Ini ialah arahan rdp_classifier yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
rdp_classifier - tugasan taksonomi daripada penjujukan generasi seterusnya
PENGGUNAAN:
rdp_classifier [-f ] [-g ] [-o ] [-q ] [-t ] [-w ]
DESCRIPTION
Pengelas RDP ialah pengelas Bayesian nave yang boleh menyediakan dengan cepat dan tepat
tugasan taksonomi dari domain ke genus, dengan anggaran keyakinan untuk setiap tugasan.
-f,--format
semua format keluaran yang dibataskan tab: [allrank|fixrank|db]. Lalai ialah allrank.
allrank: mengeluarkan keputusan untuk semua pangkat yang digunakan untuk setiap urutan: seqname,
orientasi, nama takson, pangkat, conf, ... fixrank: hanya mengeluarkan keputusan untuk
pangkat tetap mengikut urutan: domain, filum, kelas, perintah, keluarga, genus db: mengeluarkan
seqname, trainset_no, tax_id, conf. Ini bagus untuk disimpan dalam pangkalan data
-g,--gen
16srrna|fungalsu, model latihan lalai untuk 16S rRNA atau gen LSU Kulat.
Pilihan ini akan ditimpa oleh --train_propfile pilihan
-o,--fail keluaran
nama fail keluaran untuk tugasan klasifikasi
-q,--queryFile
fail pertanyaan mengandungi urutan dalam salah satu daripada format berikut: Fasta, Genbank dan
EMBL
-t,--train_propfile
tentukan fail harta mengandungi pemetaan fail latihan jika ia terletak
di luar data/pengkelas/. Nota: fail latihan dan fail harta harus
berada dalam direktori yang sama. Fail sifat lalai ditetapkan kepada
data/classifier/16srrna/rRNAClassifier.properties.
-w,--minWords
bilangan perkataan minimum untuk setiap percubaan bootstrap, Lalai ialah 1/8 daripada perkataan.
Minimum ialah 5
Gunakan rdp_classifier dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
