Ini ialah arahan makehmmerdb yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
makehmmerdb - bina fail pangkalan data binari HMMER daripada fail jujukan
SINOPSIS
makehmmerdb [pilihan]
DESCRIPTION
makehmmerdb digunakan untuk mencipta fail binari daripada fail jujukan DNA. Fail binari ini mungkin
digunakan sebagai pangkalan data sasaran untuk alat carian DNA nhmmer.Menggunakanlalaitetapanin nhmmer,
ini menghasilkan pecutan kira-kira 10 kali ganda dengan kehilangan sensitiviti yang kecil pada penanda aras.
(Kaedah ini telah diuji secara meluas, tetapi masih harus dianggap sebagai agak
percubaan.)
PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
LAIN PILIHAN
--maklumat
Tegaskan bahawa fail pangkalan data jujukan adalah dalam format . Format yang diterima termasuk
puasa, embl, genbank, ddbj, uniprot, Stockholm, pfam, a2m, dan afa. Lalai adalah
untuk mengesan format fail secara automatik.
--bin_length
Panjang tong. Fail binari bergantung pada struktur data yang dipanggil indeks FM, yang
mengatur salinan tetapan urutan dalam tong sampah yang panjang . Panjang tong sampah lebih panjang
akan membawa kepada fail yang lebih kecil (kerana data ditangkap tentang setiap tong) dan mungkin
masa pertanyaan yang lebih perlahan. Lalai ialah 256. Lebih daripada 512 boleh membawa kepada ketara
pengurangan kelajuan.
--sa_freq
Kadar sampel tatasusunan akhiran. Struktur indeks FM juga mengambil sampel daripada asas
tatasusunan akhiran untuk pangkalan data jujukan. Persampelan yang lebih kerap (nilai yang lebih kecil untuk
) akan menghasilkan saiz fail yang lebih besar dan carian yang lebih pantas (sehingga saiz fail menjadi besar
cukup untuk menyebabkan I/O menjadi hambatan). Nilai lalai ialah 8. Mestilah kuasa
2.
--saiz_blok
Urutan input dipecahkan kepada blok saiz juta surat. Indeks FM
dibina untuk setiap blok, bukannya membina indeks FM untuk keseluruhan jujukan
pangkalan data. Lalai ialah 50. Blok yang lebih besar nampaknya tidak menghasilkan kelajuan yang besar
meningkat.
Gunakan makehmmerdb dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
