Ini ialah perintah vcf-query yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
vcf-query - pertanyaan fail VCF
SINOPSIS
pertanyaan-vcf [PILIHAN] file.vcf.gz
PILIHAN
-c, --lajur
Senarai nama lajur yang dipisahkan koma.
-f, --format
Lalai ialah '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n'
-l, --senarai-lajur
Senaraikan lajur.
-r, --wilayah chr:dari-kepada
Dapatkan semula rantau ini. (Menjalankan tabix.)
-h, -?, - membantu
Mesej bantuan ini.
CONTOH
query-vcf file.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' query-vcf file.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
Gunakan vcf-query dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
