Ini ialah arahan rabema_build_gold_standard yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
rabema_build_gold_standard - RABEMA Gold Standard Builder
SINOPSIS
rabema_build_gold_standard [PILIHAN] --keluar-gsi KELUAR.gsi --rujukan REF.fa --dalam-sam
PERFECT.sam rabema_build_gold_standard [PILIHAN] --keluar-gsi KELUAR.gsi --rujukan
REF.fa --dalam-bam SEMPURNA.bam
DESCRIPTION
Program ini membolehkan untuk membina standard emas RABEMA. Input adalah FASTA rujukan
fail dan peta SAM/BAM yang sempurna (cth dicipta menggunakan RazerS 3 dalam kepekaan penuh
mod).
Fail SAM/BAM input mesti diisih mengikut koordinat. Program ini akan mewujudkan a
FASTA indeks fail REF.fa.fai untuk akses rawak pantas kepada rujukan.
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
-v, --verbose
Dayakan output verbose.
-vv, --sangat-verbose
Dayakan lebih banyak keluaran verbose.
Input / Output:
-o, --keluar-gsi GSI
Laluan untuk menulis fail GSI yang terhasil ke. Jenis fail yang sah ialah: gsi dan gsi.gz.
-r, --rujukan CEPAT
Laluan untuk memuatkan rujukan FASTA daripada. Jenis fail yang sah ialah: fa dan fasta.
-s, --dalam-sam SAM
Laluan untuk memuatkan fail SAM "sempurna" daripada. Jenis fail yang sah ialah: sam.
-b, --dalam-bam BAM
Laluan untuk memuatkan fail BAM "sempurna" daripada. Jenis fail yang sah ialah: bam.
Parameter Piawai Emas:
--mod-oracle
Dayakan mod oracle. Ini digunakan untuk data simulasi apabila memasukkan fail SAM/BAM
memberikan tepat satu kedudukan yang dianggap sebagai kedudukan sampel sebenar.
--perlawanan-N
Apabila ditetapkan, N memadankan semua aksara tanpa penalti.
--jarak-metrik METRIK
Tetapkan metrik jarak. Nilai yang sah: hamming, edit. Lalai: edit. Salah satu hamming dan
edit. Lalai: edit.
-e, --maksimum-ralat KADAR
Kadar ralat maksimum untuk membina standard emas dalam peratus. Parameter ini ialah
integer dan relatif kepada panjang bacaan. Dalam kes mod oracle, kadar ralat untuk
bacaan pada kedudukan persampelan digunakan dan KADAR digunakan sebagai ambang cutoff.
Lalai: 0.
PULANGAN NILAI
Nilai pulangan 0 menunjukkan kejayaan, sebarang nilai lain menunjukkan ralat.
CONTOH
rabema_build_gold_standard -e 4 -o KELUAR.gsi -s IN.sam -r REF.fa
Bina standard emas daripada fail SAM IN.sam dengan semua lokasi pemetaan dan FASTA
rujuk REF.fa kepada fail GSI OUT.gsi dengan kadar ralat maksimum 4.
rabema_build_gold_standard --jarak-metrik mengedit -e 4 -o KELUAR.gsi -b IN.bam -r
REF.fa
Sama seperti di atas, tetapi menggunakan Hamming dan bukannya mengedit jarak dan BAM sebagai input.
rabema_build_gold_standard --mod-oracle -o KELUAR.gsi -s IN.sam -r REF.fa
Bina standard emas daripada fail SAM IN.sam dengan kedudukan sampel asal, cth
seperti yang dieksport oleh simulator baca Mason.
KEPERLUAN INGATAN
Dari versi 1.1, berhati-hati telah diambil untuk memastikan keperluan memori serendah
yang mungkin. Terdapat memori yang diperlukan adalah dua kali ganda saiz kromosom terbesar
ditambah beberapa ingatan berterusan untuk setiap perlawanan.
Sebagai contoh, penggunaan memori untuk genom manusia 100bp dibaca pada kadar ralat 5% ialah
1.7GB. Daripada jumlah ini, kira-kira 400GB datang daripada kromosom dan 1.3GB daripada perlawanan.
RUJUKAN
M. Holtgrewe, A.-K. Emde, D. Weese dan K. Reinert. Sebuah Novel Dan Ditakrifkan Dengan Baik
Kaedah Penandaarasan Untuk Pemetaan Baca Generasi Kedua, BMC Bioinformatics 2011,
12: 210.
http://www.seqan.de/rabema
Laman Utama RABEMA
http://www.seqan.de/mason
Laman Utama Mason
VERSION
versi rabema_build_gold_standard: 1.2.0 Kemas kini terakhir 14 Mac 2013
Gunakan rabema_build_gold_standard dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
