Dit is de opdracht autodock4 die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online-emulator of MAC OS online-emulator
PROGRAMMA:
NAAM
autodock - koppeling van chemische liganden aan eiwitreceptoren
KORTE INHOUD
autodock4 [opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
AutoDock voert de geautomatiseerde koppeling van chemische verbindingen aan eiwitten uit, dwz het voorspelt
hoe kleine moleculen, zoals substraten of kandidaat-geneesmiddelen, binden aan een receptor van bekende 3D
structuur.
De AutoDockSuite bestaat uit twee hoofdprogramma's waarvan AutoDock de docking uitvoert
het ligand naar een reeks rasters die het doeleiwit beschrijven en AutoGrid pre-berekent
deze roosters.
OPTIES
-p parameter_bestandsnaam
-l log_bestandsnaam
-o Gebruik het oude PDBQ-formaat, laad q in de kolommen 55-61
-k Bewaar originele residunummers
-i Negeer kopcontrole
-t Parseer het PDBQ-bestand om torsies te controleren en stop dan.
-c < command_file Commandomodus, per bestand
-c | control_program Commandomodus, door control_program
VOORBEELD
Op Debian biedt de map /usr/share/doc/autodock voorbeelden om uit te voeren. Verander daar naar
directory en pak de gzipte mapbestanden uit (als root), en voer vervolgens AutoDock uit zoals weergegeven
hieronder
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
De interpretatie van resultaten wordt ondersteund door de AutoDockTools-suite. Inspecteer ook de
zelfstudies online aangeboden.
Gebruik autodock4 online met behulp van onworks.net-services
