Ini ialah arahan smalt yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
smalt - Alat Pemetaan Jujukan dan Penjajaran
DESCRIPTION
SMALT menjajarkan bacaan penjujukan DNA dengan genom rujukan dengan cekap. Ia Dibaca daripada a
pelbagai platform penjujukan, contohnya Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio
atau ABI-Sanger, boleh diproses termasuk bacaan berpasangan.
Perisian ini menggunakan indeks cincang yang sempurna bagi perkataan pendek (<20 nukleotida panjang), sampel
pada langkah yang sama di sepanjang jujukan rujukan genom.
Untuk setiap bacaan, segmen yang berpotensi sepadan dalam rujukan dikenal pasti daripada benih
padanan dalam indeks dan seterusnya diselaraskan dengan bacaan menggunakan Smith-Waterman berjalur
algoritma.
Penjajaran celah terbaik bagi setiap bacaan dilaporkan termasuk skor untuk kebolehpercayaan
daripada pemetaan terbaik. Pengguna boleh melaraskan pertukaran antara sensitiviti dan kelajuan dengan
menala panjang dan jarak perkataan yang dicincang.
Mod untuk pengesanan bacaan pecahan (chimeric) disediakan. Program berbilang benang
pelaksanaan disokong.
SINOPSIS
kecik [TASK_OPTIONS] [ [ ]]
Boleh didapati tugas:
cek kecil
- menyemak input FASTA/FASTQ
pertolongan kecil
- mencetak ringkasan ringkas perisian ini
indeks kecil
- membina indeks perkataan k-mer untuk rujukan
peta kecil
- memetakan bacaan tunggal atau berpasangan pada rujukan
sampel kecil
- saiz sisipan sampel untuk bacaan berpasangan
versi smalt - mencetak maklumat versi
Bantuan on individu tugas:
kecik -H
Gunakan smalt dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
