Ini ialah arahan micro_razers yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
micro_razers
SINOPSIS
micro_razers [PILIHAN]
DESCRIPTION
MicroRazerS menggunakan strategi pemetaan berasaskan awalan untuk memetakan bacaan RNA kecil mungkin
mengandungi jujukan penyesuai 3'.
(c) Hak Cipta 2009 oleh Anne-Katrin Emde.
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
Pilihan Utama::
-o, --pengeluaran FAIL
Tukar nama fail output. Lalai: .hasil.
-rr, --kadar-pengiktirafan NUM
tetapkan peratus kadar pengecaman Dalam julat [80..100]. Lalai: 100.
-sl, --panjang biji NUM
panjang biji Dalam julat [10..inf]. Lalai: 16.
-sE, --seed-error
membenarkan satu kesilapan dalam benih
-f, --ke hadapan
peta hanya dibaca ke hadapan helai.
-r, --terbalik
peta dibaca hanya untuk menterbalikkan helai.
-mN, --perlawanan-N
'N' sepadan dengan semua watak lain
-m, --max-hits NUM
keluarkan hanya NUM hits terbaik Dalam julat [1..inf]. Lalai: 100.
-pa, --purge-ambik
purge membaca dengan lebih daripada padanan terbaik max-hit
-lm, --ingatan yang lemah
mengurangkan penggunaan memori dengan mengorbankan masa jalan
-v, --verbose
mod verbose
-vv, --vverbose
mod yang sangat bertele-tele
Pilihan Format Output::
-daripada, --format-output NUM
Tetapkan format output. 0 = format MicroRazerS, 1 = SAM. Dalam julat [0..1].
-a, --penjajaran
buang penjajaran untuk setiap perlawanan
-gn, --penamaan genom NUM
Pilih cara genom dinamakan. 0 = gunakan Fasta id, 1 = enumerate bermula dengan 1. In
julat [0..1]. Lalai: 0.
-rn, --baca-penamaan NUM
Pilih cara bacaan dinamakan. 0 = gunakan Fasta id, 1 = enumerate bermula dengan 1. In
julat [0..1]. Lalai: 0.
-jadi, --aturan susunan NUM
Pilih cara padanan diisih. 0 = nombor baca, 1 = kedudukan genom. Dalam julat
[0..1]. Lalai: 0.
-pf, --format-kedudukan NUM
Pilih penomboran kedudukan mula/tamat (lihat bahagian Koordinat di bawah). 0 = ruang jurang,
1 = ruang kedudukan. Dalam julat [0..1]. Lalai: 0.
VERSION
versi micro_razers: 1.0.1 Kemas kini terakhir Jul 2009
Gunakan micro_razers dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
