maq - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

Maq - Pemetaan dan Perhimpunan dengan Kualiti

SINOPSIS

maks arahan [pilihan] hujah

maq.pl arahan [pilihan] hujah

DESCRIPTION

Maq ialah perisian yang membina himpunan pemetaan daripada bacaan pendek yang dijana oleh seterusnya-
mesin penjujukan generasi. Ia direka khas untuk Illumina-Solexa 1G Genetic
Penganalisis, dan mempunyai fungsi awal untuk mengendalikan data AB SOLiD.

Dengan Maq anda boleh:

· Selaraskan pantas bacaan Illumina/SOLiD kepada genom rujukan. Dengan pilihan lalai, satu
juta pasang bacaan boleh dipetakan ke genom manusia dalam kira-kira 10 jam CPU dengan kurang
daripada memori 1G.

· Mengukur dengan tepat kebarangkalian ralat penjajaran setiap individu yang dibaca.

· Panggil genotip konsensus, termasuk polimorfisme homozigot dan heterozigot, dengan
kualiti kebarangkalian Phred yang diberikan kepada setiap pangkalan.

· Cari indel pendek dengan bacaan hujung berpasangan.

· Cari pemadaman dan translokasi genom skala besar dengan tepat dengan bacaan hujung berpasangan.

· Temui potensi CNV dengan menyemak kedalaman bacaan.

· Nilaikan ketepatan kualiti asas mentah daripada penjujukan dan bantu untuk menyemak
kesilapan sistematik.

Namun, Maq boleh TIDAK:

· Lakukan de baru perhimpunan. (Maq hanya boleh memanggil konsensus dengan memetakan bacaan kepada yang diketahui
rujukan.)

· Peta pendek dibaca melawan diri mereka sendiri. (Maq hanya boleh mencari pertindihan lengkap antara bacaan.)

· Selaraskan bacaan kapilari atau 454 bacaan kepada rujukan. (Maq tidak boleh menyelaraskan bacaan lebih lama daripada
63bp.)

MAQ PERINTAH

Utama arahan

fasta2bfa maks fasta2bfa in.ref.fasta out.ref.bfa

Tukar jujukan dalam format FASTA kepada format BFA (FASTA binari) Maq.

fastq2bfq maks fastq2bfq [-n nreads] dalam.baca.cepatq keluar.baca.bfq⎪keluar.awalan

Tukarkan bacaan dalam format FASTQ kepada format BFQ (FASTQ binari) Maq.

PILIHAN:

-n INT bilangan bacaan setiap fail [tidak dinyatakan]

peta maks peta [-n nmis] [-a maxins] [-c] [-1 len1] [-2 len2] [-d sesuai3] [-m bermutasi]
[-u tidak dipetakan] [-e maxer] [-M c⎪g] [-N] [-H allhits] [-C maxhits] out.aln.map
in.ref.bfa dalam.baca1.bfq [dalam.baca2.bfq] 2> out.map.log

Peta membaca kepada urutan rujukan.

PILIHAN:

-n INT Bilangan ketidakpadanan maksimum yang sentiasa boleh ditemui [2]

-a INT Jarak luar maksimum untuk pasangan bacaan yang betul [250]

-A INT Jarak luar maksimum dua bacaan berbayar RF (0 untuk nyahdaya) [0]

-c Peta dibaca dalam ruang warna (untuk SOLiD sahaja)

-1 INT Panjang bacaan untuk bacaan pertama, 0 untuk auto [0]

-2 INT Panjang bacaan untuk bacaan kedua, 0 untuk auto [0]

-m FLOAT Kadar mutasi antara jujukan rujukan dan bacaan [0.001]

-d FAIL Tentukan fail yang mengandungi satu baris jujukan penyesuai 3'
[null]

-u FAIL Buang bacaan yang tidak dipetakan dan bacaan yang mengandungi lebih daripada nmis tidak sepadan dengan
fail berasingan [null]

-e INT Ambang pada jumlah kualiti asas yang tidak sepadan [70]

-H FAIL Buang berbilang/semua hits 01 tidak sepadan ke FAIL [null]

-C INT Bilangan maksimum hits untuk dikeluarkan. Tidak terhad jika lebih besar daripada 512. [250]

-M mod penjajaran metilasi c⎪g. Semua C (atau G) pada helai hadapan akan menjadi
ditukar kepada T (atau A). Pilihan ini adalah untuk ujian sahaja.

-N simpan kedudukan tidak padan dalam fail output out.aln.map. Bila ini
pilihan sedang digunakan, panjang bacaan maksimum yang dibenarkan ialah 55bp.

PERHATIAN:

* Bacaan akhir berpasangan hendaklah disediakan dalam dua fail, satu untuk setiap hujung, dengan
bacaan disusun mengikut susunan yang sama. Ini bermakna bacaan ke-k dalam yang pertama
fail dipadankan dengan bacaan ke-k dalam fail kedua. Bacaan yang sepadan
nama mestilah sama sehingga ekor `/1' atau `/2'. Sebagai contoh, seperti a
sepasang nama dibaca dibenarkan: `EAS1_1_5_100_200/1' dan
`EAS1_1_5_100_200/2'. Tailing `/[12]' biasanya dijana oleh
GAPipeline untuk membezakan dua hujung dalam sepasang.

* Output ialah fail binari termampat. Ia dipengaruhi oleh endianness.

* Cara terbaik untuk menjalankan arahan ini ialah menyediakan kira-kira 1 hingga 3 juta bacaan sebagai
input. Lebih banyak bacaan memakan lebih banyak ingatan.

* Pilihan -n mengawal sensitiviti penjajaran. Secara lalai, pukulan dengan
sehingga 2 ketidakpadanan boleh sentiasa ditemui. lebih tinggi -n mendapati lebih banyak hits dan juga
meningkatkan ketepatan kualiti pemetaan. Walau bagaimanapun, ini dilakukan dengan kos
daripada kelajuan.

* Penjajaran dengan banyak ketidakpadanan berkualiti tinggi harus dibuang sebagai palsu
penjajaran atau kemungkinan pencemaran. Tingkah laku ini dikawal oleh pilihan
-e. Yang -e ambang hanya dikira lebih kurang kerana kualiti asas
dibahagikan dengan 10 pada peringkat penjajaran tertentu. The -Q pilihan dalam
memasang perintah tetapkan ambang dengan tepat.

* Sepasang bacaan dikatakan dipasangkan dengan betul jika dan hanya jika
orientasi ialah FR dan jarak luar pasangan tidak lebih besar daripada
maxins. Tiada had pada saiz sisipan minimum. Tetapan ini ialah
ditentukan oleh algoritma penjajaran hujung berpasangan yang digunakan dalam Maq. Memerlukan a
saiz sisipan minimum akan membawa kepada beberapa penjajaran yang salah dengan sangat
terlalu menilai kualiti pemetaan.

* Pada masa ini, pasangan baca daripada perpustakaan sisipan panjang Illumina/Solexa mempunyai bacaan RF
orientasi. Saiz sisipan maksimum ditetapkan mengikut pilihan -A. Namun, lama-
perpustakaan sisipan juga dicampur dengan sebahagian kecil bacaan sisipan pendek
pasangan. -a juga harus ditetapkan dengan betul.

* Kadangkala 5'-hujung atau bahkan keseluruhan jujukan penyesuai 3' mungkin dijujukan.
menyediakan -d menjadikan Maq untuk menghapuskan pencemaran penyesuai.

* Diberi 2 juta bacaan sebagai input, maks biasanya mengambil memori 800MB.

mapmerge maks mapmerge out.aln.map dalam.aln1.map dalam.aln2.map [...]

Gabungkan sekumpulan penjajaran baca bersama-sama.

PERHATIAN:

* Secara teori, arahan ini boleh menggabungkan bilangan penjajaran tanpa had. Walau bagaimanapun, sebagai
mapmerge akan membaca semua input pada masa yang sama, ia mungkin memukul
had bilangan maksimum fail pembukaan yang ditetapkan oleh OS. Pada masa ini, ini
perlu diselesaikan secara manual oleh pengguna akhir.

* Perintah mapmerge boleh digunakan untuk menggabungkan fail penjajaran dengan bacaan yang berbeza
panjang. Semua analisis seterusnya tidak menganggap panjang tetap lagi.

rmdup maks rmdup out.rmdup.map dalam.ori.map

Alih keluar pasangan dengan koordinat luar yang sama. Pada dasarnya, berpasangan dengan
koordinat luar yang serupa sepatutnya jarang berlaku. Walau bagaimanapun, disebabkan oleh
amplifikasi dalam penyediaan sampel, ini berlaku lebih kerap daripada oleh
peluang. Analisis praktikal menunjukkan bahawa mengalih keluar pendua membantu menambah baik
ketepatan keseluruhan panggilan SNP.

memasang maks memasang [-sp] [-m maxmis] [-Q maxer] [-r memanaskan] [-t coef] [-q minQ] [-N
nHap] keluar.cns in.ref.bfa dalam.aln.map 2> out.cns.log

Panggil jujukan konsensus daripada pemetaan baca.

PILIHAN:

-t FLOAT Pekali pergantungan ralat [0.93]

-r FLOAT Pecahan heterozigot di antara semua tapak [0.001]

-s Ambil kualiti pemetaan hujung tunggal sebagai kualiti pemetaan akhir;
jika tidak, kualiti pemetaan akhir berpasangan akan digunakan

-p Buang bacaan akhir berpasangan yang tidak dipetakan dalam pasangan yang betul

-m INT Bilangan maksimum ketidakpadanan yang dibenarkan untuk bacaan digunakan
panggilan konsensus [7]

-Q INT Jumlah maksimum nilai kualiti yang dibenarkan bagi asas yang tidak sepadan [60]

-q INT Kualiti pemetaan minimum dibenarkan untuk bacaan digunakan secara konsensus
memanggil [0]

-N INT Bilangan haplotaip dalam kolam (>=2) [2]

PERHATIAN:

* Pilihan -Q menetapkan had pada jumlah maksimum kualiti asas yang tidak sepadan.
Bacaan yang mengandungi banyak ketidakpadanan berkualiti tinggi harus dibuang.

* Pilihan -N menetapkan bilangan haplotip dalam kolam. Ia direka untuk
penjujukan semula sampel dengan menggabungkan beberapa strain/individu bersama. Untuk
penjujukan semula genom diploid, pilihan ini sama dengan 2.

glfgen maks glfgen [-sp] [-m maxmis] [-Q maxer] [-r memanaskan] [-t coef] [-q minQ] [-N
nHap] keluar.cns in.ref.bfa dalam.aln.map 2> out.cns.log

Kira kemungkinan log untuk semua genotip dan simpan hasilnya dalam format GLF
(Format Kebarangkalian Genotaip). Sila semak tapak web MAQ untuk butiran terperinci
penerangan tentang format fail dan utiliti yang berkaitan.

indelpe maks indelpe in.ref.bfa dalam.aln.map > keluar.indelpe

Panggil indel konsisten daripada bacaan hujung berpasangan. Outputnya dihadkan dengan TAB
setiap baris terdiri daripada kromosom, kedudukan mula, jenis indel, nombor
bacaan merentas indel, saiz indel dan nukleotida yang dimasukkan/dipadamkan
(dipisahkan oleh kolon), bilangan indel pada helai terbalik, bilangan indel
pada untaian hadapan, urutan 5' di hadapan indel, urutan 3' berikut
indel, bilangan bacaan yang dijajarkan tanpa indel dan tiga lajur tambahan
untuk penapis.

Pada lajur ke-3, jenis indel, bintang menunjukkan indel disahkan
dengan bacaan daripada kedua-dua helai, tambah bermakna indel terkena sekurang-kurangnya dua bacaan
tetapi dari helai yang sama, tolak menunjukkan indel hanya terdapat pada satu bacaan,
dan titik bermakna indel terlalu hampir dengan indel lain dan ditapis keluar.

Pengguna disyorkan untuk menjalankan `maq.pl indelpe' untuk membetulkan bilangan
membaca dipetakan tanpa indels. Untuk butiran lanjut, lihat `maq.pl indelpe'
bawah seksyen ini.

indelsoa maks indelsoa in.ref.bfa dalam.aln.map > keluar.indelsoa

Panggil potensi indel homozigot dan titik putus dengan mengesan yang tidak normal
corak penjajaran di sekeliling indel dan titik putus. Outputnya juga TAB
dibatasi dengan setiap baris yang terdiri daripada kromosom, koordinat anggaran,
panjang rantau abnormal, bilangan bacaan dipetakan merentasi kedudukan,
bilangan bacaan di sebelah kiri kedudukan dan bilangan bacaan pada
sebelah kanan. Lajur terakhir boleh diabaikan.

Keluaran mengandungi banyak positif palsu. Penapis yang disyorkan boleh:

awk '$5+$6-$4 >= 3 && $4 <= 1' in.indelsoa

Ambil perhatian bahawa arahan ini tidak bertujuan untuk menjadi pengesan indel yang tepat, tetapi
terutamanya membantu untuk mengelakkan beberapa positif palsu dalam panggilan penggantian. Dalam
Selain itu, ia hanya berfungsi dengan baik memandangkan kedalaman mendalam (~40X sebagai contoh); sebaliknya
kadar negatif palsu akan menjadi sangat tinggi.

format Menukar

sol2sanger maks sol2sanger in.sol.fastq keluar.sanger.fastq

Tukar Solexa FASTQ kepada format standard/Sanger FASTQ.

bfq2fastq maks bfq2fastq dalam.read.bfq keluar.baca.cepatq

Tukar format BFQ Maq kepada format FASTQ standard.

mapass2maq maks mapass2maq dalam.mapass2.map out.maq.map

Tukar format peta mapass2 yang usang kepada format peta Maq. Format lama boleh
tidak mengandungi nama yang dibaca.

Maklumat Mengekstrak

paparan peta maks paparan peta [-bN] dalam.aln.map > out.aln.txt

Paparkan penjajaran baca dalam teks biasa. Untuk bacaan yang sejajar sebelum Smith-
Penjajaran Waterman, setiap baris terdiri daripada nama baca, kromosom, kedudukan,
helai, sisipkan saiz daripada koordinat luar sepasang, bendera berpasangan, pemetaan
kualiti, kualiti pemetaan hujung tunggal, kualiti pemetaan alternatif, bilangan
ketidakpadanan pukulan terbaik, jumlah kualiti asas yang tidak sepadan bagi yang terbaik
pukulan, bilangan 0-tidak padan hits daripada 24bp pertama, bilangan 1-tidak padan hits daripada
24bp pertama pada rujukan, panjang bacaan, urutan bacaan dannya
kualiti. Kualiti pemetaan alternatif sentiasa sama dengan kualiti pemetaan jika
bacaan tidak berpasangan. Jika bacaan dipasangkan, ia sama dengan pemetaan yang lebih kecil
kualiti kedua-dua hujung. Kualiti pemetaan alternatif ini sebenarnya adalah
kualiti pemetaan pasangan tidak normal.

Lajur kelima, bendera berpasangan, ialah bendera bitwise. 4 bit yang lebih rendah memberikan
orientasi: 1 bermaksud FF, 2 untuk FR, 4 untuk RF, dan 8 untuk RR, di mana FR bermaksud
bahawa bacaan dengan koordinat yang lebih kecil adalah pada untaian hadapan, dan pasangannya adalah
pada helai terbalik. Hanya FR dibenarkan untuk pasangan yang betul. Bit yang lebih tinggi
bendera ini memberikan maklumat lanjut. Jika pasangan itu memenuhi hujung berpasangan
keperluan, 16 akan ditetapkan. Jika kedua-dua bacaan dipetakan kepada berbeza
kromosom, 32 akan ditetapkan. Jika salah satu daripada dua bacaan tidak boleh dipetakan sama sekali,
64 akan ditetapkan. Bendera untuk pasangan yang betul sentiasa sama dengan 18.

Untuk bacaan yang diselaraskan oleh penjajaran Smith-Waterman selepas itu, bendera adalah
sentiasa 130. Garis terdiri daripada nama baca, kromosom, kedudukan, untai, sisipan
saiz, bendera (sentiasa 130), kedudukan indel pada bacaan (0 jika tiada indel),
panjang indel (positif untuk sisipan dan negatif untuk pemadaman),
kualiti pemetaan pasangannya, bilangan ketidakpadanan hit terbaik, jumlah
kualiti asas yang tidak sepadan bagi hit terbaik, dua sifar, panjang bacaan,
urutan bacaan dan kualitinya. Pasangan bacaan 130-bendera sentiasa mendapat a
bendera 18.

Bendera 192 menunjukkan bahawa bacaan tidak dipetakan tetapi pasangannya dipetakan. Untuk yang demikian
pasangan baca, satu bacaan mempunyai bendera 64 dan satu lagi mempunyai 192.

PILIHAN:

-b jangan paparkan urutan bacaan dan kualiti

-N memaparkan kedudukan di mana ketidakpadanan berlaku. Bendera ini hanya berfungsi
dengan fail .map yang dijana oleh `maq map -N'.

semak peta maks semak peta [-s] [-m maxmis] [-q minQ] in.ref.bfa dalam.aln.map > out.mapcheck

Baca semakan kualiti. Semakan peta terlebih dahulu melaporkan komposisi dan kedalaman
rujukannya. Selepas itu ada borang. Lajur pertama menunjukkan
kedudukan pada bacaan. Mengikuti empat lajur yang menunjukkan nukleotida
gubahan, kadar penggantian antara rujukan dan bacaan akan diberikan.
Kadar ini dan nombor dalam lajur berikut diskalakan kepada 999 dan
dibundarkan kepada integer terdekat. Kumpulan lajur seterusnya menunjukkan pengedaran
kualiti asas sepanjang bacaan pada selang kualiti 10. Kemerosotan kualiti
biasanya boleh diperhatikan, yang bermaksud asas pada akhir bacaan adalah kurang
tepat. Kumpulan lajur terakhir membentangkan pecahan penggantian untuk
membaca asas pada selang kualiti. Ini mengukur ketepatan kualiti asas
anggaran. Sebaik-baiknya, kita mengharapkan untuk melihat 1 dalam 3? lajur, 10 dalam 2? ruangan
dan 100 dalam 1? ruangan.

PILIHAN:

-s Ambil kualiti pemetaan hujung tunggal sebagai kualiti pemetaan akhir

-m INT Bilangan maksimum mismatahces dibenarkan untuk bacaan dikira [4]

-q INT Kualiti pemetaan minimum dibenarkan untuk bacaan dikira [30]

terkumpul maks terkumpul [-spvP] [-m maxmis] [-Q maxer] [-q minQ] [-l fail tapak] in.ref.bfa
dalam.aln.map > keluar.timbunan

Paparkan penjajaran dalam format teks `pileup'. Setiap baris terdiri daripada
kromosom, kedudukan, pangkalan rujukan, kedalaman dan asas pada bacaan yang meliputi
jawatan ini. Jika -v ditambah pada baris arahan, kualiti asas dan pemetaan
kualiti akan dibentangkan dalam lajur keenam dan ketujuh mengikut urutan.

Lajur kelima sentiasa bermula dengan `@'. Dalam lajur ini, baca asas yang serupa
kepada rujukan ditunjukkan dalam koma `,' atau titik `.', dan membaca asas berbeza
daripada rujukan dalam surat. Tanda koma atau huruf besar menunjukkan bahawa asas
datang daripada bacaan yang dijajarkan pada helai ke hadapan, manakala titik atau huruf kecil pada
helai terbalik.

Perintah ini adalah untuk pengguna yang ingin membangunkan pemanggil SNP mereka sendiri.

PILIHAN:

-s Ambil kualiti pemetaan hujung tunggal sebagai kualiti pemetaan akhir

-p Buang bacaan akhir berpasangan yang tidak dipetakan sebagai pasangan yang betul

-v Output maklumat kata kerja termasuk kualiti asas dan pemetaan
kualiti

-m INT Bilangan maksimum ketidakpadanan yang dibenarkan untuk bacaan digunakan [7]

-Q INT Bilangan nilai kualiti yang tidak sepadan maksimum yang dibenarkan [60]

-q INT Kualiti pemetaan minimum dibenarkan untuk bacaan digunakan [0]

-l FAIL Fail yang mengandungi tapak di mana timbunan akan dicetak. Di dalam ini
fail lajur pertama memberikan nama rujukan dan yang kedua
koordinat. Lajur tambahan akan diabaikan. [null]

-P juga mengeluarkan kedudukan asas pada bacaan

cns2fq maks cns2fq [-Q minMapQ] [-n minNeiQ] [-d minDepth] [-D maxDepth] dalam.cns >
out.cns.fastq

Ekstrak jujukan konsensus dalam format FASTQ. Dalam baris jujukan, asas
dalam huruf kecil pada dasarnya berulang atau tidak mempunyai liputan yang mencukupi; pangkalan
dalam huruf besar menunjukkan kawasan di mana SNP boleh dipanggil dengan pasti. Di dalam
garis kualiti, ASCII bagi aksara tolak 33 memberikan kualiti PHRED.

PILIHAN:

-Q INT Kualiti pemetaan minimum [40]

-d INT Kedalaman bacaan minimum [3]

-n INT Kualiti jiran minimum [20]

-D INT Bacaan maksimum dpeth. >=255 untuk tanpa had. [255]

cns2snp maks cns2snp dalam.cns > keluar.snp

Ekstrak tapak SNP. Setiap baris terdiri daripada kromosom, kedudukan, pangkalan rujukan,
asas konsensus, kualiti konsensus seperti Phred, kedalaman bacaan, bilangan purata
hits bacaan meliputi kedudukan ini, kualiti pemetaan tertinggi bacaan
meliputi kedudukan, kualiti konsensus minimum dalam 3bp flanking
wilayah di setiap sisi tapak (jumlah 6bp), panggilan kedua terbaik, log
nisbah kemungkinan panggilan kedua terbaik dan ketiga terbaik, dan ketiga terbaik
panggil.

Lajur ke-5 ialah kriteria utama apabila anda menilai kebolehpercayaan SNP.
Walau bagaimanapun, kerana kualiti ini hanya dikira dengan mengandaikan kebebasan tapak, anda
hendaklah juga mempertimbangkan lajur lain untuk mendapatkan panggilan SNP yang lebih tepat. Skrip
perintah `maq.pl Penapis SNP' direka untuk ini (lihat di bawah).

Lajur ke-7 membayangkan sama ada tapak itu berada di kawasan berulang. Jika tidak
membaca meliputi tapak boleh dipetakan dengan kualiti pemetaan tinggi, diapit
rantau ini mungkin berulang atau kekurangan bacaan yang baik. SNP di tapak sedemikian
biasanya tidak boleh dipercayai.

Lajur ke-8 secara kasar memberikan nombor salinan kawasan mengapit dalam
genom rujukan. Dalam kebanyakan kes, nombor ini menghampiri 1.00, yang bermaksud
rantau adalah tentang unik. Kadangkala anda mungkin melihat kedalaman bacaan bukan sifar tetapi 0.00 pada
lajur ke-7. Ini menunjukkan bahawa semua bacaan yang meliputi kedudukan mempunyai di
sekurang-kurangnya dua ketidakpadanan. Maq hanya mengira bilangan hit 0 dan 1 tidak sepadan
rujukannya. Ini disebabkan oleh isu teknikal yang kompleks.

Lajur ke-9 memberikan kualiti jiran. Penapisan pada lajur ini juga
diperlukan untuk mendapatkan SNP yang boleh dipercayai. Idea ini diilhamkan oleh NQS, walaupun NQS adalah
pada mulanya direka untuk satu bacaan dan bukannya konsensus.

cns2view maks cns2view dalam.cns > keluar.pandangan

Tunjukkan maklumat terperinci di semua tapak. Format output adalah sama dengan
cns2snp melaporkan.

cns2ref maks cns2ref dalam.cns > out.ref.fasta

Ekstrak urutan rujukan.

cns2win maks cns2win [-w winsize] [-c b.c] [-b memulakan] [-e akhir] [-q minQ] dalam.cns >
keluar.menang

Ekstrak maklumat secara purata dalam tetingkap penanaman. Outputnya dihadkan TAB,
yang terdiri daripada nama rujukan, koordinat dibahagikan dengan 1,000,000, kadar SNP,
kadar het, kedalaman bacaan mentah, kedalaman bacaan di lebih kurang kawasan unik, yang
purata bilangan hits bacaan dalam tetingkap dan peratus GC.

PILIHAN:

-w INT Saiz tingkap [1000]

-c STR Urutan rujukan yang dituju; jika tidak semua rujukan akan digunakan
[null]

-b INT Kedudukan mula, 0 tanpa kekangan [0]

-e INT Kedudukan tamat, 0 tanpa kekangan [0]

-q INT Kualiti konsensus minimum tapak yang akan digunakan [0]

Simulasi Berkaitan

fakemut maks fakemut [-r bermutasi] [-R indelfrac] in.ref.fasta > out.fakeref.fasta 2>
keluar.palsu.snp

Secara rawak memperkenalkan penggantian dan indel kepada rujukan. Penggantian dan
indel pasangan asas sinlge boleh ditambah.

PILIHAN:

-r FLOAT Kadar mutasi [0.001]

-R FLOAT Pecahan mutasi menjadi indel [0.1]

simutrain maks simutrain keluar.simupars.dat dalam.baca.cepatq

Anggarkan/latih parameter untuk simulasi baca.

mensimulasikan maks mensimulasikan [-d besarkan] [-s stdev] [-N nBaca] [-1 bacaLen1] [-2 bacaLen2] [-r
mutRate] [-R indelFrac] [-h] keluar.baca1.cepatq keluar.baca2.cepatq in.ref.fasta
in.simupars.dat

Simulasikan bacaan akhir berpasangan. Fail in.simupars.dat menentukan panjang bacaan dan
pengedaran yang berkualiti. Ia dihasilkan daripada simutrain, atau boleh dimuat turun dari
laman web Maq. Dalam fail baca output, nama baca terdiri daripada rujukan
nama jujukan dan koordinat luar pasangan bacaan simulasi. Oleh
lalai, mensimulasikan mengandaikan bacaan datang daripada jujukan diploid yang dijana
dengan menambah dua set mutasi yang berbeza, termasuk satu indel pasangan asas, kepada
in.ref.fasta.

PILIHAN:

-d INT min jarak luar saiz sisipan [170]

-s INT sisihan piawai saiz sisipan [20]

-N INT bilangan pasangan bacaan yang akan dijana [1000000]

-1 INT panjang bacaan pertama [ditetapkan oleh in.simupars.dat]

-2 INT panjang bacaan kedua [ditetapkan oleh in.simupars.dat]

-r FLOAT kadar mutasi [0.001]

-R FLOAT pecahan 1bp indel [0.1]

-h tambah semua mutasi ke in.ref.fasta dan menjana bacaan daripada single
jujukan bermutasi (mod haploid)

PERHATIAN:

* Bacaan yang dijana daripada arahan ini adalah bebas, yang menyimpang daripada
kebenaran. Manakala penilaian penjajaran kurang terjejas oleh ini, penilaian pada
Panggilan SNP harus dilakukan dengan berhati-hati. Kebergantungan ralat mungkin salah satu daripadanya
punca utama panggilan SNP yang salah.

simustat maks simustat in.simu-aln.map > keluar.simustat

Nilaikan kualiti pemetaan daripada bacaan simulasi.

PADAT Berkaitan

fasta2csfa maks fasta2csfa in.nucl-ref.fasta > out.colour-ref.fasta

Tukar nukleotida FASTA kepada FASTA berkod warna. Bendera -c hendaklah kemudian digunakan
kepada peta perintah. Dalam output, huruf `A' bermaksud warna 0, `C' untuk 1, `G'
untuk 2 dan `T' untuk 3. Setiap jujukan dalam output adalah 1bp lebih pendek daripada input.

csmap2nt maks csmap2nt out.nt.map in.ref.nt.bfa in.cs.map

Tukar penjajaran warna kepada penjajaran nukleotida. Input in.ref.nt.bfa adalah
fail rujukan FASTA binari nukleotida. Ia mesti sepadan dengan fail asal
daripada mana rujukan warna ditukar. Konsensus nukleotida boleh dipanggil
daripada penjajaran yang terhasil.

Pelbagai/Maju arahan

subpeta maks subpeta [-q minMapQ] [-Q maxSumErr] [-m maxMM] [-p] keluar.peta dalam.peta

Tapis penjajaran buruk masuk dalam.peta. Pilihan baris arahan diterangkan dalam
`memasang' perintah.

eland2maq maks eland2maq [-q defqual] keluar.peta dalam.senarai di.eland

Tukar penjajaran eland kepada format .map maq. Fail dalam.senarai terdiri daripada
nama jujukan yang muncul pada lajur ketujuh fail penjajaran eland
di.eland dan nama yang anda harapkan untuk dilihat dalam penjajaran maq. Berikut ialah sebuah
contoh:

cX.fa chrX
c1.fa chr1
c2.fa chr2

Jika anda menjajarkan bacaan dalam beberapa kelompok menggunakan eland, adalah penting untuk
gunakan sama dalam.senarai untuk penukaran. Di samping itu, maq akan memuatkan semua
penjajaran dan menyusunnya dalam ingatan. Jika anda telah menggabungkan beberapa eland
output ke dalam satu fail besar, anda harus memisahkannya menjadi fail yang lebih kecil untuk
mengelakkan maq daripada memakan semua memori mesin anda.

Perintah ini sebenarnya bertujuan untuk menunjukkan penjajaran Eland dalam Maqview. Kerana tiada kualiti
maklumat tersedia, fail penjajaran maq yang terhasil tidak boleh digunakan
untuk memanggil genotip konsensus.

eksport2maq maks eksport2maq [-1 read1len] [-2 read2len] [-a maxdist] [-n] keluar.peta dalam.senarai
dalam.eksport

Tukar format Eksport Illumina kepada Maq .peta format. Format eksport adalah baharu
format penjajaran sejak SolexaPipeline-0.3.0 yang turut mengira pemetaan
kualiti seperti maq. Fail terhasil boleh digunakan untuk memanggil genotip konsensus
kerana kebanyakan maklumat yang diperlukan tersedia untuk maq melakukan ini dengan tepat.

PILIHAN:

-1 INT Panjang bacaan pertama [0]

-2 INT Panjang bacaan kedua [0]

-a INT Jarak luar maksimum untuk pasangan bacaan yang betul [250]

-n Kekalkan bacaan yang ditapis

MAQ-PERL PERINTAH

demo maq.pl demo [-h] [-s] [-N nPairs] [-d outDir] dalam.fasta dalam.simudat

Tunjukkan penggunaan maks dan skrip pengiringnya. Perintah ini akan
simulasikan bacaan daripada fail FASTA dalam.fasta. Panjang jujukan dan kualiti
ditentukan oleh dalam.simudat yang dihasilkan daripada maks simutrain atau boleh
dimuat turun dari laman web Maq. Bacaan simulasi kemudiannya akan dipetakan dengan
maq.pl easyrun. Ketepatan penjajaran dinilai oleh maks simustat, yang
ketepatan konsensus oleh maks simucns, dan ketepatan SNP oleh maq_eval.pl.

Secara lalai, bacaan akhir berpasangan akan disimulasikan dan urutan diploid akan menjadi
dihasilkan daripada input dengan menambah mutasi kepada sama ada jenis haploid. Sisipan
saiz dan kadar mutasi dikawal oleh maks mensimulasikan.

PILIHAN:

-h simulasikan jujukan haploid dan bukannya jujukan diploid

-s gunakan mod hujung tunggal untuk menyelaraskan bacaan dan bukannya mod hujung berpasangan

-N INT bilangan pasangan bacaan untuk disimulasikan [1000000]

-d DIR direktori output [maqdemo]

PERHATIAN:

* Fail keluaran daripada maq_eval.pl belum didokumenkan, tetapi anda boleh membuat
tekaan yang baik pada beberapa fail ini.

* Perintah ini hanya menunjukkan penggunaan suite maq. Ketepatan pada sebenar
data hampir selalu lebih rendah daripada apa yang anda lihat daripada simulasi tulen.

easyrun maq.pl easyrun [-1 baca1Len] [-d keluar.dir] [-n nBaca] [-A 3 penyesuai] [-e minDep]
[-q minCnsQ] [-p] [-2 baca2Len] [-a maxIns] [-S] [-N] in.ref.fasta dalam1.fastq
[dalam2.fastq]

Menganalisis saluran paip untuk genom kecil. Perintah Easyrun akan menjalankan kebanyakan analisis
dilaksanakan di maks. Secara lalai, easyrun menganggap semua urutan bacaan input
fail adalah hujung tunggal dan bebas; bila -p ditentukan, dua urutan bacaan
fail diperlukan, satu untuk setiap hujung.

Beberapa fail akan dijana dalam keluar.dir, antaranya fail berikut ialah
keluaran utama:

cns.final.snp panggilan SNP akhir dengan yang berkualiti rendah ditapis keluar

cns.fq jujukan dan kualiti konsensus dalam format FASTQ

PILIHAN:

-d DIR direktori output [easyrun]

-n INT bilangan bacaan/pasangan dalam satu kelompok penjajaran [2000000]

-S gunakan analisis split-read bagi indel pendek (mungkin sangat perlahan)

-N INT bilangan haplotaip/terikan dalam kolam (>=2) [2]

-A FAIL fail untuk penyesuai 3'. Fail harus mengandungi satu baris urutan
[null]

-1 INT panjang bacaan pertama, 0 untuk auto [0]

-e INT kedalaman bacaan minimum yang diperlukan untuk memanggil SNP (untuk SNPfilter) [3]

-q INT kualiti konsensus minimum untuk SNP dalam cns.final.snp [30]

-p beralih kepada mod penjajaran hujung berpasangan

-2 INT panjang bacaan kedua apabila -p digunakan [0]

-a INT saiz sisipan maksimum apabila -p digunakan [250]

NOTA:

* Untuk panggilan SNP pada sampel terkumpul, pengguna harus menetapkan ` yang betul-N' serta
`-E 0 '.

* Fail input boleh menjadi format binari maq. maq.pl secara automatik akan mengesan
format fail.

Penapis SNP maq.pl Penapis SNP [-d minDep] [-D maxDep] [-Q maxMapQ] [-q minCnsQ] [-w
indelWinSize] [-n minNeiQ] [-F dalam.indelpe] [-f dalam.indelsoa] [-s minScore] [-m
maxAcross] [-a] [-N maxWinSNP] [-W densWinSize] in.cns2snp.snp >
keluar.ditapis.snp

Tolak SNP yang diliputi oleh beberapa bacaan (dinyatakan oleh -d), oleh terlalu ramai
dibaca (dinyatakan oleh -D), dekat (dinyatakan oleh -w) kepada indel berpotensi, jatuh
dalam kawasan berulang yang mungkin (dicirikan oleh -Q), atau mempunyai kualiti rendah
pangkalan jiran (dinyatakan oleh -n). Jika maxWinSNP atau lebih banyak SNP muncul dalam mana-mana
densWinSize tetingkap, mereka juga akan ditapis bersama-sama.

PILIHAN:

-d INT Kedalaman bacaan minimum diperlukan untuk memanggil SNP [3]

-D INT Kedalaman bacaan maksimum diperlukan untuk memanggil SNP (<255, jika tidak diabaikan)
[256]

-Q INT Kualiti pemetaan maksimum yang diperlukan untuk bacaan meliputi SNP [40]

-q INT Kualiti konsensus minimum [20]

-n INT Kualiti konsensus bersebelahan minimum [20]

-w INT Saiz tingkap di sekeliling indel yang berpotensi. SNP yang dekat
kepada indels akan ditindas [3]

-F FAIL . indelpe keluaran [null]

-f FAIL . indelsoa keluaran [null]

-s INT Skor minimum untuk soa-indel untuk dipertimbangkan [3]

-m INT Bilangan maksimum bacaan yang boleh dipetakan merentasi soa-indel [1]

-a Penapis alternatif untuk penjajaran hujung tunggal

indelpe maq.pl indelpe dalam.indelpe > keluar.indelpe

Betulkan bilangan bacaan yang dipetakan tanpa indel untuk saluran homopolimer. ini
perintah ubah suai lajur ke-4, ke-10 dan tiga lajur terakhir dalam.indelpe and
keluarkan hasilnya dalam keluar.indelpe. Selepas pembetulan, berikut awk
perintah memberikan indel homozigot yang diduga:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4>=0.75'

dan yang berikut memberikan heterozigot:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4<0.75'

Sila ambil perhatian bahawa ini indelpe perintah hanya melaksanakan beberapa peraturan heuristik.
Ia tidak betul untuk larian homopolimer yang tidak tulen atau di-nukleotida/triplet
berulang. Akibatnya, dua arahan awk hanya memberikan anggaran hom/het
indels.

CONTOH

· Skrip Easyrun:
maq.pl easyrun -d easyrun ref.fasta part1.fastq part2.fastq

· Arahan utama di sebalik easyrun:
maq fasta2bfa ref.fasta ref.bfa;
maq fastq2bfq part1.fastq part1.bfq;
maq fastq2bfq part2.fastq part2.bfq;
maq map part1.map ref.bfa part1.bfq;
maq map part2.map ref.bfa part2.bfq;
maq mapmerge aln.map part1.map part2.map;
maq memasang cns.cns ref.bfa aln.map;

Gunakan maq dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net