Ini ialah arahan load_genbankp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
load_genbank.pl - Muatkan pangkalan data Bio::DB::GFF daripada fail GENBANK.
SINOPSIS
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
NOTA: Skrip bp_genbank2gff.pl dalam pengedaran BioPerl adalah sama dengan skrip ini.
DESCRIPTION
Skrip ini memuatkan pangkalan data Bio::DB::GFF dengan ciri-ciri yang terkandung dalam sama ada tempatan
fail genbank atau aksesi yang diambil daripada genbank. Pelbagai pilihan baris arahan
membolehkan anda mengawal pangkalan data yang hendak dimuatkan dan sama ada membenarkan pangkalan data sedia ada
ditimpa.
Skrip ini pada masa ini hanya menggunakan MySQL, walaupun ia adalah bukti prinsip dan boleh dengan mudah
diperluaskan untuk bekerja dengan RDMS lain yang disokong oleh GFF melalui penyesuai.
TALIAN PERINTAH PILIHAN
Pilihan baris perintah boleh disingkatkan kepada pilihan huruf tunggal. cth -d bukannya
--pangkalan data.
--create Cipta paksa dan permulaan pangkalan data
--dsn Sumber data (dbi lalai:mysql:test)
--pengguna Nama pengguna untuk pengesahan mysql
--lulus Kata laluan untuk pengesahan mysql
--proksi Pelayan proksi untuk digunakan untuk akses jauh
--fail Argumen yang mengikuti ialah nama fail Genbank/EMBL (lalai)
--accession Hujah yang berikut ialah nombor aksesi genbank
--stdout Tulis fail GFF yang ditukar kepada stdout daripada memuatkan
Gunakan load_genbankp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
