 urutan; penghalusan berulang
kaedah yang menggabungkan maklumat penjajaran berpasangan tempatan):

mafft --pasangan tempatan --maxiterate 1000 input [> output]

jadi input [> output]

· G-INS-i (sesuai untuk jujukan yang sama panjang; disyorkan untuk <200 jujukan;
kaedah penghalusan berulang yang menggabungkan maklumat penjajaran berpasangan global):

mafft --pair global --maxiterate 1000 input [> output]

ginsi input [> output]

· E-INS-i (sesuai untuk jujukan yang mengandungi kawasan tidak sejajar yang besar; disyorkan untuk
<200 urutan):

mafft --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 input [> output]

einsi input [> output]

Untuk E-INS-i, --ep 0 pilihan disyorkan untuk membenarkan jurang yang besar.

Berorientasikan kelajuan kaedah:
· FFT-NS-i (kaedah pemurnian berulang; dua kitaran sahaja):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 input [> output]

fftnsi input [> output]

· FFT-NS-i (kaedah penghalusan berulang; maks. 1000 lelaran):

mafft --retree 2 --maxiterate 1000 input [> output]

· FFT-NS-2 (kaedah pantas; progresif):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 input [> output]

fftns input [> output]

· FFT-NS-1 (sangat pantas; disyorkan untuk >2000 urutan; kaedah progresif dengan kasar
pokok panduan):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 input [> output]

· NW-NS-i (kaedah pemurnian berulang tanpa anggaran FFT; dua kitaran sahaja):

mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft input [> output]

nwnsi input [> output]

· NW-NS-2 (cepat; kaedah progresif tanpa anggaran FFT):

mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft input [> output]

nwns input [> output]

· NW-NS-PartTree-1 (disyorkan untuk ~10,000 hingga ~50,000 jujukan; kaedah progresif
dengan algoritma PartTree):

mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree input [> output]

Kumpulan ke kumpulan penjajaran

mafft-profile group1 group2 [> output]

atau:

mafft --maxiterate 1000 --benih group1 --benih group2 /dev/null [> output]

PILIHAN


Algoritma
--auto
Memilih strategi yang sesuai secara automatik daripada L-INS-i, FFT-NS-i dan FFT-NS-2,
mengikut saiz data. Lalai: mati (sentiasa FFT-NS-2)

--6merpair
Jarak dikira berdasarkan bilangan 6mers yang dikongsi. Lalai: hidup

--pair global
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma Needleman-Wunsch. Lagi
tepat tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. Sesuai untuk satu set penjajaran global
urutan. Berkenaan sehingga ~200 jujukan. Gabungan dengan --maxiterate 1000
adalah disyorkan (G-INS-i). Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--pasangan tempatan
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma Smith-Waterman. Lebih tepat
tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. Sesuai untuk satu set jujukan yang boleh diselaraskan secara setempat.
Berkenaan sehingga ~200 jujukan. Gabungan dengan --maxiterate 1000 ialah
disyorkan (L-INS-i). Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--genafpair
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan algoritma tempatan dengan umum
kos jurang affine (Altschul 1998). Lebih tepat tetapi lebih perlahan daripada --6merpair. sesuai
apabila jurang dalaman yang besar dijangka. Berkenaan sehingga ~200 jujukan. A
kombinasi dengan --maxiterate 1000 disyorkan (E-INS-i). Lalai: mati (6mer
jarak digunakan)

--fastapair
Semua penjajaran berpasangan dikira dengan FASTA (Pearson dan Lipman 1988). FASTA ialah
diperlukan. Lalai: mati (jarak 6mer digunakan)

--berat nombor
Faktor pemberat untuk istilah ketekalan yang dikira daripada penjajaran berpasangan. sah
apabila salah satu daripada --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair atau --blastpair ialah
dipilih. Lalai: 2.7

--retree nombor
Pokok panduan dibina nombor kali dalam peringkat progresif. Sah dengan jarak 6mer.
Lalai: 2

--maxiterate nombor
nombor kitaran penghalusan berulang dilakukan. Lalai: 0

--fft
Gunakan anggaran FFT dalam penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: hidup

--nofft
Jangan gunakan anggaran FFT dalam penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: mati

--noscore
Skor penjajaran tidak disemak dalam peringkat penghalusan berulang. Lalai: mati (skor
disemak)

--memsave
Gunakan algoritma Myers-Miller (1988). Lalai: dihidupkan secara automatik apabila
panjang penjajaran melebihi 10,000 (aa/nt).

--parttree
Gunakan kaedah pembinaan pokok yang pantas (PartTree, Katoh dan Toh 2007) dengan jarak 6mer.
Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan adalah input. Lalai: mati

--dpparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan DP. Sedikit lebih tepat dan
lebih perlahan daripada --parttree. Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan adalah
input. Lalai: mati

--fastaparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan FASTA. Lebih tepat sedikit
dan lebih perlahan daripada --parttree. Disyorkan untuk sejumlah besar (> ~10,000) jujukan
adalah input. FASTA diperlukan. Lalai: mati

--bersaiz bahagian nombor
Bilangan partition dalam algoritma PartTree. Lalai: 50

--saiz kumpulan nombor
Jangan buat penjajaran lebih besar daripada nombor urutan. Sah hanya dengan --*parttree
pilihan. Lalai: bilangan jujukan input

Parameter
--op nombor
Penalti pembukaan jurang pada penjajaran kumpulan ke kumpulan. Lalai: 1.53

--ep nombor
Nilai offset, yang berfungsi seperti penalti sambungan jurang, untuk penjajaran kumpulan ke kumpulan.
Lalai: 0.123

--lop nombor
Penalti pembukaan jurang pada penjajaran berpasangan tempatan. Sah apabila --localpair atau
--genafpair pilihan dipilih. Lalai: -2.00

--lep nombor
Nilai mengimbangi pada penjajaran berpasangan tempatan. Sah apabila --localpair atau --genafpair
pilihan dipilih. Lalai: 0.1

--lexp nombor
Penalti sambungan jurang pada penjajaran berpasangan setempat. Sah apabila --localpair atau
--genafpair pilihan dipilih. Lalai: -0.1

--LOP nombor
Penalti pembukaan jurang untuk melangkau penjajaran. Sah apabila pilihan --genafpair adalah
dipilih. Lalai: -6.00

--LEXP nombor
Penalti sambungan jurang untuk melangkau penjajaran. Sah apabila pilihan --genafpair adalah
dipilih. Lalai: 0.00

--bl nombor
BLOSUM nombor matriks (Henikoff dan Henikoff 1992) digunakan. nombor=30, 45, 62 atau 80.
Lalai: 62

--jtt nombor
JTT PAM nombor (Jones et al. 1992) matriks digunakan. nombor>0. Lalai: BLOSUM62

--tm nombor
PAM transmembran nombor (Jones et al. 1994) matriks digunakan. nombor>0. Lalai:
BLOSUM62

--aamatrix fail matriks
Gunakan matriks pemarkahan AA yang ditentukan pengguna. Format daripada fail matriks adalah sama dengan
LETUPAN. Diabaikan apabila jujukan nukleotida dimasukkan. Lalai: BLOSUM62

--fmodel
Menggabungkan maklumat komposisi AA/nuc ke dalam matriks pemarkahan. Lalai: mati

Output
--clustalout
Format keluaran: format kluster. Lalai: mati (format cepat)

--urutan input
Susunan keluaran: sama seperti input. Lalai: hidup

--susun semula
Susunan keluaran: sejajar. Lalai: mati (urutan input)

--treeout
Pokok panduan adalah output kepada input.fail pokok. Lalai: mati

--senyap
Jangan laporkan kemajuan. Lalai: mati

Input
--nuc
Andaikan jujukan ialah nukleotida. Lalai: auto

--amino
Andaikan urutannya ialah asid amino. Lalai: auto

--benih penjajaran1 [--benih penjajaran2 --benih penjajaran3 ...]
Penjajaran benih diberikan dalam penjajaran_n (format fasta) diselaraskan dengan urutan dalam
input. Penjajaran dalam setiap benih dipelihara.

Gunakan linsi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net


Ad


Ad