Ini ialah apl Linux bernama TaxOnTree yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama TaxOnTree ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
TaxOnTree
DESCRIPTION
TaxOnTree ialah program filogenetik untuk mengaitkan maklumat Taksonomi dalam pokok filogenetik.
Outputnya ialah fail pepohon format NEX yang dikonfigurasikan untuk dibuka dalam FigTree, yang pengguna boleh mewarna dengan segera mengikut mana-mana taksa atau mengikut leluhur yang dikongsi mengikut urutan dengan pertanyaan. Input boleh menjadi fail berformat Fasta untuk digunakan dalam carian BLAST atau senarai jujukan yang diwakili oleh pengecamnya (UniProtAC atau NCBI gi), jika kluster sudah tersedia. Selain itu, fail newick yang dihasilkan dengan perisian pengguna dan tetapan khusus boleh digunakan untuk meneruskan pelabelan taksonomi. TaxOnTree menukar penggunanya menjadi pakar dalam taksonomi. TaxOnTree juga membetulkan ketiadaan beberapa taksonomi dalam taksonomi NCBI. Program baris arahan mudah disediakan dan boleh digabungkan dengan beberapa alat bioinformatik, menghasilkan pokok berwarna dalam format PDF. TaxOnTree tersedia sebagai alat web dalam http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree untuk pekerjaan yang menuntut rendah.
Ciri-ciri
- Masukkan pertanyaan dalam format fasta (atau IDnya) dan jana pepohon filogenetik
- Pangkalan data RefSeq dengan protein lengkap sahaja dan proteon Rujukan UniProt diedarkan dengan TaxOnTree
- Penjajaran berbilang boleh dilakukan dengan OTOT, PRANK, Clustal Omega atau Kalign
- Sebagai alternatif, kelompok homolog seperti KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER, dll. boleh digunakan sebagai input
- TaxOnTree boleh merawat penjajaran dengan TrimAl dan membina pokok dengan FastTree
- Walau bagaimanapun, pokok binaan pengguna dalam format newick boleh digunakan sebagai input untuk TaxOnTree
- TaxOnTree menghasilkan fail NEXUS untuk dibuka dengan FigTree
- Aplikasi boleh menjalankan baris arahan FigTree dan mengeksport pepohon yang dianalisis dalam PDF
- Untuk penggunaan sekali, alat web tersedia dan kodnya juga disediakan untuk pemasangan tempatan
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Barisan arahan
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Persekitaran Pangkalan Data
Perl DBI/DBD, MySQL
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/taxontree/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
