Ini ialah arahan xbs yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
xbs - pemodelan molekul bola dan kayu
SINOPSIS
xbs [-id] [-h] [-geo gg] [-sc x] [-warna]
[-t tajuk] [-bw] [-st] [-rv] [-autocolor]
[-hh]
DESCRIPTION
xbs menggunakan grafik tetingkap X untuk menghasilkan plot bola dan kayu. Ia membaca koordinat dan
data lain daripada fail input id.bs (cth ch4.bs) dan mungkin berbeza "bingkai" dengan
mengalihkan koordinat daripada fail gerak tambahan ID.mv (cth ch4.mv). Fail lalai
adalah in.bs dan in.mv Dalam pengedaran Debian, lihat contoh fail input dan skrip dalam
/usr/share/doc/xbs/examples.
PILIHAN
-geo gg
tetapkan geometri tingkap
-sc x
tetapkan faktor skala
-t tajuk
tetapkan tajuk tetingkap
-warna
gunakan warna
-bw b/w dengan kelabu licin
-st b/b dengan kelabu berjalur
-rv warna terbalik
-autocolor
memilih warna sendiri
-hh bantuan yang panjang
-geo gg
tetapkan geometri tingkap
INPUT FORMAT
Dalam kes mudah, fail ch4.bs boleh kelihatan seperti ini:
atom C 0.000 0.000 0.000
atom H 1.155 1.155 1.155
atom H -1.155 -1.155 1.155
atom H 1.155 -1.155 -1.155
atom H -1.155 1.155 -1.155
spesifikasi C 1.000 0.7
spesifikasi H 0.700 1.00
bon CC 0.000 4.000 0.109 1.00
bon CH 0.000 3.400 0.109 1.00
bon HH 0.000 2.800 0.109 1.00
Ini menetapkan koordinat dalam format
spesies atom xyz
dan cara melukis setiap spesies atom, dalam format
warna jejari nama spec
dan cara melukis ikatan, dalam format nama bon1 nama2 min-panjang maks-panjang warna jejari
Fail pindah mengandungi bingkai tambahan seperti ini:
bingkai Ini adalah bingkai nombor dua
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155
Selepas kata kunci 'bingkai' datang rentetan mengenal pasti, kemudian datang koordinat untuk semua
atom. Pemisahan baris boleh muncul di mana-mana antara koordinat.
Baris input lain juga mungkin, iaitu baris yang menetapkan parameter (lihat di bawah).
Contoh: 'inc 5' menetapkan kenaikan untuk putaran kepada 5 darjah.
Dalam kedua-dua fail, baris yang bermula dengan * dan baris kosong ialah ulasan.
PENGGUNAAN
Selepas memulakan program dengan 'xbs ch4' plot boleh dikawal terus dengan dipilih
kunci. Contohnya, untuk memutar molekul gunakan kekunci kursor dan kekunci "," dan "." The
dua terakhir dipilih kerana mereka berada di bawah "<" dan ">" yang kelihatan seperti anak panah. Untuk melangkah
melalui bingkai untuk menunjukkan "filem", gunakan kekunci '[' dan ']'. Sebilangan kunci lain ialah
ditakrifkan untuk berfungsi secara langsung. Fungsi yang lebih rumit dilakukan dengan menekan 'i' untuk mendapatkan
baris input dan kemudian menaip arahan. Gunakan 'xbs -hh' untuk mendapatkan maklumat tentang kunci dan
menyuruh.
Saiz: Kekunci '+' dan '-' menjadikan plot lebih besar atau lebih kecil.
Perspektif: Kunci p menukar perspektif. Lalai dimatikan. Untuk pseudoperspektif,
saiz sfera bergantung pada jarak kepada penonton tetapi kedudukan pada halaman adalah
tidak berubah. Untuk perspektif sebenar, saiz dan kedudukan kedua-duanya berubah. Kekuatan
kesan perspektif bergantung pada jarak kepada penonton, yang ditunjukkan dalam
baris status. Ia ditukar dengan kekunci 'd' dan 'D' atau boleh ditetapkan terus dengan arahan
'dist'. (Nota: jika anda terlalu dekat dan meletakkan sudut pandangan di dalam atom, program
akan cuba mewarnai seluruh alam semesta, yang mengambil masa yang sangat lama).
Pencahayaan: arahan 'gramp slope middle' mengkelabukan atom di belakang dengan eksponen
meningkatkan. Perintah 'light xyz' menaungi atom seolah-olah cahaya bersinar sepanjang vektor
(x,y,z). Perintah ini hanya berfungsi dalam mod hitam/putih. Untuk menukar kembali kepada pewarna biasa,
masukkan 'gramp' atau 'light' tanpa hujah.
Kedudukan: Kekunci pad kekunci 8,6,4,2 menggerakkan plot dengan kenaikan dpos (yang boleh
ditetapkan oleh arahan 'dpos'). Kekunci papan kekunci '*' menyimpan kedudukan semasa sebagai 'rumah' (atau gunakan
perintah 'pos' untuk menetapkan kedudukan rumah secara langsung). Kekunci pad kekunci 7 mengalihkan plot ke rumah.
Kedudukan adalah relatif kepada bahagian tengah tingkap.
Menyimpan: arahan 'simpan' menulis data ke fail (lalai Save.bs). Jika terdapat berbilang
bingkai, fail bergerak juga ditulis. Perintah 'simpan' mempunyai beberapa pilihan, lihat di bawah.
Percetakan: arahan 'cetak' menulis output ke fail postskrip, secara lalai fail
'Bs.ps'. Fail cetakan kekal terbuka sehingga ia ditutup secara eksplisit. Dengan cara ini beberapa plot
boleh ditindih pada halaman yang sama, menggunakan kekunci kursor pad kekunci untuk mengalih subplot
pada halaman. Perintah 'cetak' mempunyai beberapa pilihan, lihat di bawah.
ONLINE BANTU
Menaip 'xbs -h' dan 'xbs -hh' memberikan bantuan panjang masing-masing pendek.
Selepas memulakan xbs, kekunci 'h' menogol gambaran keseluruhan. Ini adalah maklumat yang sama seperti yang ada
diperoleh dengan 'xbs -hh'.
Pada baris input, gunakan 'help print' atau 'print ?' atau pun 'print -h' untuk mendapatkan bantuan tentang a
arahan khusus seperti (dalam kes ini) cetak. Bantuan ini juga menunjukkan sebarang pilihan yang mungkin
untuk arahan.
Bar ruang menogol maklumat tambahan tentang plot yang ditulis ke dalam tetingkap.
PERINTAH
1. Warna:
- Warna ditentukan sama ada sebagai nombor antara 0 dan 1 (nilai kelabu), tiga nombor
antara 0 dan 1 (nilai merah, hijau, biru atau RGB), atau sebagai nama warna daripada fail
/usr/lib/X11/rgb.txt (atau serupa).
- Dalam fail input, warna setiap spesies atau ikatan ditetapkan dalam tiga cara ini.
- Pilihan xbs berikut adalah berkaitan dengan warna: -warna membolehkan warna (lalai) bw
menggunakan kelabu sahaja -st menggunakan kelabu sahaja, dicantumkan daripada beberapa nilai -rv terbalik semua
warna -auto pilih warna sendiri. Anda boleh menukar ini secara interaktif dengan kemas kini
perintah. Untuk konsistensi, hitam kini 0 dan putih ialah 1. Pilihan -rv menukar ini.
Satu-satunya sebab untuk menggunakan -bw atau -st ialah arahan 'light' dan 'gramp' tidak berfungsi
dengan warna.
- Pilihan '-auto' digunakan untuk mewarnakan atom dalam beberapa cara standard. Warna-warna ini adalah
ditetapkan dalam rutin 'set_auto_colors' dalam fail subs.h. Bermula dari label spesies (cth. Pd3
atau Mg-a) bahagian alfa utama diekstrak dan dihuruf besar (iaitu PD atau MG) dan ini
rentetan digunakan untuk memilih warna. Ideanya adalah untuk meletakkan warna kegemaran seseorang ke dalam
rutin dan kemudian menyusun semula xbs.
- Arahan 'warna' menukar warna atom secara interaktif, iaitu. 'warna C* hijau'
menukar warna semua spesies yang sepadan. Untuk menunjukkan warna spesies, gunakan
arahan tanpa menyatakan warna (iaitu 'warna C1' atau 'warna C-a').
- Apabila data disimpan dengan arahan 'simpan', warna semasa (seperti yang ditetapkan dengan 'warna')
disimpan sebagai rentetan. Dengan 'save -rgb' nilai RGB ditulis bukannya warna
nama. Jika pilihan -rv digunakan, warna terbalik disimpan sebagai nilai RGB.
2. Sesetengah arahan mempunyai pilihan, cth. cetak, simpan, kemas kini. Sebagai contoh:
cetak -T cetak dan tambahkan beberapa maklumat sebagai tajuk
print -t 'text .... ' cetak dan letakkan teks sebagai tajuk
kemas kini -rv kemas kini tetapi hidupkan membalikkan
kemas kini +rv kemas kini tetapi matikan pembalikan
kemas kini -bw kemas kini tetapi tukar kepada hitam/putih
simpan -rgb simpan dengan warna sebagai nilai rgb
simpan -langkah n simpan dengan hanya setiap bingkai ke-n
(baik untuk memampatkan fail .mv yang besar).
Gunakan 'kemas kini bantuan' dan lain-lain pada baris input untuk melihat pilihan.
3. Padanan corak untuk label atom: * sepadan dengan sebarang rentetan, + sebarang aksara.
Ini boleh digunakan dalam arahan 'warna' dan dalam baris 'bon' dalam fail input
(yang menentukan ikatan yang ditarik). Contohnya, 'bon C* H* ...' memilih semua
ikatan antara
atom seperti C1 dan H34 dsb. dan 'ikatan * * ...' memilih semua pasangan.
4. Pelbagai perubahan lain:
- Kekunci 'a' memaparkan arah paksi.
- Kekunci 'n' menunjukkan nama atau nombor atom. Kekunci 'c' menunjukkan koordinat.
- Untuk menutup fail cetakan posskrip, gunakan arahan 'tutup'.
- Perintah 'dup xyz' menduplikasi semua atom yang dialihkan oleh (x,y,z).
- Perintah 'cut xyzab' memotong kepada atom antara a dan b
sepanjang vektor (x,y,z).
- Baris input mempunyai senarai sejarah untuk mendapatkan semula arahan lama.
Gunakan anak panah atas dan bawah apabila baris input aktif.
- Pada sesetengah sistem, kekunci ruang belakang tidak berfungsi untuk mengedit fail
baris input. Oleh itu kekunci anak panah kiri ditakrifkan sebagai mempunyai
fungsi backspace juga.
Gunakan xbs dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
