autodocktools - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

adt - AutoDockTools, een grafische front-end voor AutoDock

KORTE INHOUD

runAdt [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze man-pagina is een bijna letterlijke vertaling van de output geleverd door runAdt -h
opdracht.

OPTIES

Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden. Raadpleeg voor een volledige beschrijving de
tutorials en documentatie die online beschikbaar is.

-H, --help
Overzicht van opties weergeven.

-a or --opnieuw
laatste logbestand afspelen

--overwriteLogboek
logbestand overschrijven

--uniekLog
maak een logbestand met een unieke naam

--geenLog
logboekregistratie uitschakelen

--geenSplash
zet het opstartscherm uit

--dood gaan start GUI-gebeurtenislus niet

--aanpasser filet
voer het door de gebruiker opgegeven bestand uit

--lib verpakkingsnaam
voeg een bibliotheken met opdrachten toe

-v r, --visie lopen
voer vision-netwerken uit op de opdrachtregel

-v o, --visie eens
voer vision-netwerken uit en verlaat ADT

-d or --dmode modi
specificeer een weergavemodus
modi kunnen elke combinatie van weergavemodus zijn
'cpk' : cpk
'lijnen': lijnen
'ss': lint met secundaire structuur
'sb': stokken en ballen
'lic': drop
'ms': moleculair oppervlak
'ca': C-alfa-spoor
'bt': ruggengraatspoor
'sp': CA-spline
'sssb': secundaire structuur voor eiwitten, sticks en ballen voor
andere residuen met bindingen regels voor andere residuen zonder bindingen

-c or --cmode modi
specificeer een kleurenschema voor de weergavemodus:
'ca': kleur op atoom
'cr': kleur op residu (RASMOL-schema)
'cc': kleur per ketting
'cm': kleur per molecuul
'cdg': kleur volgens het schema van David Goodsell
'cs': kleurresten met behulp van Shapely-schema
'css': kleur per secundair structuurelement

VOORBEELD:

geef eiwit weer als lint, niet-eiwit als stokjes en ballen en kleur op atoomtype

adt -i --dmode sssb --cmode cr mijnprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr mijnprot.pdb

Gebruik autodocktools online met onworks.net-services