Ini ialah arahan pymol yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
pymol - pakej grafik dan pemodelan molekul bebas dan fleksibel
SINOPSIS
pymol [pilihan] [fail]
DESCRIPTION
Selama bertahun-tahun, PyMOL telah menjadi penonton molekul yang berkebolehan dengan sokongan untuk animasi,
pemaparan berkualiti tinggi, kristalografi dan aktiviti grafik molekul biasa yang lain.
Ia telah diterima pakai oleh beratus-ratus (mungkin beribu-ribu) saintis yang tersebar
tiga puluh negara. Walau bagaimanapun, PyMOL masih dalam proses, dengan pembangunan
dijangka berterusan untuk tahun-tahun akan datang.
PILIHAN
Pilihan ini pada masa ini disokong:
-2 Mulakan dalam mod tetikus dua butang.
-c Mod baris arahan, tiada GUI. Untuk operasi batch.
-d rentetan
Jalankan rentetan arahan pymol semasa dimulakan.
-e Mulakan dalam mod skrin penuh.
-f #garisan
Mengawal paparan arahan dan maklum balas dalam OpenGL (0=off).
-g fail.png
Tulis fail PNG (selepas menilai hujah sebelumnya)
-i Lumpuhkan GUI OpenGL dalaman (senarai objek, menu, dll.)
-l file.py
Buat program ular sawa dalam urutan baharu.
-o Lumpuhkan perlindungan keselamatan untuk fail sesi.
-p Dengar arahan pada input standard.
-q Pelancaran senyap. Sekat skrin percikan & perbualan lain.
-r file.py
Jalankan program Python (dalam __utama__) pada permulaan.
-s skrip
Simpan arahan ke skrip atau fail program PyMOL ini.
-t Gunakan modul GUI luaran berasaskan Tcl/Tk (pmg_tk).
-u skrip
Muatkan dan tambahkan pada skrip atau fail program PyMOL ini.
-x Lumpuhkan modul GUI luaran.
-B Dayakan isyarat stereo garis biru (untuk stereo Mac)
-G Mulakan dalam mod Permainan.
-M Paksa mono walaupun semasa stereo perkakasan hadir.
-R Lancarkan pendengar XMLRPC Greg Landrum.
-S Paksa dan lancarkan dalam stereo, jika boleh.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Laraskan geometri tetingkap.
Semua fail dengan syarat akan dimuatkan atau dijalankan selepas PyMOL bermula. Mereka boleh mempunyai salah satu daripada
sambungan berikut:
Skrip arahan .pml PyMOL untuk dijalankan semasa permulaan
.py[cm] Program Python untuk dijalankan semasa permulaan
Fail format Bank Data Protein .pdb untuk dimuatkan semasa permulaan
Format Macromodel .mmod untuk dimuatkan pada permulaan
Fail .mol MDL MOL untuk dimuatkan semasa permulaan
Fail SD .sdf MDL untuk dihuraikan dan dimuatkan semasa permulaan
Fail Peta .xplor X-PLOR (ASCII) untuk dimuatkan semasa permulaan
Fail peta .ccp4 CCP4 (BINARY) untuk dimuatkan semasa permulaan
.cc[12] Fail koordinat kartesian 3D ChemDraw
.pkl Acar ChemPy Model (kelas "chempy.model.Indexed")
Fail .r3d Raster3D
Fail .cex CEX (Metafora)
.fail topologi AMBER atas
Fail koordinat .crd AMBER
.fail mulakan semula AMBER pertama
.trj lintasan AMBER
.pse fail sesi PyMOL
.phi Delphi/Grasp Peta Potensi Elektrostatik
Untuk senarai pilihan, anda juga boleh memasukkan yang berikut dalam baris arahan pymol:
membantu melancarkan
PERINTAH
Sila rujuk dokumentasi dalam talian PyMols di
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:Perintah atau bantuan dalaman untuk arahan
rujukan.
Gunakan pymol dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
