mdrun_mpi_d.openmpi - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-mdrun - Lakukan simulasi, lakukan analisis mod biasa atau pengecilan tenaga

SINOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-meja [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [-meja [<.xvg>]] [-mejab [<.xvg>]]
[-siarkan semula [<.xtc/.trr/...>]] [-i [<.edi>]]
[-multidir [ [...]]] [-benam [<.dat>]] [-mp [<.atas>]]
[-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-padang [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-berbakti [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-jika [<.xvg>]] [-tukar [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-ddorder ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Pin ] [-pinoffset ]
[-pinstride ] [-gpu_id ] [-[no]ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no]tunepme]
[-[tidak]v] [-[no]padat] [-pforce ] [-[no]menyalin semula]
[-cpt ] [-[no]cpnum] [-[no]tambah] [-langkah ]
[-maks ] [-berbilang ] [-repleks ] [-nex ]
[-biji semula ]

DESCRIPTION

ini versi of yang program akan hanyalah menjalankan manakala menggunakan yang OpenMPI selari pengkomputeran
perpustakaan. Lihat mpirun(1). Penggunaan yang biasa gmx(1) program Untuk konvensional utas tunggal
operasi.

gmx mdrun ialah enjin kimia pengiraan utama dalam GROMACS. Jelas sekali, ia
melakukan simulasi Dinamik Molekul, tetapi ia juga boleh melakukan Dinamik Stokastik,
Pengurangan Tenaga, sisipan zarah ujian atau (semula) pengiraan tenaga. Mod biasa
analisis adalah pilihan lain. Dalam kes ini mdrun membina matriks Hessian daripada tunggal
konformasi. Untuk pengiraan seperti Mod Biasa biasa, pastikan bahawa struktur
yang disediakan diminimumkan tenaga dengan betul. Matriks yang dihasilkan boleh diagonalkan dengan gmx
nmeig.

. mdrun program membaca fail input run (-s) dan mengagihkan topologi ke atas pangkat jika
diperlukan. mdrun menghasilkan sekurang-kurangnya empat fail output. Satu fail log (-g) ditulis.
Fail trajektori (-o), mengandungi koordinat, halaju dan daya pilihan. The
fail struktur (-c) mengandungi koordinat dan halaju langkah terakhir. Tenaga
fail (-e) mengandungi tenaga, suhu, tekanan, dll, banyak perkara ini
juga dicetak dalam fail log. Secara pilihan, koordinat boleh ditulis kepada termampat
fail trajektori (-x).

pilihan -dhdl hanya digunakan apabila pengiraan tenaga bebas dihidupkan.

Menjalankan mdrun secara selari dengan cekap adalah topik topik yang kompleks, banyak aspeknya
diliputi dalam Panduan Pengguna dalam talian. Anda harus mencari di sana untuk mendapatkan nasihat praktikal tentang menggunakan banyak
daripada pilihan yang terdapat dalam mdrun.

Pensampelan ED (dinamik penting) dan/atau potensi banjir tambahan dihidupkan oleh
menggunakan -i bendera diikuti oleh .edi fail. The .edi fail boleh dihasilkan dengan
make_edi alat atau dengan menggunakan pilihan dalam menu essdyn program WHAT IF. mdrun
menghasilkan a .xvg fail output yang mengandungi unjuran kedudukan, halaju dan daya
ke vektor eigen terpilih.

Apabila fungsi potensi yang ditentukan pengguna telah dipilih dalam .mdp failkan -meja
pilihan digunakan untuk lulus mdrun jadual berformat dengan potensi fungsi. Fail dibaca
sama ada daripada direktori semasa atau daripada GMXLIB direktori. Sebilangan pra-format
jadual dibentangkan dalam GMXLIB dir, untuk 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
potensi dengan Coulomb biasa. Apabila interaksi pasangan hadir, jadual berasingan untuk
fungsi interaksi pasangan dibaca menggunakan -meja pilihan.

Apabila fungsi terikat jadual hadir dalam topologi, fungsi interaksi adalah
membaca menggunakan -mejab pilihan. Untuk setiap interaksi jadual yang berbeza taipkan jadual
nama fail diubah suai dengan cara yang berbeza: sebelum sambungan fail, garis bawah adalah
dilampirkan, kemudian 'b' untuk ikatan, 'a' untuk sudut atau 'd' untuk dihedrals dan akhirnya
nombor jadual jenis interaksi.

Pilihannya -px and -pf digunakan untuk menulis koordinat COM tarik dan daya apabila menarik
dipilih di .mdp fail.

Akhirnya beberapa algoritma eksperimen boleh diuji apabila pilihan yang sesuai telah
diberi. Sedang dalam penyiasatan ialah: kebolehpolaran.

pilihan -benam melakukan apa yang digunakan untuk g_membed, iaitu membenamkan protein ke dalam membran.
Modul ini memerlukan beberapa tetapan yang disediakan dalam fail data iaitu
hujah pilihan ini. Untuk butiran lanjut dalam pembenaman membran, lihat dokumentasi dalam
panduan pengguna. Pilihan -mn and -mp digunakan untuk menyediakan fail indeks dan topologi
digunakan untuk benam.

pilihan -pforce berguna apabila anda mengesyaki simulasi ranap kerana terlalu besar
angkatan. Dengan pilihan ini koordinat dan daya atom dengan daya yang lebih besar daripada a
nilai tertentu akan dicetak ke stderr.

Pusat pemeriksaan yang mengandungi keadaan lengkap sistem ditulis pada selang masa yang tetap
(pilihan -cpt) ke fail -cpo, melainkan pilihan -cpt ditetapkan kepada -1. Pusat pemeriksaan sebelum ini
disandarkan kepada state_prev.cpt untuk memastikan bahawa keadaan sistem terkini sentiasa
tersedia, walaupun apabila simulasi ditamatkan semasa menulis pusat pemeriksaan. Dengan -cpnum
semua fail pusat pemeriksaan disimpan dan dilampirkan dengan nombor langkah. Simulasi boleh
diteruskan dengan membaca keadaan penuh dari fail dengan pilihan -cpi. Pilihan ini bijak
dengan cara jika tiada fail pusat pemeriksaan ditemui, GROMACS hanya menganggap larian biasa dan
bermula dari langkah pertama .tpr fail. Secara lalai output akan ditambahkan ke
fail keluaran sedia ada. Fail pusat pemeriksaan mengandungi jumlah semak semua fail output,
supaya anda tidak akan kehilangan data apabila beberapa fail output diubah suai, rosak atau
dikeluarkan. Terdapat tiga senario dengan -cpi:

* tiada fail dengan nama yang sepadan hadir: fail output baharu ditulis

* semua fail hadir dengan nama dan jumlah semak yang sepadan dengan yang disimpan di pusat pemeriksaan
fail: fail dilampirkan

* jika tidak, tiada fail diubah suai dan ralat maut terhasil

Dengan -noappend fail keluaran baharu dibuka dan nombor bahagian simulasi ditambah kepada semua
nama fail keluaran. Ambil perhatian bahawa dalam semua kes, fail pusat pemeriksaan itu sendiri tidak dinamakan semula dan
akan ditimpa, melainkan namanya tidak sepadan dengan -cpo pilihan.

Dengan checkpointing output dilampirkan pada fail output yang ditulis sebelum ini, melainkan
-noappend digunakan atau tiada fail keluaran sebelumnya hadir (kecuali fail
fail pusat pemeriksaan). Integriti fail yang akan dilampirkan disahkan menggunakan jumlah semak
yang disimpan dalam fail pusat pemeriksaan. Ini memastikan bahawa output tidak boleh dicampur atau
rosak kerana lampiran fail. Apabila hanya beberapa fail keluaran sebelumnya yang ada,
ralat maut dijana dan tiada fail keluaran lama diubah suai dan tiada fail keluaran baharu
dibuka. Hasil dengan penambahan akan sama seperti dari satu larian. The
kandungan akan menjadi serupa binari, melainkan anda menggunakan bilangan pangkat atau dinamik yang berbeza
pengimbangan beban atau perpustakaan FFT menggunakan pengoptimuman melalui pemasaan.

Dengan pilihan -maks simulasi ditamatkan dan fail pusat pemeriksaan ditulis pada mulanya
langkah carian jiran di mana masa larian melebihi -maks*0.99 jam. Pilihan ini adalah
amat berguna dalam kombinasi dengan tetapan nlangkah kepada -1 sama ada dalam mdp atau menggunakan
pilihan baris arahan yang dinamakan sama. Ini menghasilkan larian yang tidak terhingga, ditamatkan sahaja
apabila had masa yang ditetapkan oleh -maks dicapai (jika ada) atau setelah menerima isyarat.

Bila mdrun menerima isyarat TERM, ia akan menetapkan nlangkah kepada langkah semasa tambah satu. Bila
mdrun menerima isyarat INT (cth apabila ctrl+C ditekan), ia akan berhenti selepas seterusnya
langkah carian jiran (dengan nstlist=0 pada langkah seterusnya). Dalam kedua-dua kes semua biasa
output akan ditulis ke fail. Apabila berjalan dengan MPI, isyarat kepada salah satu mdrun pangkat
adalah mencukupi, isyarat ini tidak boleh dihantar kepada mpirun atau mdrun proses iaitu
ibu bapa kepada yang lain.

Dinamik molekul interaktif (IMD) boleh diaktifkan dengan menggunakan sekurang-kurangnya satu daripada tiga
Suis IMD: The -imdterm suis membenarkan seseorang untuk menamatkan simulasi dari
pemapar molekul (cth VMD). Dengan -imdwait, mdrun berhenti seketika apabila tiada pelanggan IMD
bersambung. Menarik dari alat kawalan jauh IMD boleh dihidupkan oleh -imdpull. Pelabuhan mdrun
mendengar boleh diubah oleh -imdport.Fail yang ditunjuk oleh -jika mengandungi indeks atom dan
daya jika tarikan IMD digunakan.

Bila mdrun dimulakan dengan MPI, ia tidak berjalan dengan baik secara lalai.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (Pilihan)
Fail pusat pemeriksaan

-meja [<.xvg>] (table.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-meja [<.xvg>] (tablep.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-mejab [<.xvg>] (table.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-siarkan semula [<.xtc/.trr/...>] (jalankan semula.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng

-i [<.edi>] (sam.edi) (Pilihan)
Input persampelan ED

-multidir [ [...]] (rundir) (Pilihan)
Jalankan direktori

-benam [<.dat>] (membed.dat) (Pilihan)
Fail data generik

-mp [<.atas>] (membed.atas) (Pilihan)
Fail topologi

-mn [<.ndx>] (membed.ndx) (Pilihan)
Fail indeks

Pilihan untuk menentukan fail output:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajektori ketepatan penuh: trr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Pilihan)
Trajektori termampat (format tng atau format xdr mudah alih)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (Pilihan)
Fail pusat pemeriksaan

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Fail tenaga

-g [<.log>] (md.log)
Fail log

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-padang [<.xvg>] (field.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-berbakti [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (putaran.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-ra [<.log>] (rotangles.log) (Pilihan)
Fail log

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Pilihan)
Fail log

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Pilihan)
Fail log

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Pilihan)
Matriks Hessian

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (Pilihan)
Fail indeks

-jika [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

-tukar [<.xvg>] (swapions.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr

Pilihan lain:

-deffnm
Tetapkan nama fail lalai untuk semua pilihan fail

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada

-dd (0 0 0)
Grid penguraian domain, 0 adalah dioptimumkan

-ddorder (selang seling)
Susunan pangkat DD: interleave, pp_pme, cartesian

-npme (-1)
Bilangan pangkat berasingan yang akan digunakan untuk PME, -1 adalah tekaan

-nt (0)
Jumlah bilangan utas untuk dimulakan (0 ialah tekaan)

-ntmpi (0)
Bilangan utas-MPI untuk dimulakan (0 ialah tekaan)

-ntomp (0)
Bilangan utas OpenMP bagi setiap kedudukan MPI untuk dimulakan (0 adalah tekaan)

-ntomp_pme (0)
Bilangan utas OpenMP bagi setiap kedudukan MPI untuk dimulakan (0 ialah -ntomp)

-Pin (automatik)
Sama ada mdrun harus cuba menetapkan perkaitan benang: auto, hidup, mati

-pinoffset (0)
Nombor teras logik terendah yang mdrun harus menyematkan benang pertama

-pinstride (0)
Jarak menyemat dalam teras logik untuk benang, gunakan 0 untuk meminimumkan bilangan
benang setiap teras fizikal

-gpu_id
Senarai id peranti GPU untuk digunakan, menentukan kedudukan PP per nod kepada pemetaan GPU

-[no]ddcheck (ya)
Semak semua interaksi terikat dengan DD

-rdd (0)
Jarak maksimum untuk interaksi terikat dengan DD (nm), 0 ditentukan daripada
koordinat awal

-rcon (0)
Jarak maksimum untuk P-LINCS (nm), 0 adalah anggaran

-dlb (automatik)
Pengimbangan beban dinamik (dengan DD): auto, tidak, ya

-dds (0.8)
Pecahan dalam (0,1) dengan timbal baliknya saiz sel DD awal akan ditambah
untuk menyediakan margin di mana pengimbangan beban dinamik boleh bertindak sambil mengekalkan
saiz sel minimum.

-gcom (-1)
Kekerapan komunikasi global

-nb (automatik)
Kira interaksi tidak terikat pada: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Tetapkan nstlist apabila menggunakan toleransi penimbal Verlet (0 adalah tekaan)

-[no]tunepme (ya)
Optimumkan beban PME antara pangkat PP/PME atau GPU/CPU

-[tidak]v (tidak)
Jadi kuat dan bising

-[no]padat (ya)
Tulis fail log padat

-pforce (-1)
Cetak semua daya yang lebih besar daripada ini (kJ/mol nm)

-[no]menyalin semula (tidak)
Cuba elakkan pengoptimuman yang menjejaskan kebolehulangan binari

-cpt (15)
Selang waktu pemeriksaan (minit)

-[no]cpnum (tidak)
Simpan dan nomborkan fail pusat pemeriksaan

-[no]tambah (ya)
Tambahkan pada fail output sebelumnya apabila meneruskan dari pusat pemeriksaan dan bukannya menambah
nombor bahagian simulasi kepada semua nama fail

-langkah (-2)
Jalankan bilangan langkah ini, mengatasi pilihan fail .mdp (-1 bermaksud tak terhingga, -2 bermakna
gunakan pilihan mdp, lebih kecil adalah tidak sah)

-maks (-1)
Tamatkan selepas 0.99 kali ini (jam)

-berbilang (0)
Lakukan berbilang simulasi secara selari

-repleks (0)
Cuba pertukaran replika secara berkala dengan tempoh ini (langkah-langkah)

-nex (0)
Bilangan pertukaran rawak untuk menjalankan setiap selang pertukaran (N^3 ialah satu
cadangan). -nex zero atau tidak dinyatakan memberikan pertukaran replika jiran.

-biji semula (-1)
Benih untuk pertukaran replika, -1 menjana benih

Gunakan mdrun_mpi_d.openmpi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net