mincreshape - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mincreshape - memotong hyperslab daripada fail minc (dengan susunan semula dimensi)

SINOPSIS

mincreshape [ ] .mnc .mnc

DESCRIPTION

Mincreshape's tugas utama ialah memotong hyperslab daripada fail minc dan memasukkannya ke dalam yang baru
fail minc. "Apakah hyperslab?", anda bertanya. Ia hanyalah kotak berbilang dimensi yang ditentukan
dengan indeks permulaan (vektor yang memberikan koordinat voxel) dan vektor kiraan (sebilangan
voxel di sepanjang setiap paksi). Sekeping tunggal daripada volum ialah hiperslab (dengan kiraan 1
dalam arah hirisan), bongkah kecil yang ditarik keluar daripada isipadu yang besar ialah hiperslab, a
volum gema tunggal daripada set data MRI berbilang gema ialah hiperslab, satu titik masa daripada a
pemerolehan dinamik ialah hyperslab - anda mendapat idea itu. Semak -mula, -kira and
-jarak malap pilihan untuk butiran lanjut tentang cara melakukan ini (dan lihat contoh!). Jika awak
menarik keluar hanya satu mata di sepanjang dimensi, anda mempunyai pilihan untuk membuat
dimensi hilang, jadi mincreshape memberi anda keupayaan untuk mengurangkan dimensi
fail minc. Selain itu, anda tidak dikekang untuk menentukan hiperslab yang hanya berada di dalam
fail input, anda boleh melangkaui sempadan dimensi dalam fail input, dan
tambahan pula anda boleh memberikan kiraan yang akan membalikkan data sepanjang dimensi.

Seolah-olah semua itu tidak mencukupi, mincreshape mempunyai keupayaan untuk menyusun semula dimensi. Paling banyak
kes yang jelas adalah menukar imej melintang kepada imej koronal. Tetapi anda boleh menaip a
senarai nama dimensi untuk mendapatkan susunan dimensi yang sewenang-wenangnya.

Awak mahu lagi!?! Okay, okay. Mincreshape membuat semua operasi ICV perpustakaan minc
tersedia pada baris arahan. Bagi mereka yang suka perkara yang ditakrifkan, ICV ialah imej
pembolehubah penukaran (jangan tanya saya mengapa saya memanggilnya begitu) yang pada asasnya membolehkan anda memberitahu
data bagaimana ia akan kelihatan seperti. Dalam erti kata lain, ia melakukan banyak penukaran untuk anda.
Penukaran ini termasuk menukar jenis, julat dan normalisasi nilai voxel,
mengembangkan atau mengecutkan imej (dengan penduaan voxel atau purata) untuk memberikan yang ditentukan
saiz imej, dan menukar imej vektor kepada skalar.

Supaya anda tidak keliru, izinkan saya memberitahu anda dengan jelas di sini: mincreshape melakukan semua
Penukaran ICV dahulu dan kemudian bahan penyusunan semula hiperslab dan dimensi digunakan pada
hasil daripada itu. Jadi jika anda ingin mencampurkannya bersama-sama (seperti -saiz img, -mula, -kira),
jelaskan dalam kepala anda dahulu.

Okey, berpegang pada tempat duduk anda: berikut ialah senarai pilihan.

PILIHAN

Ambil perhatian bahawa pilihan boleh ditentukan dalam bentuk singkatan (selagi ia unik) dan
boleh diberikan di mana-mana sahaja pada baris arahan.

Umum pilihan

-2 Cipta fail output format MINC 2.0.

-penyumbat
Tulis ganti fail sedia ada.

-noclobber
Jangan tulis ganti fail sedia ada (lalai).

-berkata-kata
Cetak maklumat kemajuan untuk setiap bahagian data yang disalin (lalai). Seketul
berbeza dalam saiz bergantung kebanyakannya pada sama ada anda memesan semula dimensi atau tidak dan
berapa besar penimbal dalaman dibenarkan.

-senyap Jangan cetak maklumat kemajuan.

-saiz_chunk_maks_dalam_kb saiz
Nyatakan saiz maksimum penimbal salinan (dalam kbait). Lalai ialah 4096 kbait
(4meg).

Image Penukaran pilihan (piksel jenis and julat):

Lalai untuk jenis, tanda dan julat yang sah adalah menggunakan fail input. Jika jenis adalah
ditentukan, maka kedua-dua tanda dan julat sah ditetapkan kepada lalai untuk jenis itu. Jika tanda adalah
ditentukan, maka julat yang sah ditetapkan kepada lalai untuk jenis dan tanda.

-jenis fail
Jangan lakukan sebarang penukaran jenis (lalai).

-bait Simpan voxel output dalam format integer 8-bit.

-pendek Simpan voxel output dalam format integer 16-bit.

-int Simpan voxel output dalam format integer 32-bit.

-panjang Digantikan oleh -int.

-terapung Simpan voxel output dalam format titik terapung 32-bit.

-berganda
Simpan voxel output dalam format titik terapung 64-bit.

-ditandatangani
Tulis nilai sebagai integer yang ditandatangani (lalai untuk pendek dan panjang). Diabaikan kerana
jenis titik terapung.

-tidak ditandatangani
Tulis nilai sebagai integer tidak bertanda (lalai untuk bait). Diabaikan kerana terapung
jenis mata.

-julat_sah minit maks
menentukan julat nilai voxel keluaran yang sah dalam perwakilan integernya.
Lalai ialah julat penuh untuk jenis dan tanda. Pilihan ini diabaikan untuk
nilai titik terapung.

-julat_imej minit maks
Normalkan imej kepada nilai sebenar minimum dan maksimum yang diberikan (bukan nilai voxel).

-normalkan
Normalkan imej kepada minimum dan maksimum sebenar untuk keseluruhan fail input.

-tidak normal
Jangan normalkan imej (lalai).

-nopixfill
Jangan tukar nilai luar julat dalam fail input, salin sahaja nilai tersebut.

-pixfill
Gantikan nilai di luar julat dalam fail input dengan nilai terkecil yang mungkin (lalai).

-pixfillvalue nilai
Tentukan nilai piksel baharu untuk menggantikan nilai luar julat dalam fail input.

Image Penukaran pilihan (dimensi arah and saiz):

-skalar
Tukar imej vektor kepada imej skalar (imej vektor adalah satu dengan dimensi_vektor
sebagai dimensi berbeza-beza terpantas). Dimensi vektor dialih keluar dan nilainya
purata.

-noscalar
Jangan tukar imej vektor kepada imej skalar (lalai).

+arah
Balikkan imej untuk memberikan nilai langkah positif untuk paksi ruang. Perhatikan bahawa flipping
paksi spatial hanya digunakan untuk "dimensi imej". Ini adalah dua yang terpantas
pelbagai dimensi (bukan vektor) dalam fail. Jika anda ingin menyelak bukan imej
dimensi, anda boleh menukarnya kepada dimensi imej dengan -kecilkan dimname=-1 (Yang
-1 bermakna tidak benar-benar menukar saiz). Semak contoh.

-arah
Balikkan imej untuk memberikan nilai langkah negatif untuk paksi ruang.

-mana-mana arah
Jangan flip imej di sepanjang paksi ruang (lalai).

+xdirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai xspace:step positif (kiri-ke-kanan).

-xdirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai xspace:step negatif (kanan ke kiri).

-xanydirection
Jangan flip imej di sepanjang paksi-x.

+ydirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai yspace:step positif (posterior-to-anterior).

-ydirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai yspace:step negatif (anterior-to-posterior).

-yanydirection
Jangan flip imej di sepanjang paksi-y.

+zdirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai zspace:step positif (inferior-to-superior).

-zdirection
Balikkan imej untuk memberikan nilai zspace:step negatif (superior-to-inferior).

-zanydirection
Jangan flip imej di sepanjang paksi z.

-keepspect
Kekalkan nisbah bidang apabila mengubah saiz imej. Ini bermakna voxel ditiru
(atau purata) bilangan kali yang sama sepanjang setiap dimensi imej.

-nokeepaspect
Jangan paksa pemeliharaan nisbah bidang apabila mengubah saiz imej (lalai).

-saiz img saiz
Nyatakan saiz imej yang dikehendaki (digunakan jika -saiz baris or -bersaiz besar tidak diberi).

-saiz baris saiz
Nyatakan bilangan baris yang dikehendaki dalam imej.

-bersaiz besar saiz
Nyatakan bilangan lajur yang dikehendaki dalam imej.

-kecilkan dimensi=saiz
Nyatakan saiz dimensi bernama (dimensi=saiz). Ambil perhatian bahawa ubah saiz sahaja
terpakai pada "dimensi imej" - biasanya dua yang paling cepat berubah (bukan vektor)
dimensi. Untuk melakukan saiz semula dimensi, semua dimensi yang paling cepat berubah-ubah sehingga ke
dimensi dinamakan ditukar kepada dimensi imej, dan ini kemudiannya dipengaruhi oleh
pilihan arah. Nama dan saiz dimensi mestilah dalam satu baris arahan
hujah, jadi jika anda menggunakan ruang (yang tidak mengapa), ingat untuk menggunakan petikan untuk menyembunyikannya
daripada cangkerang.

Mengubah semula pilihan yang berikut:

-melintang
Tulis hirisan melintang.

-sagittal
Tulis hirisan sagital.

-coronal
Tulis hirisan koronal.

-dimorder malap,malap,malap, ...
Nyatakan susunan dimensi, di mana malap? ialah nama-nama dimensi. Anda boleh memberi
lebih sedikit dimensi daripada wujud dalam fail: ia diandaikan sebagai yang paling cepat berubah-ubah
dimensi dalam fail output (jadi -melintang betul-betul setara dengan -dimorder
zspace,yspace,xspace). Sekali lagi, ruang dibenarkan antara nama, tetapi ingat untuk
sembunyikannya daripada cangkerang dengan petikan.

-jarak malap malap=permulaan[,mengira]
Tentukan julat subskrip dimensi untuk dimensi malap. Jika mengira hilang atau
0, maka ia diambil sebagai bermakna 1, tetapi alih keluar dimensi daripada fail output (a
kiraan 1 akan mengekalkan dimensi saiz 1). A negatif mengira bermakna flip data
sepanjang dimensi itu - dalam kes ini permulaan menentukan koordinat voxel tertinggi
untuk dimensi (-jarak malap xspace=3,-3 memberikan versi terbalik
-jarak malap xspace=1,3). Pilihan -mula and -kira menyediakan jalan alternatif untuk
nyatakan maklumat yang sama.

-mula koordinat0,koordinat1,koordinat2, ...

Menentukan sudut permulaan hyperslab (koordinat pergi dari variasi paling perlahan
dimensi kepada terpantas). Jika lebih sedikit koordinat diberikan daripada dimensi wujud dalam
fail, maka ia diandaikan untuk digunakan pada dimensi berbeza-beza yang paling perlahan dan
koordinat yang tinggal ditetapkan kepada 0. Lihat -jarak malap untuk butiran lanjut. Kedua-duanya -mula and
-kira berikan vektor yang sepadan dengan dimensi fail input selepas imej
pilihan penukaran (ICV) telah digunakan.

-kira saiz0,saiz1,saiz2, ...
Menentukan panjang tepi hiperslab untuk dibaca (koordinat pergi daripada pembolehubah paling perlahan
dimensi kepada terpantas). Jika saiz yang diberikan lebih sedikit daripada dimensi yang wujud dalam fail,
maka ia diandaikan untuk digunakan pada dimensi berbeza-beza yang paling perlahan dan selebihnya
saiz ditetapkan kepada saiz penuh dimensi. Lihat -jarak malap untuk maklumat lanjut.
Kedua-dua -mula and -kira berikan vektor yang sepadan dengan dimensi fail input selepas
pilihan penukaran imej (ICV) telah digunakan.

Hilang data pilihan yang berikut:

-nofill
Gunakan nilai sifar untuk titik di luar volum input (lalai).

-isi Gunakan nilai isian untuk titik di luar volum input (nilai kemungkinan minimum).

-nilai isian nilai
Tentukan nilai isian untuk titik di luar volum input (ini ialah nilai sebenar,
bukan nilai piksel).

Generik pilihan Untuk semua arahan:

-membantu Cetak ringkasan pilihan baris arahan dan keluar.

-turun
Cetak nombor versi program dan keluar.

CONTOH:

Andaikan bahawa kita mempunyai isipadu dengan dimensi zspace, yspace, xspace (itu melintang)
dan saiz 128, 256, 256. Jika kita ingin mendapatkan kepingan 40 daripadanya (menjaga koordinat
maklumat untuk dimensi zspace), maka kita boleh gunakan

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

Sebagai alternatif, kita boleh gunakan

mincreshape original.mnc new.mnc -mula 40,0,0 -kira 1,256,256

Atau semata-mata

mincreshape original.mnc new.mnc -mula 40 -kira 1

Jika kita mahu menyingkirkan dimensi zspace, kita boleh gunakan

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Mari keluarkan satu blok dari tengah dan balikkannya di sepanjang xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-mula 40,10,240 -kira 1,200,-200

Tetapi mengapa menahan diri? Mari kita keluar dari batasan:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-mula 40,-100,340 -kira 1,200,-200

Jika anda mahukan volum sagittal, gunakan ini:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

Bagaimana pula dengan beberapa kepala sisi - flip x dan y. Dan tukar kepada bait untuk menjimatkan ruang semasa
kami melakukannya:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Anda suka menyimpan volum dalam pesanan x,y,z (iaitu z paling cepat berbeza-beza! Saya tahu beberapa orang yang
lakukannya!)? Baik.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Tetapi anda seorang minimalis (dan tidak kisah mengambil peluang). Inilah perkara yang sama (tetapi ia
mungkin pecah untuk fail lain):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Mari pastikan semua dimensi mempunyai atribut langkah negatif (lihat pilihan +arah
untuk beberapa butiran):

mincreshape original.mnc new.mnc -arah -dimsize zspace=-1

Gunakan mincreshape dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net