obrotate - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

memansuhkan — sudut dihedral putar kelompok yang sepadan dengan corak SMARTS

SINOPSIS

memansuhkan 'corak SMARTS' nama fail atom1 atom2 atom3 atom4 sudut

DESCRIPTION

Program obrotate memutarkan sudut kilasan (dihedral) ikatan tertentu dalam molekul
kepada yang ditakrifkan oleh pengguna. Dalam erti kata lain, ia melakukan perkara yang sama seperti pengguna menetapkan sudut masuk
pakej pemodelan molekul, tetapi lebih pantas dan dalam mod kelompok (iaitu merentasi pelbagai
molekul dalam fail).

Empat ID atom yang diperlukan ialah indeks ke dalam corak SMARTS, yang bermula pada atom 0
(sifar). Sudut yang dibekalkan adalah dalam darjah. Dua atom digunakan untuk menetapkan sudut dihedral
dan tidak perlu disambungkan kepada atom-atom ikatan dan
dalam apa-apa cara.

Susunan atom penting -- bahagian molekul yang melekat padanya dan
tetap tetap, tetapi bahagian terikat kepada dan & bergerak.

CONTOH

Katakan anda ingin mentakrifkan konformasi sebilangan besar molekul dengan a
perancah pyridyl dan digantikan dengan rantai alifatik pada kedudukan 3, contohnya untuk
dok atau tujuan 3D-QSAR.

Untuk menetapkan nilai sudut dihedral pertama kepada 90 darjah:
hapuskan piridin 'c1ccncc1CCC'.sdf 5 6 7 8 90

Di sini 6 dan 7 mentakrifkan ikatan untuk berputar dalam patter SMARTS, iaitu, c1-C dan atom 5 dan 8
tentukan sudut dihedral tertentu untuk berputar.

Oleh kerana atom untuk menentukan dihedral tidak perlu disambungkan secara langsung, nitrogen masuk
piridin boleh digunakan:
hapuskan piridin 'c1ccncc1CCC'.sdf 4 6 7 8 90

Pastikan cincin piridil tetap dan gerakkan rantai alifatik:
hapuskan piridin 'c1ccncc1CCC'.sdf 5 6 7 8 90

Pastikan rantai alifatik tetap dan gerakkan cincin piridil:
hapuskan piridin 'c1ccncc1CCC'.sdf 8 7 6 5 90

Gunakan obrotate dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net