Ini ialah apl Linux bernama kSNP untuk dijalankan di Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai kSNP3.1_Linux_package.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama kSNP ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
kSNP untuk dijalankan di Linux dalam talian
Ad
DESCRIPTION
kSNP mengenal pasti SNP pan-genom dalam satu set jujukan genom, dan menganggarkan pokok filogenetik berdasarkan SNP tersebut. Penemuan SNP adalah berdasarkan analisis k-mer, dan tidak memerlukan penjajaran jujukan berbilang atau pemilihan genom rujukan, jadi kSNP boleh mengambil 100 genom mikrob sebagai input. Lokus SNP ditakrifkan oleh oligo panjang k mengelilingi alel SNP pusat. kSNP boleh menganalisis kedua-dua genom lengkap (selesai) dan genom belum selesai dalam contigs terpasang atau bacaan mentah, belum terpasang. Genom yang telah siap dan belum selesai boleh dianalisis bersama, dan kSNP boleh memuat turun fail Genbank bagi genom yang telah siap secara automatik dan memasukkan maklumat dalam fail tersebut ke dalam anotasi SNP.Gardner, SN dan Hall, BG 2013. Apabila penjajaran keseluruhan genom tidak akan berfungsi: perisian kSNP v2 untuk penemuan SNP tanpa penjajaran dan filogenetik ratusan genom mikrob. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
