Ini ialah perintah mincresample yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
mincresample - sampel semula fail minc sepanjang dimensi spatial baharu
SINOPSIS
sampel mincresample [ ]
DESCRIPTION
sampel mincre akan sampel semula fail minc sepanjang dimensi spatial baharu dengan voxel baharu
jawatan. Setiap volum dalam fail input (diberikan oleh dimensi spatial xspace, yspace
dan zspace) disampel semula mengikut pilihan baris arahan. Dimensi bukan ruang ialah
dipelihara dalam susunan asalnya, tetapi dimensi spatial boleh dipesan semula untuk memberi
imej melintang, sagital atau koronal. Nilai voxel baharu dikira menggunakan tri-
interpolasi linear, tri-kubik atau jiran terdekat.
DUNIA KOORDINAT
Koordinat dunia merujuk kepada koordinat milimetrik berbanding beberapa asal fizikal
(sama ada pengimbas atau beberapa struktur anatomi). Koordinat Voxel hanyalah
indeks ke dalam isipadu imej voxel yang diberikan. Untuk menentukan yang sesuai
pilihan pensampelan semula, adalah perlu untuk memahami cara penukaran menyelaraskan MINC berfungsi.
Setiap dimensi volum imej MINC ditentukan mengikut nama - dimensi spatial adalah
xspace, yspace dan zspace. Konvensyennya ialah koordinat xspace positif dijalankan dari
sebelah kiri pesakit ke sebelah kanan, koordinat yspace positif berjalan dari posterior pesakit
kepada koordinat zspace anterior dan positif dijalankan dari inferior kepada superior. Bagi setiap
dimensi spatial ini, penukaran koordinat dunia ditentukan oleh sepasang
atribut: langkah dan mula. Koordinat dunia xspace, contohnya dikira menggunakan x
= v*langkah + mula, dengan x ialah koordinat dunia x dan v ialah kiraan voxel (bermula pada
sifar). Oleh itu magnitud atribut langkah menentukan jarak antara voxel dan
tanda atribut langkah menentukan orientasi paksi.
Terdapat kelainan selanjutnya: Fail MINC dibenarkan mempunyai paksi bukan ortogon dengan
dimensi tidak sejajar dengan paksi yang dinamakan. Boleh ada arah_kosinus
atribut yang memberikan orientasi sebenar paksi. Sebagai contoh, biasanya xspace
dimensi harus sejajar dengan paksi x dunia, iaitu. kosinus arah = (1,0,0); walau bagaimanapun,
adalah mungkin untuk mempunyai kosinus arah (0.9, 0.43589, 0).
Atribut ini (step, start dan direction_cosines) memberikan penukaran daripada voxel
koordinat kepada koordinat dunia. Digabungkan dengan beberapa elemen atau sampel di sepanjang an
paksi, mereka memberikan penerangan lengkap tentang tempat persampelan output sepatutnya.
Walau bagaimanapun, apabila kami melakukan pensampelan semula data, kami sering berminat dengan perubahan dunia
koordinat: daripada sistem koordinat pengimbas MRI kepada sistem koordinat pengimbas PET,
contohnya, atau daripada volum dalam ruang pemerolehannya kepada menyelaras dalam piawai
angkasa lepas. Perubahan koordinat dunia ini boleh ditentukan melalui penggunaan a
fail transformasi (.xfm). Oleh itu, secara amnya, pensampelan semula melibatkan tiga
transformasi: daripada koordinat voxel fail input kepada koordinat dunianya
(dinyatakan oleh fail input), daripada koordinat dunia input ke dunia output
koordinat (dinyatakan oleh fail transformasi), dan dari dunia fail output
koordinat kepada koordinat voxelnya (ditentukan oleh pilihan baris arahan).
Secara umum, kosinus arah jarang digunakan - orientasi semula paksi ditentukan oleh a
perubahan koordinat dunia (fail transformasi). Juga, pensampelan semula kedudukan
(dunia output kepada penukaran voxel) selalunya ditentukan secara relatif kepada fail model (cth.
sampel semula fail ini supaya ia kelihatan seperti fail itu). Walaupun terdapat banyak pilihan untuk a
spesifikasi lengkap transformasi, seseorang biasanya tidak perlu menentukan lebih
daripada beberapa daripada mereka.
PILIHAN
Ambil perhatian bahawa pilihan boleh ditentukan dalam bentuk singkatan (selagi ia unik) dan
boleh diberikan di mana-mana sahaja pada baris arahan.
Umum pilihan
-2 Cipta fail output format MINC 2.0.
-penyumbat
Tulis ganti fail sedia ada.
-noclobber
Jangan tulis ganti fail sedia ada (lalai).
-berkata-kata
Cetak maklumat kemajuan untuk setiap kepingan yang dikira (lalai).
-senyap Jangan cetak maklumat kemajuan.
Membuat persampelan semula spesifikasi
Pilihan yang memberikan pensampelan output (semua yang berikut kecuali -transformasi) adalah
dihuraikan mengikut susunan yang muncul pada baris arahan. Oleh itu perintah dengan -Suka
fail.mnc -znelemen 34 -zstep 2 akan memberikan persampelan seperti itu dalam fail in fail.mnc tetapi
dengan 34 sampel pada 2 mm sepanjang zspace paksi. Persampelan lalai diambil daripada
fail input, diubah mengikut sebarang transformasi.
-transformasi file.xfm
Tentukan fail yang memberikan transformasi koordinat dunia (lalai ialah identiti
transformasi).
-transformasi_invert
Terbalikkan penjelmaan sebelum menggunakannya.
-noinvert_transformation
Jangan terbalikkan penjelmaan (lalai).
-tfm_input_sampling
Ubah persampelan input (menggunakan transformasi yang ditentukan oleh -transformasi)
bersama-sama dengan data dan gunakan ini sebagai pensampelan lalai (lalai).
-gunakan_input_sampling
Gunakan pensampelan input sebagai pensampelan lalai, seperti sedia ada, tanpa transformasi, genap
walaupun data sedang diubah (kelakuan lama).
-Suka fail.mnc
Tentukan fail model yang memberikan dunia output kepada transformasi voxel dan nombor
elemen (iaitu mengubah fail ini supaya kelihatan seperti itu).
-persampelan_standard
Tetapkan pensampelan kepada nilai piawai (mula = 0, langkah = 1, titik kosinus arah
sepanjang paksi yang sesuai).
-jenis ruang rentetan
Tetapkan nama ruang keluaran (biasanya asli____ or talairach_).
-talairach
Tetapkan nama ruang output kepada talairach_.
-unit rentetan
Tetapkan unit ruang keluaran.
-asal usul ox oy oz
Tentukan koordinat voxel pertama. Ini tidak sama dengan nilai permulaan
jika kosinus arah bukan piawai. Selain itu, permulaan bukan sekadar a
unjuran serenjang asal ke paksi, ia adalah unjuran selari
(seperti dalam unjuran selari berbilang dimensi). Penukaran dikendalikan
betul dengan pilihan ini.
-elemen nx ny nz
Bilangan elemen di sepanjang setiap dimensi dunia.
-xnelemen nx
Bilangan elemen sepanjang dimensi xspace.
-unsur ny
Bilangan elemen sepanjang dimensi yspace.
-znelemen nz
Bilangan elemen sepanjang dimensi zspace.
-langkah xlangkah ystep zstep
Langkah antara voxel sepanjang setiap dimensi dunia.
-xstep xlangkah
Langkah antara voxel sepanjang dimensi xspace.
-ystep ystep
Langkah antara voxel sepanjang dimensi yspace.
-zstep zstep
Langkah antara voxel sepanjang dimensi zspace.
-mula xmula ystart zmulakan
Kedudukan pusat voxel pertama di sepanjang setiap dimensi dunia.
-xstart xmula
Kedudukan pusat voxel pertama di sepanjang dimensi xspace.
-ystart ystart
Kedudukan pusat voxel pertama di sepanjang dimensi yspace.
-zstart zmulakan
Kedudukan pusat voxel pertama di sepanjang dimensi zspace.
-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Kosinus arah untuk setiap paksi dunia.
-xdircos x1 x2 x3
Kosinus arah untuk dimensi xspace.
-ydircos y1 y2 y3
Kosinus arah untuk dimensi yspace.
-zdircos z1 z2 z3
Kosinus arah untuk dimensi zspace.
Dimensi pesanan
Lalai adalah untuk mengekalkan susunan dimensi asal.
-melintang
Tulis hirisan melintang.
-sagittal
Tulis hirisan sagital.
-coronal
Tulis hirisan koronal.
Output data jenis and pelbagai
Lalai untuk jenis, tanda dan julat yang sah adalah menggunakan fail input. Jika jenis adalah
ditentukan, maka kedua-dua tanda dan julat sah ditetapkan kepada lalai untuk jenis itu. Jika tanda adalah
ditentukan, maka julat yang sah ditetapkan kepada lalai untuk jenis dan tanda.
-bait Simpan voxel output dalam format integer 8-bit.
-pendek Simpan voxel output dalam format integer 16-bit.
-int Simpan voxel output dalam format integer 32-bit.
-panjang Digantikan oleh -int.
-terapung Simpan voxel output dalam format titik terapung 32-bit.
-berganda
Simpan voxel output dalam format titik terapung 64-bit.
-ditandatangani
Tulis nilai sebagai integer yang ditandatangani (lalai untuk pendek dan panjang). Diabaikan kerana
jenis titik terapung.
-tidak ditandatangani
Tulis nilai sebagai integer tidak bertanda (lalai untuk bait). Diabaikan kerana terapung
jenis mata.
-rentang minit maks
menentukan julat nilai voxel output yang sah. Lalai ialah julat penuh untuk
taip dan tandatangan. Pilihan ini diabaikan untuk nilai titik terapung.
-keep_real_range
Kekalkan minimum dan maksimum sebenar daripada volum input, supaya nilainya
skala dengan cara yang sama pada output. Ini amat berguna untuk pensampelan semula label
isipadu di mana nilai keamatan interpolasi tidak masuk akal.
-nokeep_real_range
Kira semula minimum dan maksimum sebenar untuk setiap kepingan keluaran. Ini adalah lalai.
pengendalian of undefined (tidak sah) voxel nilai
-isi Voxel output yang berada di luar voxel input mempunyai nilai yang tidak ditentukan. Apabila
-isi pilihan digunakan, voxel ini diberi nilai yang di luar sah
julat (kurang daripada minimum yang sah, jika jenis, tanda dan julat yang sah membenarkan) jadi
bahawa ia boleh dikesan oleh perisian lain. Nilai voxel ini tidak
termasuk dalam imej-maks and imej-min pembolehubah.
-nofill
Gunakan nilai sebenar/fizikal (bukan nilai voxel) sifar untuk mata di luar input
isipadu. Mata ini termasuk dalam pengiraan imej-maks and imej-min
pembolehubah. Ini adalah lalai.
-nilai isian nilai isian
Menentukan nilai sebenar/fizikal (bukan nilai voxel) untuk mata di luar input
isipadu. Mata tidak termasuk dalam pengiraan imej-maks and imej-
minit pembolehubah.
Interpolasi pilihan
-trilinear
Lakukan interpolasi tri-linear antara voxel. Tepi kelantangan berada di
pusat voxel pertama dan terakhir sesuatu dimensi. Ini adalah lalai.
-trikubik
Lakukan interpolasi tri-kubik antara voxel. Tepi kelantangan berada di
pusat voxel pertama dan terakhir sesuatu dimensi.
-jiran_terdekat
Lakukan interpolasi jiran terdekat antara voxel (mis. cari voxel yang paling hampir dengan
titik dan gunakan nilainya). Tepi kelantangan berada di tepi yang pertama
dan voxel terakhir dimensi (pusat +/- pemisahan separuh voxel).
-sinc Lakukan interpolasi windowed-sinc yang dinormalisasi semula antara voxel, seperti yang diterangkan oleh Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).
-lebar n
Menentukan separuh lebar isirong interpolasi sinc, dalam julat dari 1 hingga
10. Lebar isirong sinc penuh ialah n * 2 + 1, dan oleh itu berbeza dari 3 hingga 21.
Nilai lalai ialah 5 memberikan lebar penuh 11.
-hanning
Gunakan tetingkap Hanning dengan interpolan sin. Ini adalah lalai.
-memalu
Gunakan tetingkap Hamming dengan interpolan sinc.
Generik pilihan
-membantu Cetak ringkasan pilihan baris arahan dan keluar.
-turun
Cetak nombor versi program dan keluar.
CONTOH
Sampel semula otak individu dalam ruang piawai pada grid pensampelan standard:
mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-seperti standard_sampling.mnc
Sampel semula volum MRI untuk dipadankan dengan volum PET, tetapi dengan resolusi yang lebih halus:
mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-langkah 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-elemen 256 256 64
Tukarkan isipadu melintang kepada isipadu sagittal:
mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-sagittal -paling dekat
Tukar volum melintang 256x256x64 (1x1x2mm) kepada 256x128x256 (1x1x1mm) isipadu sagittal:
mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zlangkah 1 -znelem 128
Dapatkan pensampelan paksi yang lebih halus pada volum PET:
mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zlangkah 2 -znemen 46
Gunakan mincresample dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
