Ini ialah apl Windows bernama BBMap untuk dijalankan dalam Windows dalam talian melalui Linux dalam talian yang keluaran terbaharunya boleh dimuat turun sebagai BBMap_38.86.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama BBMap ini untuk dijalankan dalam Windows dalam talian melalui Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan mana-mana emulator dalam talian OS OnWorks daripada tapak web ini, tetapi emulator dalam talian Windows yang lebih baik.
- 5. Daripada OS Windows OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi dan pasangnya.
- 7. Muat turun Wine dari repositori perisian pengedaran Linux anda. Setelah dipasang, anda kemudian boleh mengklik dua kali aplikasi untuk menjalankannya dengan Wine. Anda juga boleh mencuba PlayOnLinux, antara muka mewah melalui Wine yang akan membantu anda memasang program dan permainan Windows yang popular.
Wain ialah cara untuk menjalankan perisian Windows pada Linux, tetapi tanpa Windows diperlukan. Wain ialah lapisan keserasian Windows sumber terbuka yang boleh menjalankan program Windows secara langsung pada mana-mana desktop Linux. Pada asasnya, Wine cuba untuk melaksanakan semula Windows yang mencukupi dari awal supaya ia boleh menjalankan semua aplikasi Windows tersebut tanpa memerlukan Windows.
SKRIN
Ad
BBMap untuk dijalankan dalam Windows dalam talian melalui Linux dalam talian
DESCRIPTION
Pakej ini termasuk BBMap, penjajar bacaan pendek, serta pelbagai alat bioinformatik lain. Ia ditulis dalam Java tulen, boleh dijalankan pada mana-mana platform, dan tidak mempunyai kebergantungan selain Java yang sedang dipasang (disusun untuk Java 6 dan lebih tinggi). Semua alatan adalah cekap dan berbilang benang.BBMap: Penjajaran bacaan pendek untuk data DNA dan RNA-seq. Mampu mengendalikan genom besar secara sewenang-wenangnya dengan berjuta-juta perancah. Mengendalikan Illumina, PacBio, 454, dan bacaan lain; sensitiviti yang sangat tinggi dan bertolak ansur dengan ralat dan banyak indel besar. Sangat laju.
BBNorm: Alat pembetulan ralat dan normalisasi berasaskan Kmer.
Dedupe: Memudahkan perhimpunan dengan mengalih keluar urutan pendua atau terkandung yang berkongsi identiti peratusan sasaran.
Pemformatan semula: Memformat semula dibaca antara fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, berjalin/berpasangan dan ASCII-33/64, pada lebih 500 MB/s.
BBDuk: Penapis, trim atau topeng dibaca dengan padanan kmer ke fail artifak/pencemar.
... dan banyak lagi!
Ciri-ciri
- Java Tulen, berjalan pada mana-mana platform; sudah disusun, hanya unzip dan jalankan.
- Pantas, cekap dan berbilang benang.
- Maklumat penggunaan dipaparkan semasa menjalankan skrip shell tanpa parameter.
- Kepekaan tertinggi bagi mana-mana penjajar bacaan pendek.
- Mudah dipasang - hanya unzip/untar.
- Mudah untuk digunakan. Contoh: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Mengendalikan semua format biasa: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Digunakan oleh Institut Genom Bersama.
- BB adalah singkatan kepada Bestus Bioinformaticus.
- Terdapat Soalan Lazim yang berguna di sini: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Konsol/Terminal
Bahasa Pengaturcaraan
Java
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
