Ini ialah arahan mirabait yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
mirabait - pilih bacaan daripada koleksi bacaan
SINOPSIS
mirabait [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] baitfile infile
DESCRIPTION
mirabait memilih bacaan daripada koleksi bacaan yang sebahagiannya serupa atau sama dengan
urutan yang ditakrifkan sebagai umpan sasaran. Persamaan ditakrifkan dengan mencari pengguna boleh laras
bilangan k-mers biasa (urutan k asas berturut-turut) yang sama dalam umpan
jujukan dan jujukan yang disaring untuk dipilih, sama ada ke hadapan atau ke belakang
pelengkap arah.
PILIHAN
-f
muatkan jenis fail projek ini, di mana fromtype ialah:
urutan caf daripada CAF
jujukan maf daripada MAF
urutan phd daripada PHD
jujukan gbf daripada GBF
urutan fasta daripada FASTA
urutan fastq daripada FASTQ
-t
tulis urutan untuk jenis ini (berbilang sebutan -t adalah dibenarkan):
urutan fasta kepada FASTA
urutan fastq kepada FASTQ
urutan caf kepada CAF
jujukan maf kepada MAF
txt nama jujukan kepada fail teks
-k k-mer, panjang umpan dalam alas (<32, lalai=31)
-n Min. bilangan umpan k-mer yang diperlukan (lalai=1)
-i Pukulan songsang: menulis hanya urutan yang tidak terkena umpan
-r Tiada pemeriksaan arah pelengkap terbalik
-o kualiti fastq Offset (hanya untuk -f = 'fastq') Mengimbangi nilai kualiti dalam FASTQ
fail. Lalai: 33 Nilai 0 cuba untuk mengecam secara automatik.
-f
muatkan jenis fail projek ini, di mana fromtype ialah:
urutan caf daripada CAF
jujukan maf daripada MAF
urutan phd daripada PHD
jujukan gbf daripada GBF
urutan fasta daripada FASTA
urutan fastq daripada FASTQ
-t
tulis urutan untuk jenis ini (berbilang sebutan -t adalah dibenarkan):
urutan fasta kepada FASTA
urutan fastq kepada FASTQ
urutan caf kepada CAF
jujukan maf kepada MAF
txt nama jujukan kepada fail teks
-k k-mer, panjang umpan dalam alas (<32, lalai=31)
-n Min. bilangan umpan k-mer yang diperlukan (lalai=1)
-i Pukulan songsang: menulis hanya urutan yang tidak terkena umpan
-r Tiada pemeriksaan arah pelengkap terbalik
-o kualiti fastq Offset (hanya untuk -f = 'fastq') Mengimbangi nilai kualiti dalam FASTQ
fail. Lalai: 33 Nilai 0 cuba untuk mengecam secara automatik.
Gunakan mirabait dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
