Ini ialah apl Linux bernama BIRAP yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai Sample_Files.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian aplikasi bernama BIRAP ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
BIRAP
DESCRIPTION
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) ialah saluran paip Perl sumber terbuka, mudah digunakan yang boleh digunakan untuk menganotasi semula genom bakteria menggunakan data eksperimen. Alat ini menyepadukan profil ekspresi yang diperoleh daripada RNA-seq dan/atau proteogenomik, membandingkannya dengan anotasi siliko sedia ada dan membantu mengesahkan anotasi, mengenal pasti kawasan pengekodan protein baru, RNA bukan pengekodan yang diduga serta membantu membetulkan ralat dalam anotasi sedia ada . Saluran paip memerlukan output "pileup" daripada SAMtools untuk data RNA-seq dan fail lokus peptida/ePST (GFF) daripada alat Pemetaan Proteogenomic untuk data prote-ogenomik bersama-sama dengan genom dan anotasi siliko yang sedia ada. Apabila maklumat mengenai lokus promoter dan terminator dalam genom (dalam format .coords) disediakan, saluran paip juga akan membantu mengenal pasti RNA bukan pengekodan.
Ciri-ciri
- analisis rantau intergenik genom bakteria
- anotasi semula genom bakteria
- pengesanan RNA kecil (sRNA).
- RNA-seq
- Proteogenomik
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Konsol/Terminal, Baris Perintah
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/birap/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
