mhap - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mhap - urutan kebarangkalian bertindih

DESCRIPTION

Sila tetapkan -s atau -p pilihan. Lihat pilihan di bawah: MHAP: Protokol Penjajaran MinHash.
Alat untuk mencari pertindihan urutan yang dibaca lama (seperti PacBio atau Nanopore) dalam
bioinformatik.

Versi: 1.6, Masa binaan: 09/12/2015 11:46 PM Penggunaan 1 (pelaksanaan terus): java
-pelayan -Xmx -balang -s[-q
fail>] [-f ] Penggunaan 2 (jana prakiraan
binari): java -pelayan -Xmx -balang -p
-q [-f ]

--penjajaran, lalai = palsu
Pilihan eksperimen.

--penjajaran-offset, lalai = -0. 535
Offset untuk mengambil kira varians dalam skor padanan penjajaran.

--penjajaran-skor, lalai = 1.0E-6
Markah cutoff untuk penjajaran padanan.

--tapis-ambang, lalai = 1.0E-5
[double], potongan di mana k-mer dalam fail penapis k-mer dipertimbangkan
berulang-ulang. Nilai ini untuk k-mer tertentu dinyatakan dalam lajur kedua dalam
fail penapis. Jika tiada fail penapis disediakan, pilihan ini diabaikan.

- membantu, lalai = palsu
Memaparkan menu bantuan.

--anjakan maks, lalai = 0.2
[berganda], saiz rantau di sebelah kiri dan kanan anggaran pertindihan, seperti yang diperolehi
daripada anjakan median dan panjang jujukan, di mana padanan k-mer masih
dianggap sah. Penapis peringkat kedua sahaja.

--min-stor-panjang, lalai = 0
[int], Panjang minimum bacaan yang disimpan dalam kotak. Digunakan untuk menapis
bacaan pendek daripada fail FASTA.

--nanopore-cepat, lalai = palsu
Tetapkan semua parameter untuk tetapan pantas Nanopore. Ini adalah yang terbaik semasa
bimbingan, dan boleh berubah pada bila-bila masa tanpa amaran.

--tidak-diri, lalai = palsu
Jangan hitung pertindihan antara jujukan di dalam kotak. Harus digunakan apabila
ke dan dari urutan datang dari fail yang berbeza.

--num-hashes, lalai = 512
[int], bilangan min-mer untuk digunakan dalam MinHashing.

--num-min-perlawanan, lalai = 3
[int], minimum # min-mer yang mesti dikongsi sebelum mengira penapis peringkat kedua.
Sebarang jujukan di bawah nilai itu dianggap tidak bertindih.

--num-benang, lalai = 12
[int], bilangan utas untuk digunakan untuk pengiraan. Biasanya ditetapkan kepada 2 x #teras.

--pacbio-cepat, lalai = palsu
Tetapkan semua parameter untuk tetapan pantas PacBio. Ini adalah yang terbaik semasa
bimbingan, dan boleh berubah pada bila-bila masa tanpa amaran.

--pacbio-sensitif, lalai = palsu
Tetapkan semua parameter untuk tetapan sensitif PacBio. Ini adalah yang terbaik semasa
bimbingan, dan boleh berubah pada bila-bila masa tanpa amaran.

--store-full-id, lalai = palsu
Simpan ID penuh seperti yang dilihat dalam fail FASTA, dan bukannya menyimpan jujukan sahaja
kedudukan dalam fail. Sesetengah fail FASTA mempunyai IDS yang panjang, memperlahankan output hasil.
Pilihan ini diabaikan apabila menggunakan format fail termampat.

--ambang, lalai = 0.04
[double], pemotongan skor kesamaan ambang untuk cantum isihan peringkat kedua
penapis. Ini berdasarkan purata bilangan k-mers padanan dalam pertindihan
wilayah.

--versi, lalai = palsu
Memaparkan versi dan masa binaan.

--berwajaran, lalai = palsu
Lakukan MinHashing berwajaran.

-f, lalai = ""
fail penapis k-mer digunakan untuk menapis k-mers yang sangat berulang. Mesti disusun
dalam urutan menurun frekuensi (lajur kedua).

-h, lalai = palsu
Memaparkan menu bantuan.

-k, lalai = 16
[int], saiz k-mer digunakan untuk MinHashing. Saiz k-mer untuk penapis peringkat kedua ialah
berasingan, dan tidak boleh diubah suai.

-p, lalai = ""
Penggunaan 2 sahaja. Direktori yang mengandungi fail FASTA yang harus ditukar kepada
format binari untuk penyimpanan.

-q, lalai = ""
Penggunaan 1: Fail bacaan FASTA, atau direktori fail, yang akan dibandingkan
set bacaan dalam kotak (lihat -s). Penggunaan 2: Direktori output untuk binari
fail dat yang diformatkan.

-s, lalai = ""
Penggunaan 1 sahaja. FASTA atau fail dat binari (lihat Penggunaan 2) bacaan yang akan
disimpan dalam kotak, dan semua bacaan berikutnya akan dibandingkan dengan.

Gunakan mhap dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net