prof - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

prof - struktur sekunder dan peramal kebolehcapaian pelarut

SINOPSIS

prof [INPUTFILE+] [PILIHAN]

DESCRIPTION

Struktur sekunder diramalkan oleh sistem penarafan rangkaian saraf pada jangkaan
ketepatan purata > 72% untuk tiga keadaan heliks, helai dan gelung (Rost & Sander, PNAS,
1993 , 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993 , 232, 584-599; dan Rost & Sander,
Protein, 1994, 19, 55-72; penilaian ketepatan). Dinilai pada set data yang sama,
PROFsec dinilai pada sepuluh mata peratusan ketepatan tiga keadaan lebih tinggi daripada kaedah menggunakan
hanya maklumat urutan tunggal, dan pada lebih daripada enam mata peratusan lebih tinggi daripada,
cth, kaedah menggunakan maklumat penjajaran berdasarkan statistik (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Ramalan PHDsec mempunyai tiga ciri utama:

1. ketepatan yang dipertingkatkan melalui maklumat evolusi daripada pelbagai penjajaran jujukan
2. ramalan untaian beta yang lebih baik melalui prosedur latihan yang seimbang
3. ramalan segmen struktur sekunder yang lebih tepat dengan menggunakan sistem pelbagai peringkat

Kebolehcapaian pelarut diramalkan oleh penarafan kaedah rangkaian saraf pada korelasi
pekali (korelasi antara pelarut relatif yang diperhatikan secara eksperimen dan ramalan
kebolehaksesan) sebanyak 0.54 disahkan silang pada set 238 protein globular (Rost & Sander,
Protein, 1994, 20, 216-226; penilaian ketepatan). Keluaran rangkaian saraf
kod untuk 10 keadaan kebolehcapaian relatif. Dinyatakan dalam unit perbezaan
antara ramalan dengan pemodelan homologi (kaedah terbaik) dan ramalan secara rawak (paling teruk
kaedah), PROFacc adalah kira-kira 26 mata peratusan lebih tinggi daripada rangkaian saraf yang setanding
menggunakan tiga keadaan keluaran (terkubur, pertengahan, terdedah) dan tidak menggunakan maklumat daripada
pelbagai penjajaran.

Heliks transmembran dalam protein membran integral diramalkan oleh sistem saraf
rangkaian. Kelemahan sistem rangkaian adalah selalunya heliks terlalu panjang
diramalkan. Ini dipotong oleh penapis empirikal. Ramalan akhir (Rost et al.,
Sains Protein, 1995, 4, 521-533; penilaian ketepatan) mempunyai jangkaan per-residu
ketepatan kira-kira 95%. Bilangan positif palsu, iaitu heliks transmembran
diramalkan dalam protein globular, adalah kira-kira 2%. Ramalan rangkaian saraf bagi
heliks transmembran (PHDhtm) diperhalusi oleh algoritma seperti pengaturcaraan dinamik. ini
kaedah menghasilkan ramalan yang betul bagi semua heliks transmembran untuk 89% daripada 131
protein yang digunakan dalam ujian pengesahan silang; lebih daripada 98% heliks transmembran adalah
diramalkan dengan betul. Output kaedah ini digunakan untuk meramal topologi, iaitu
orientasi jangka-N berkenaan dengan membran. Ketepatan yang dijangkakan daripada
ramalan topologi ialah > 86%. Ketepatan ramalan adalah lebih tinggi daripada purata untuk eukariotik
protein dan lebih rendah daripada purata untuk prokariot. PHDtopologi lebih tepat daripada semua
kaedah lain yang diuji pada set data yang sama.

Jika tiada pilihan fail output (seperti --fileRdb or --fileOut) diberi format RDB
output ditulis ke dalam ./INPUTFILENAME.prof di mana 'prof' menggantikan sambungan
fail input. Dalam kekurangan sambungan '.prof' dilampirkan pada nama fail input.

Output format
Format RDB dianotasi sendiri, lihat contoh output dalam /share/profphd/prof/exa.

RUJUKAN

Rost, B. dan Sander, C. (1994a). Menggabungkan maklumat evolusi dan rangkaian saraf untuk
meramalkan struktur sekunder protein. Protein, 19(1), 55-72.
Rost, B. dan Sander, C. (1994b). Pemuliharaan dan ramalan kebolehcapaian pelarut dalam
keluarga protein. Protein, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., dan Sander, C. (1995). Heliks transmembran
diramalkan pada ketepatan 95%. Sains Protein, 4(3), 521-33.

PILIHAN

Lihat setiap kata kunci untuk mendapatkan bantuan lanjut. Kebanyakannya mungkin akan rosak.

corak sambungan alternatif (lalai=3)

3 ramalan saat + acc + htm

acc predict kebolehcapaian pelarut, sahaja

ali menambah penjajaran pada fail output PROF 'boleh dibaca manusia'

gerbang
seni bina sistem (cth: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
tulis fail output PROF 'boleh dibaca manusia'

terbaik
PROF dengan ketepatan terbaik dan jangka masa terpanjang

kedua-dua
meramalkan struktur sekunder dan kebolehcapaian pelarut

data
data= untuk HTML keluar: hanya bahagian ramalan yang ditulis

debug
simpan kebanyakan fail perantaraan, cetak mesej penyahpepijatan

dirWork
direktori kerja, lalai: direktori sementara daripada Fail::Temp::tempdir. Mestilah sepenuhnya
laluan yang layak.

Dikenali bekerja.

doEval
Penilaian DO untuk senarai (hanya untuk struktur dan senarai yang diketahui)

doFilterHssp
tapis fail HSSP input (tidak termasuk beberapa pasangan)

doHtmfil
DO menapis ramalan membran (lalai)

doHtmisit
DO semak kekuatan heliks membran yang diramalkan (lalai)

doHtmref
DO memperhalusi ramalan membran (lalai)

doHtmtop
Topologi heliks membran DO (lalai)

dssp
menukar PROF ke dalam format DSSP

mengembangkan
kembangkan sisipan apabila menukar output kepada format MSF

cepat
PROF dengan ketepatan terendah dan kelajuan tertinggi

fileCasp
nama output PROF dalam format CASP (file.caspProf)

failDssp
nama output PROF dalam format DSSP (file.dsspProf)

fileHtml
nama output PROF dalam format HTML (file.htmlProf)

failMsf
nama output PROF dalam format MSF (file.msfProf)

fileNotHtm
nama fail yang menandakan tiada heliks membran ditemui

failOut
nama output PROF dalam format RDB (file.rdbProf)

Dikenali bekerja.

failProf
nama output PROF dalam format boleh dibaca manusia (file.prof)

rosak.

fileRdb
nama output PROF dalam format RDB (file.rdbProf)

Dikenali bekerja.

fileSaf
nama output PROF dalam format SAF (file.safProf)

menapis
tapis fail HSSP input (tidak termasuk beberapa pasangan)

baik
PROF dengan ketepatan yang baik dan kelajuan sederhana

graf
tambahkan graf ASCII pada fail output PROF 'boleh dibaca manusia'

penggunaan htm: 'htm= ' memberikan heliks transmembrane minimum yang dikesan lalai ialah 'htm=0'
(resp. htm=0.8) nombor yang lebih kecil lebih positif palsu dan kurang negatif palsu!

hujah html
'hmtl' atau 'html= ' tulis format HTML ramalan 'html' akan terhasil
bahawa output PROF ditukar kepada HTML 'html=body' menyekat fail HTML kepada
Bahagian teg HTML_BODY 'html=head' mengehadkan fail HTML kepada bahagian teg HTML_HEADER
'html=all' memberikan HEADER dan BODY

keepConv
simpan penukaran fail input kepada format HSSP

hujah keepFilter
<*|doKeepFilter=1> simpan fail HSSP yang ditapis

hujah keepHssp
<*|doKeepHssp=1> simpan fail HSSP perantaraan

hujah keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> simpan fail DbNet perantaraan

hujah senarai
<*|isList=1> fail input ialah senarai fail

msf menukar PROF kepada format MSF

baik
berikan 'nice-D' untuk menetapkan nilai bagus (keutamaan) kerja

tiadaProfHead
JANGAN salin fail dengan jadual ke dalam direktori tempatan

tiada Carian
singkatan untuk doSearchFile=0, iaitu tiada carian fail DB

noascii
menekan fail keputusan ASCII (iaitu boleh dibaca manusia).

nohtml
menekan menulis fail hasil HTML

noice
pekerjaan tidak akan menyenangkan, iaitu tidak dijalankan dengan keutamaan yang lebih rendah

notEval
JANGAN semak ketepatan walaupun struktur diketahui

bukanHtmfil
JANGAN menapis ramalan membran

bukanHtmisit
JANGAN semak sama ada heliks membran cukup kuat atau tidak

bukanHtmref
JANGAN perhalusi ramalan membran

bukanHtmtop
JANGAN topologi heliks membran

nresPerLineAli
Bilangan aksara yang digunakan untuk fail MSF. Lalai: 50.

bilanganMin
Bilangan minimum sisa untuk menjalankan rangkaian, jika tidak prd=symbolPrdShort. Lalai: 9.

optJury
Menambah PHD kepada juri. Lalai: `normal,usePHD'.

Banyak parameter lain menukar lalai untuk yang ini sebagai kesan sampingan, senarainya adalah
tidak menyeluruh:

phd, nophd, /^para(3|Kedua-duanya|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Fail parameter untuk sec+acc+htm. Lalai: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Fail parameter untuk acc. Lalai: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraBoth
Fail parameter untuk sec+acc. Lalai: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Fail parameter untuk sec. Lalai: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Indeks kebolehpercayaan minimum (RI) untuk subset PROFacc. Lalai: 4.

riSubSec
Indeks kebolehpercayaan minimum (RI) untuk subset PROFsec. Lalai: 5.

riSubSym
Simbol untuk sisa yang diramalkan dengan RI < riSubSec/Acc. Lalai: `.'.

s_k_i_p
masalah, manual, pembayang, notasi, txt, diketahui, SELESAI, Tarikh, tarikh, aa, Lhssp, numaa,
kod

saf menukar PROF kepada format SAF

scrAddHelp
scrGoal
pensuisan rangkaian saraf

scrHelpTxt
Format fail input diterima:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
list_of_files (atau fail tunggal) parameter_file

scrName
Prof

scrNarg
2

sec ramalkan struktur sekunder, sahaja

senyap
tiada maklumat ditulis ke skrin - ini adalah lalai

skipMissing
jangan batalkan jika fail input tiada!

fail sumber
Prof

ujian
hanyalah ujian (lebih cepat)

terjemah-jobid-dalam-nilai-nilai
Rentetan 'jobid' digantikan dengan $par{jobid}

tst larian pantas melalui program, ketepatan rendah

pengguna
nama pengguna

--versi
Versi cetakan

Gunakan prof dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net