Ini ialah apl Linux bernama FineSplice yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai FineSplice-0.2.2.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama FineSplice ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
FineSplice
DESCRIPTION
FineSplice ialah pembalut Python kepada TopHat2 yang menjurus kepada pengenalpastian yang boleh dipercayai bagi simpang ekson yang dinyatakan daripada data RNA-Seq, pada ketepatan pengesanan yang dipertingkatkan dengan kehilangan sensitiviti yang kecil.
Mengikuti penjajaran dengan TopHat2 menggunakan anotasi transkrip yang diketahui, FineSplice mengambil sebagai input fail BAM yang terhasil dan mengeluarkan satu set persimpangan sambungan yang dinyatakan dengan kiraan bacaan yang sepadan. Potensi positif palsu yang timbul daripada penjajaran palsu ditapis melalui strategi pengesanan anomali separa diselia berdasarkan regresi logistik. Bacaan pemetaan berbilang dengan lokasi unik selepas penapisan diselamatkan dan diperuntukkan semula ke lokasi calon yang paling boleh dipercayai.
FineSplice memerlukan Python 2.x (>= 2.6) dengan modul berikut dipasang: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) dan scikit-belajar (http://scikit-learn.org/).
Untuk butiran lanjut lihat penerbitan kami: Nucl. Asid Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
Ciri-ciri
- Sejajar dengan TopHat2 menggunakan anotasi transkrip untuk prestasi pemetaan yang unggul
- Jalankan FineSplice untuk menyingkirkan penjajaran celah yang tidak boleh dipercayai dan meningkatkan ketepatan pengesanan simpang sambatan
- Menghasilkan set persimpangan ekson-ekson yang yakin dengan kiraan bacaan yang sepadan untuk analisis hiliran
Bahasa Pengaturcaraan
Python
Kategori
Ini ialah aplikasi yang juga boleh diambil daripada https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
