babel - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

Babel, obabel — een converter voor gegevensbestanden voor chemie en moleculaire modellering

KORTE INHOUD

Babel [-H help-opties]
Babel [OPTIES] [-i invoertype] in bestand [-o uitvoertype] uitbestand

obabel [-H help-opties]
obabel [OPTIES] [-i invoertype | -"SMILES-tekenreeks"] in bestand [-o uitvoertype] -O uitbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

Babel is een platformonafhankelijk programma dat is ontworpen om te converteren tussen vele bestandsindelingen die worden gebruikt in
moleculaire modellering en computationele chemie en aanverwante gebieden.

obabel en Babel zijn iets anders. De eerste is dichter bij de normale Unix-conventie
voor opdrachtregelprogramma's en flexibeler wanneer de gebruiker parameterwaarden moet specificeren
op opties. Met Babel dit werkt alleen als de optie de laatste op de lijn is; met obabel
een dergelijke beperking is niet van toepassing. Het heeft verder een sneltoets voor het invoeren van SMILES-tekenreeksen, die:
kan worden gebruikt in plaats van een invoerbestand.

Open Babel is ook een complete toolkit voor programmeurs voor het ontwikkelen van scheikundesoftware. Voor
meer informatie, zie de Open Babel webpagina'shttp://openbabel.org/>.

OPTIES

Als alleen invoer- en uitvoerbestanden worden gegeven, zal Open Babel het bestandstype raden uit de
bestandsnaam extensie.

-"SMILES-tekenreeks"
Voer de tekenreeks SMILES in en gebruik deze in plaats van een invoerbestand. De SMILES-tekenreeks moet zijn
tussen aanhalingstekens geplaatst. Er kan meer dan één worden gebruikt, en een molecuultitel kan zijn:
inbegrepen indien ingesloten in offertes.

-a opties
Formaatspecifieke invoeropties. Zien -H formaat-ID voor opties toegestaan ​​door een bepaalde
formaat

--toevoegen aan titel
Tekst toevoegen aan de huidige molecuultitel

--formule toevoegen
Voeg de molecuulformule toe na de huidige molecuultitel

-b Converteer datiefbindingen: bijv. [N+]([O-])=O naar N(=O)=O

-c Atomaire coördinaten centreren op (0,0,0)

-C Combineer moleculen in het eerste bestand met andere met dezelfde naam

-e Doorgaan na fouten

-d Waterstoffen verwijderen

---foutniveau 2
Filter het niveau van weergegeven fouten en waarschuwingen:
1 = alleen kritieke fouten
2 = ook waarschuwingen opnemen (standaard)
3 = ook informatieve berichten opnemen
4 = inclusief "audit log"-berichten van wijzigingen in gegevens
5 = ook foutopsporingsberichten opnemen

-f # Voor invoer met meerdere invoer, start de import met molecuul # als de eerste invoer

-F Voer de beschikbare vingerafdruktypen uit

-h Waterstoffen toevoegen

-H Informatie over uitvoergebruik

-H formaat-ID
Uitvoeropmaakinformatie en opties voor opgegeven formaat

-Hal
Opmaakinformatie en opties voor alle formaten uitvoeren

-l
Specificeert invoerformaat, zie hieronder voor de beschikbare formaten

-j

--meedoen
Voeg alle invoermoleculen samen in een enkele invoer voor uitvoermoleculen

-k Vertaal trefwoorden voor computationele chemiemodellering (bijv. GAMESS en Gaussiaans)

-m Produceer meerdere uitvoerbestanden om het volgende mogelijk te maken:
- Een invoerbestand splitsen - plaats elk molecuul opeenvolgend genummerd
uitvoer bestanden
- Batchconversie - converteer elk van meerdere invoerbestanden naar een opgegeven
uitvoerformaat

-l # Voor invoer met meerdere invoer, stop de import met molecuul # als laatste invoer

-o formaat-ID
Specificeert het uitvoerformaat, zie hieronder voor de beschikbare formaten

-O uitbestand
Geef het uitvoerbestand op. Deze optie is van toepassing op: obabel alleen.

-p Voeg waterstof toe die geschikt is voor pH (gebruik transformaties in phmodel.txt)

--eigendom
Een eigenschap toevoegen of vervangen (bijvoorbeeld in een MDL SD-bestand)

-s SMARTS
Converteer alleen moleculen die overeenkomen met het gespecificeerde SMARTS-patroon

--verschillend
Scheid losgekoppelde fragmenten in afzonderlijke moleculaire records

-t Alle invoerbestanden beschrijven een enkel molecuul

--titel titel
Moleculaire titel toevoegen of vervangen

-x opties
Formaatspecifieke uitvoeropties. Zien -H formaat-ID voor opties toegestaan ​​door een bepaalde
formaat

-v SMARTS
Converteer alleen moleculen NIET overeenkomend SMARTS-patroon gespecificeerd

-V Versienummer uitvoeren en afsluiten

-z Comprimeer de uitvoer met gzip

FILE FORMATS

De volgende formaten worden momenteel ondersteund door Open Babel:
acr-Carine ASCI Crystal
alc -- Alchemy-formaat
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR-formaat [Alleen-lezen]
bgf -- MSI BGF-formaat
box -- Dock 3.5 Box-formaat
bs -- Ball and Stick-formaat
c3d1 -- Chem3D Cartesiaans 1 formaat
c3d2 -- Chem3D Cartesiaans 2 formaat
caccrt -- Cacao Cartesiaans formaat
cache -- CAChe MolStruct-formaat [alleen schrijven]
cacint -- Cacao Intern formaat [alleen schrijven]
can -- Canonical SMILES-formaat
auto -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR-formaat [Alleen-lezen]
ccc -- CCC-formaat [Alleen-lezen]
cdx -- ChemDraw binair formaat [Alleen-lezen]
cdxml -- ChemDraw CDXML-formaat
cht -- Chemtool-indeling [alleen schrijven]
cif -- Kristallografisch informatiebestand
cml -- Chemische opmaaktaal
cmlr -- CML Reactie formaat
com -- Gaussiaanse 98/03 Cartesiaanse invoer [alleen schrijven]
kopiëren -- Kopieert onbewerkte tekst [alleen schrijven]
crk2d -- Chemical Resource Kit 2D diagramformaat
crk3d -- Chemical Resource Kit 3D-formaat
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR-formaat [alleen schrijven]
cssr -- CSD CSSR-indeling [alleen schrijven]
ct -- ChemDraw Verbindingstabel formaat
dmol -- DMol3 coördinaten formaat
ent -- Protein Data Bank-formaat
fa -- FASTA-formaat [alleen schrijven]
fasta -- FASTA-formaat [alleen schrijven]
fch -- Gaussiaans geformatteerd checkpoint-bestandsformaat [Alleen-lezen]
fchk -- Gaussiaans geformatteerd checkpoint-bestandsformaat [Alleen-lezen]
fck -- Gaussiaans geformatteerd checkpoint-bestandsformaat [Alleen-lezen]
prestatie -- Functie-indeling
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix formaat [alleen schrijven]
fix -- SMILES FIX formaat [alleen schrijven]
fpt -- Vingerafdrukformaat [alleen schrijven]
fract -- Free Form Fractionele formaat
fs -- Open Babel FastSearching-database
fsa -- FASTA-indeling [alleen schrijven]
g03 -- Gaussiaans 98/03 Uitgang [Alleen-lezen]
g98 -- Gaussiaans 98/03 Uitgang [Alleen-lezen]
gam -- GAMESS-uitvoer [Alleen-lezen]
gamin -- GAMESS-invoer [alleen schrijven]
gamout -- GAMESS-uitvoer [Alleen-lezen]
gau -- Gaussiaanse 98/03 Cartesiaanse invoer [alleen schrijven]
gjc -- Gaussiaanse 98/03 Cartesiaanse invoer [alleen schrijven]
gjf -- Gaussiaanse 98/03 Cartesiaanse invoer [alleen schrijven]
gpr -- Ghemisch formaat
gr96 -- GROMOS96-formaat [alleen schrijven]
hin -- HyperChem HIN-formaat
inchi -- IUPAC InChI [alleen schrijven]
inp -- GAMESS-invoer [alleen schrijven]
ins -- ShelX-formaat [Alleen-lezen]
jin -- Jaguar invoerformaat [alleen schrijven]
jout -- Jaguar-uitvoerformaat [Alleen-lezen]
mdl -- MDL MOL-formaat
mmd -- MacroModel-formaat
mmod -- MacroModel-formaat
mol -- MDL MOL-formaat
mol2 -- Sybyl Mol2-formaat
molreport -- Open Babel molecuulrapport [alleen schrijven]
moo -- MOPAC Uitvoerformaat [Alleen-lezen]
dweil -- MOPAC cartesiaans formaat
mopcrt -- MOPAC Cartesiaans formaat
mopin -- MOPAC Intern
mopout -- MOPAC Uitvoerformaat [Alleen-lezen]
mpc -- MOPAC Cartesiaans formaat
mpd -- Sybyl descriptor formaat [alleen schrijven]
mpqc -- MPQC-uitvoerformaat [Alleen-lezen]
mpqcin -- MPQC vereenvoudigd invoerformaat [alleen schrijven]
nw -- NWChem invoerformaat [alleen schrijven]
nwo -- NWChem-uitvoerformaat [Alleen-lezen]
pc -- PubChem-formaat [Alleen-lezen]
pcm -- PCModel-formaat
pdb -- Indeling Eiwitdatabank
pov -- POV-Ray invoerformaat [alleen schrijven]
pqs -- Parallel Quantum Solutions-formaat
prep -- Amber Prep-formaat [Alleen-lezen]
qcin -- Q-Chem invoerformaat [alleen schrijven]
qcout -- Q-Chem uitvoerformaat [Alleen-lezen]
rapport -- Open Babel-rapportformaat [alleen schrijven]
res -- ShelX-formaat [Alleen-lezen]
rxn -- MDL RXN-formaat
sd -- MDL MOL-formaat
sdf -- MDL MOL-formaat
smi -- SMILES-formaat
sy2 -- Sybyl Mol2-formaat
tdd -- Thermo-formaat
test -- Testformaat [alleen schrijven]
therm -- Thermo-formaat
tmol -- TurboMole Coördinatenformaat
txyz -- Tinker MM2-formaat [alleen schrijven]
unixyz -- UniChem XYZ-formaat
vmol -- ViewMol-formaat
xed -- XED-formaat [alleen schrijven]
xml -- Algemeen XML-formaat [Alleen-lezen]
xyz -- formaat XYZ cartesische coördinaten
yob -- YASARA.org YOB-formaat
zin -- ZINDO invoerformaat [alleen schrijven]

FORMAT OPTIES

Afzonderlijke bestandsindelingen kunnen aanvullende opmaakopties hebben.

Opties voor invoerformaten worden voorafgegaan door 'a', bijv. -as

Opties voor uitvoerformaten worden voorafgegaan door 'x', bijv. -xn

Gebruik voor meer specifieke informatie en opties -H
bijv. -Hcml

Voorbeelden

Standaard conversie:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
Conversie van een SMI-bestand in STDIN naar een Mol2-bestand geschreven naar STDOUT:
babel-ismi-omol2
Splits een bestand met meerdere moleculen in new1.smi, new2.smi, enz.:
babel infile.mol nieuw.smi -m

Gebruik babel online met onworks.net-services